PDB-7zh8: DYRK1a in Complex with a Bromo-Triazolo-Pyridine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zh8

タイトル

DYRK1a in Complex with a Bromo-Triazolo-Pyridine

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

キーワード

TRANSFERASE / Small Molecule / Kinase / Halogen Bond

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dammann, M. / Stahlecker, J. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Screening of a Halogen-Enriched Fragment Library Leads to Unconventional Binding Modes.
著者: Dammann, M. / Stahlecker, J. / Zimmermann, M.O. / Klett, T. / Rotzinger, K. / Kramer, M. / Coles, M. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.

履歴

登録	2022年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7zh8_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zh8_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7zh8_validation.xml.gz	60 KB	表示
CIF形式データ	7zh8_validation.cif.gz	82 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zh8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vx3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	245.004, 64.663, 147.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.577, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-678- HOH
2	1	A-747- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB 分子量: 44553.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pLysS / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase

#1: タンパク質

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB

分子量: 44553.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pLysS / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase

-
非ポリマー , 10種, 571分子

#2: 化合物	ChemComp-IWU / 6-bromanyl-3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridine 分子量: 199.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₃BrN₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#10: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS (pH = 8.5), 0.1 M Li2SO4, 34 % (v/v) PEG300, 12 mg/ml Protein, Dropsize (resovoir + Protein) 2 + 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 93129 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 50.86 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 12.48
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 14879 / CC_1/2: 0.53 / R_rim(I) all: 1.58 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vx3

2vx3

解像度: 2.3→48.6 Å / SU ML: 0.3699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2351	1487	1.6 %
R_work	0.1988	91394	-
obs	0.1994	92881	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11175	0	387	519	12081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0097	11822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1108	15926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557	1660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	2001
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.2678	4470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.37	0.385	133	0.3075	8176	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.37-2.46	0.3489	134	0.3196	8232	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.46-2.56	0.3729	134	0.2865	8265	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.56-2.67	0.2829	135	0.2468	8280	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.67-2.81	0.3073	135	0.2333	8297	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.81-2.99	0.2572	134	0.2441	8221	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.99-3.22	0.2566	135	0.2081	8333	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.22-3.55	0.2393	135	0.1899	8320	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.06	0.1954	136	0.1607	8340	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.06-5.11	0.1926	136	0.1539	8362	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.11-48.6	0.2081	140	0.199	8568	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.18721946598	-0.2535198946	0.701018501404	1.90809189442	0.695206906985	1.66344312042	0.179176456198	-0.207138810816	0.163769659591	0.028500508638	0.0810559720187	-0.487355559722	-0.11029488242	0.31439735314	-0.00020925372449	0.579678998477	-0.0249317943566	0.0315188559423	0.434715269364	-0.0789537634349	0.549845162179	9.46373431522	31.0025859848	32.448647222
2	1.33068276206	0.637260716494	0.12645997316	2.2627424057	0.922607275922	0.894300939508	0.143852362357	-0.21919120223	0.0120620916652	0.250657714345	-0.0266107129348	-0.118067745545	-0.00828622192715	-0.0292700163475	4.20879583563E-5	0.52656687377	-0.0251053703679	0.00818665984095	0.34305806498	0.0423593627323	0.42565039423	-1.29145440783	18.9910312828	26.7789352439
3	1.49238022643	-0.35667200696	0.0460769050995	1.32054811588	0.272469354701	1.5980551823	0.0748865366689	0.0676290522043	-0.00497228890806	0.00416323819801	-0.0139930150966	0.090499842917	-0.0832425066691	-0.189448616741	-0.000962278165316	0.379890494387	-0.00987614099547	0.0295869228948	0.277068170313	0.0173794392377	0.389683904728	-11.6468299402	17.4179082147	7.49867285839
4	1.26095739778	-0.291316852645	-0.742520732434	2.4932071441	0.57757845004	1.93336315469	0.199632177761	0.0113453659417	0.362400284883	-0.173206520651	0.101180767293	-0.502660185574	-0.28784328022	0.0913336189839	-0.000119374952817	0.660354465164	-0.05786968341	0.134144787455	0.413117308852	-0.0858567891512	0.610932905986	1.64344975607	-12.3808903994	39.6470304102
5	2.13971923207	-1.02709156432	0.109734171246	0.69898838744	0.24630824598	1.36472134504	0.0605412854613	0.0878049433095	0.0903061280166	-0.307426324464	-0.0120718030754	-0.293434304875	0.00189060173642	0.141922552716	0.000242874122156	0.62228104142	-0.000477191393245	0.0986739518102	0.421437262734	-0.011921720256	0.494488183771	-12.6685068322	-5.96871704768	50.9929123933
6	1.71929817105	-0.184725975336	-0.0989807947161	2.04584288702	0.0185790749216	1.79706441157	-0.0159241279731	-0.16602092248	-0.0326384880756	0.0283059936275	0.0506858293717	-0.0362422205065	0.0842115337069	0.0560127352473	-0.00143464980148	0.436406485765	0.0178918117929	0.0159807405199	0.425679884995	-0.0171665441115	0.384761265845	-19.6749057762	-10.7174904087	67.066647179
7	0.516907603552	-0.208791913035	0.458830039952	0.949748514235	0.334043960335	0.682055277964	0.523457454613	-0.0765485899233	-0.503169008311	0.102872352176	-0.146409266737	0.143861432763	0.479670656725	-0.411358396603	4.27684313478E-5	0.784762748382	-0.137076151989	-0.278762794361	1.1335948667	0.0615623624938	0.782270931218	-55.5253811066	-3.12476628334	-16.5008168859
8	0.0141941993566	-0.0220496060435	0.0171184884217	0.280857338368	-0.0859659824479	0.149732932874	0.110218159836	-0.0541725736828	-0.41669315755	-0.309956737054	0.0571946154035	0.272660499116	0.636326777976	-0.130625827866	-0.000474173376247	0.695984215049	-0.0409184062896	-0.283599572639	1.04178305426	-0.0697935764883	0.732720920119	-46.4114669348	-1.06761748038	-20.3754168003
9	2.11959413068	0.255797200738	0.119191057955	0.537899950852	0.40146124254	1.18869616334	0.289851065928	0.225004587248	-0.381924477518	-0.179032673315	-0.191654510906	0.288465873026	0.132133970948	-0.49604766616	0.000104979748687	0.568861237608	-0.0904971558502	-0.123989976571	0.74523331452	0.00811622152968	0.655905341483	-37.4404974447	-1.47142907102	-6.45444602638
10	2.28457672082	0.0176337860786	0.229095040421	1.40753103791	0.0837754433179	1.8446374601	0.0514209750369	-0.293378355441	-0.143593685392	0.10838653018	0.0344001729294	0.202522281307	0.092180693463	-0.511664645755	-0.00116926062667	0.377285044941	-0.0756645413557	0.000143277956849	0.620094902634	0.0912636985856	0.506948693931	-33.3536537703	6.20075154871	9.25729120555
11	0.40409371193	-0.0109779678839	0.0974213065451	0.588008351555	0.489091410593	0.429314120726	0.311645069254	0.338867792856	-0.326173592242	-0.219445777373	0.0543863728168	-0.472141557593	0.192888983599	0.384302214623	0.000183343237813	0.608703795639	-0.0182760798274	-0.0862249294763	1.38325226546	0.119988098279	0.721232081683	-49.1088563591	-21.6335195564	25.9032600011
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16	0.0160373125812	-0.0867529089023	0.0103205411857	0.495266686563	0.0131268042162	0.531308925716	0.0201133705284	0.12517185699	0.650938656019	-0.168467990627	-0.0454095722593	0.259303061928	-0.669912230334	-0.20527883252	-4.82717041611E-5	0.693609754334	0.00470672715023	-0.0427538943823	0.808042159753	0.237820866242	0.762692348783	-62.4088930926	10.79753242	45.5421067673

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 135 through 213 )	A	A	135 - 213	1 - 79
2	2	chain 'A' and (resid 214 through 320 )	A	A	214 - 320	80 - 186
3	3	chain 'A' and (resid 321 through 482 )	A	A	321 - 482	187 - 348
4	4	chain 'B' and (resid 135 through 239 )	B	B	135 - 239	1 - 105
5	5	chain 'B' and (resid 240 through 320 )	B	B	240 - 320	106 - 186
6	6	chain 'B' and (resid 321 through 481 )	B	B	321 - 481	187 - 347
7	7	chain 'C' and (resid 136 through 213 )	C	C	136 - 213	1 - 78
8	8	chain 'C' and (resid 214 through 239 )	C	C	214 - 239	79 - 104
9	9	chain 'C' and (resid 240 through 320 )	C	C	240 - 320	105 - 185
10	10	chain 'C' and (resid 321 through 481 )	C	C	321 - 481	186 - 346
11	11	chain 'D' and (resid 135 through 193 )	D	D	135 - 193	1 - 59
12	12	chain 'D' and (resid 194 through 302 )	D	D	194 - 302	60 - 168
13	13	chain 'D' and (resid 303 through 320 )	D	D	303 - 320	169 - 186
14	14	chain 'D' and (resid 321 through 377 )	D	D	321 - 377	187 - 243
15	15	chain 'D' and (resid 378 through 436 )	D	D	378 - 436	244 - 302
16	16	chain 'D' and (resid 437 through 480 )	D	D	437 - 480	303 - 346

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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