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- PDB-7zht: Leishmania donovani Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zht
タイトルLeishmania donovani Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase apo form
要素Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanosoma / Leishmania donovani / Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase / G6P / NADP(H) / pentose phosphate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / glucose metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-6-phosphate dehydrogenase, active site / Glucose-6-phosphate dehydrogenase active site. / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD-binding / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Glucose-6-phosphate dehydrogenase, active site / Glucose-6-phosphate dehydrogenase active site. / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD-binding / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Berneburg, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
LOEWE Center DRUID (Project B3 and E3) within the Hessian Excellence ProgramProject B3 and E3 ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of Leishmania donovani glucose 6-phosphate dehydrogenase reveals a unique N-terminal domain.
著者: Berneburg, I. / Rahlfs, S. / Becker, K. / Fritz-Wolf, K.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,47816
ポリマ－253,6324
非ポリマー84712
水46826
1
A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3189
ポリマ－126,8162
非ポリマー5027
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1607
ポリマ－126,8162
非ポリマー3445
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.690, 65.820, 189.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.350, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1
d_3ens_1
d_4ens_1

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0736212433082, 0.514899847322, 0.854083169112), (0.507863101495, -0.756399293866, 0.412231947305), (0.858286072748, 0.403408298709, -0.317185689872)34.7957180855, -34.6583315331, -23.0606087518
2given(-0.128825839938, -0.495369691964, -0.859076696953), (0.441694824912, -0.804282032001, 0.397537538662), (-0.887867999542, -0.328236623922, 0.322414537678)140.041539786, 5.51614359068, 116.47936283
3given(-0.988690225594, 0.100336791298, 0.111463743556), (0.0990880360552, 0.994938508194, -0.016701078486), (-0.112575303358, -0.00546746961565, -0.993628153712)164.437482317, 26.8458698993, 100.957751344

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase


分子量: 63407.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: g6pdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A2CIL3, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18 % PEG 3000, 200 mM ammonium chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.2 Å / Num. obs: 70723 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 73.85 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 70723 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UKW

5ukw


解像度: 2.8→39.2 Å / SU ML: 0.5248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.946
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 7052 10.01 %
Rwork0.244 63429 -
obs0.2499 70481 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16027 0 51 26 16104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008716403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.711222166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09532434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01922884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.80576119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.830.47272220.45312004X-RAY DIFFRACTION95.5
2.83-2.870.47952430.41652173X-RAY DIFFRACTION98.61
2.87-2.90.43622260.39912040X-RAY DIFFRACTION98.56
2.9-2.940.44082360.39142128X-RAY DIFFRACTION98.66
2.94-2.980.43532340.38572112X-RAY DIFFRACTION99.07
2.98-3.020.45212330.36992110X-RAY DIFFRACTION98.82
3.02-3.060.43822330.36582089X-RAY DIFFRACTION98.39
3.06-3.110.38482380.34342136X-RAY DIFFRACTION98.71
3.11-3.160.39422340.34032108X-RAY DIFFRACTION98.86
3.16-3.210.4292320.33732106X-RAY DIFFRACTION98.48
3.21-3.260.38492340.31842108X-RAY DIFFRACTION98.44
3.26-3.320.37812340.3092103X-RAY DIFFRACTION98.52
3.32-3.390.35032340.30052091X-RAY DIFFRACTION97.85
3.39-3.460.35642410.28152169X-RAY DIFFRACTION98.53
3.46-3.530.35552280.28562052X-RAY DIFFRACTION98.53
3.53-3.610.36942330.2812105X-RAY DIFFRACTION98.24
3.61-3.70.36762370.26762130X-RAY DIFFRACTION98.46
3.7-3.80.30722360.25512107X-RAY DIFFRACTION98.12
3.8-3.920.33082350.24462111X-RAY DIFFRACTION98.32
3.92-4.040.26882350.23432105X-RAY DIFFRACTION98.28
4.04-4.190.30242360.23022122X-RAY DIFFRACTION98.29
4.19-4.350.28112380.21462144X-RAY DIFFRACTION98.55
4.35-4.550.27022330.1962095X-RAY DIFFRACTION98.27
4.55-4.790.24312380.18692142X-RAY DIFFRACTION98.84
4.79-5.090.27622370.19382138X-RAY DIFFRACTION98.34
5.09-5.480.24532370.20962132X-RAY DIFFRACTION97.81
5.48-6.030.30272340.23282101X-RAY DIFFRACTION96.73
6.03-6.90.25692370.23022128X-RAY DIFFRACTION97.61
6.9-8.680.26352370.19572137X-RAY DIFFRACTION96.98
8.68-39.20.2222470.1812203X-RAY DIFFRACTION95.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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