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- PDB-7zh8: DYRK1a in Complex with a Bromo-Triazolo-Pyridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zh8
タイトルDYRK1a in Complex with a Bromo-Triazolo-Pyridine
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE / Small Molecule / Kinase / Halogen Bond
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of microtubule polymerization ...regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / tubulin binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of RNA splicing / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / circadian rhythm / tau protein binding / nervous system development / protein autophosphorylation / actin binding / protein tyrosine kinase activity / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-bromanyl-3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dammann, M. / Stahlecker, J. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Screening of a Halogen-Enriched Fragment Library Leads to Unconventional Binding Modes.
著者: Dammann, M. / Stahlecker, J. / Zimmermann, M.O. / Klett, T. / Rotzinger, K. / Kramer, M. / Coles, M. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.
履歴
登録2022年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,02356
ポリマ－178,2134
非ポリマー6,81152
水9,350519
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,70718
ポリマ－44,5531
非ポリマー2,15417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,31815
ポリマ－44,5531
非ポリマー1,76514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,26414
ポリマ－44,5531
非ポリマー1,71113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7349
ポリマ－44,5531
非ポリマー1,1818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)245.004, 64.663, 147.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.577, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-678-

HOH

21A-747-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 44553.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pLysS / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase

-
非ポリマー , 10種, 571分子

#2: 化合物
ChemComp-IWU / 6-bromanyl-3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridine


分子量: 199.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H3BrN4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS (pH = 8.5), 0.1 M Li2SO4, 34 % (v/v) PEG300, 12 mg/ml Protein, Dropsize (resovoir + Protein) 2 + 4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 93129 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 50.86 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 12.48
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 14879 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.58 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vx3

2vx3


解像度: 2.3→48.6 Å / SU ML: 0.3699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 1487 1.6 %
Rwork0.1988 91394 -
obs0.1994 92881 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11175 0 387 519 12081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009711822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.110815926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05571660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01052001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.26784470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.3851330.30758176X-RAY DIFFRACTION99.86
2.37-2.460.34891340.31968232X-RAY DIFFRACTION99.83
2.46-2.560.37291340.28658265X-RAY DIFFRACTION99.95
2.56-2.670.28291350.24688280X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.810.30731350.23338297X-RAY DIFFRACTION99.98
2.81-2.990.25721340.24418221X-RAY DIFFRACTION99.98
2.99-3.220.25661350.20818333X-RAY DIFFRACTION99.98
3.22-3.550.23931350.18998320X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.060.19541360.16078340X-RAY DIFFRACTION99.93
4.06-5.110.19261360.15398362X-RAY DIFFRACTION99.98
5.11-48.60.20811400.1998568X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18721946598-0.25351989460.7010185014041.908091894420.6952069069851.663443120420.179176456198-0.2071388108160.1637696595910.0285005086380.0810559720187-0.487355559722-0.110294882420.31439735314-0.000209253724490.579678998477-0.02493179435660.03151885594230.434715269364-0.07895376343490.5498451621799.4637343152231.002585984832.448647222
21.330682762060.6372607164940.126459973162.26274240570.9226072759220.8943009395080.143852362357-0.219191202230.01206209166520.250657714345-0.0266107129348-0.118067745545-0.00828622192715-0.02927001634754.20879583563E-50.52656687377-0.02510537036790.008186659840950.343058064980.04235936273230.42565039423-1.2914544078318.991031282826.7789352439
31.49238022643-0.356672006960.04607690509951.320548115880.2724693547011.59805518230.07488653666890.0676290522043-0.004972288908060.00416323819801-0.01399301509660.090499842917-0.0832425066691-0.189448616741-0.0009622781653160.379890494387-0.009876140995470.02958692289480.2770681703130.01737943923770.389683904728-11.646829940217.41790821477.49867285839
41.26095739778-0.291316852645-0.7425207324342.49320714410.577578450041.933363154690.1996321777610.01134536594170.362400284883-0.1732065206510.101180767293-0.502660185574-0.287843280220.0913336189839-0.0001193749528170.660354465164-0.057869683410.1341447874550.413117308852-0.08585678915120.6109329059861.64344975607-12.380890399439.6470304102
52.13971923207-1.027091564320.1097341712460.698988387440.246308245981.364721345040.06054128546130.08780494330950.0903061280166-0.307426324464-0.0120718030754-0.2934343048750.001890601736420.1419225527160.0002428741221560.62228104142-0.0004771913932450.09867395181020.421437262734-0.0119217202560.494488183771-12.6685068322-5.9687170476850.9929123933
61.71929817105-0.184725975336-0.09898079471612.045842887020.01857907492161.79706441157-0.0159241279731-0.16602092248-0.03263848807560.02830599362750.0506858293717-0.03624222050650.08421153370690.0560127352473-0.001434649801480.4364064857650.01789181179290.01598074051990.425679884995-0.01716654411150.384761265845-19.6749057762-10.717490408767.066647179
70.516907603552-0.2087919130350.4588300399520.9497485142350.3340439603350.6820552779640.523457454613-0.0765485899233-0.5031690083110.102872352176-0.1464092667370.1438614327630.479670656725-0.4113583966034.27684313478E-50.784762748382-0.137076151989-0.2787627943611.13359486670.06156236249380.782270931218-55.5253811066-3.12476628334-16.5008168859
80.0141941993566-0.02204960604350.01711848842170.280857338368-0.08596598244790.1497329328740.110218159836-0.0541725736828-0.41669315755-0.3099567370540.05719461540350.2726604991160.636326777976-0.130625827866-0.0004741733762470.695984215049-0.0409184062896-0.2835995726391.04178305426-0.06979357648830.732720920119-46.4114669348-1.06761748038-20.3754168003
92.119594130680.2557972007380.1191910579550.5378999508520.401461242541.188696163340.2898510659280.225004587248-0.381924477518-0.179032673315-0.1916545109060.2884658730260.132133970948-0.496047666160.0001049797486870.568861237608-0.0904971558502-0.1239899765710.745233314520.008116221529680.655905341483-37.4404974447-1.47142907102-6.45444602638
102.284576720820.01763378607860.2290950404211.407531037910.08377544331791.84463746010.0514209750369-0.293378355441-0.1435936853920.108386530180.03440017292940.2025222813070.092180693463-0.511664645755-0.001169260626670.377285044941-0.07566454135570.0001432779568490.6200949026340.09126369858560.506948693931-33.35365377036.200751548719.25729120555
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 135 through 213 )AA135 - 2131 - 79
22chain 'A' and (resid 214 through 320 )AA214 - 32080 - 186
33chain 'A' and (resid 321 through 482 )AA321 - 482187 - 348
44chain 'B' and (resid 135 through 239 )BB135 - 2391 - 105
55chain 'B' and (resid 240 through 320 )BB240 - 320106 - 186
66chain 'B' and (resid 321 through 481 )BB321 - 481187 - 347
77chain 'C' and (resid 136 through 213 )CC136 - 2131 - 78
88chain 'C' and (resid 214 through 239 )CC214 - 23979 - 104
99chain 'C' and (resid 240 through 320 )CC240 - 320105 - 185
1010chain 'C' and (resid 321 through 481 )CC321 - 481186 - 346
1111chain 'D' and (resid 135 through 193 )DD135 - 1931 - 59
1212chain 'D' and (resid 194 through 302 )DD194 - 30260 - 168
1313chain 'D' and (resid 303 through 320 )DD303 - 320169 - 186
1414chain 'D' and (resid 321 through 377 )DD321 - 377187 - 243
1515chain 'D' and (resid 378 through 436 )DD378 - 436244 - 302
1616chain 'D' and (resid 437 through 480 )DD437 - 480303 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る