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万見
- PDB-7zgv: Serratia NucC bound to cA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zgv
タイトルSerratia NucC bound to cA3
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
  • Serratia NucC
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nuclease
機能・相同性Domain of unknown function DUF6602 / Domain of unknown function (DUF6602) / ACETATE ION / RNA / DUF6602 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Serratia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Garcia-Doval, C. / Mayo-Munoz, D. / Smith, L.M. / Fineran, P.C.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden FundMFP-UOO2011 ニュージーランド
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Type III CRISPR-Cas provides resistance against nucleus-forming jumbo phages via abortive infection.
著者: Mayo-Munoz, D. / Smith, L.M. / Garcia-Doval, C. / Malone, L.M. / Harding, K.R. / Jackson, S.A. / Hampton, H.G. / Fagerlund, R.D. / Gumy, L.F. / Fineran, P.C.
履歴
登録2022年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serratia NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0386
ポリマ－29,8392
非ポリマー1984
水4,342241
1
A: Serratia NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Serratia NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Serratia NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Serratia NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Serratia NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Serratia NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,22636
ポリマ－179,03612
非ポリマー1,18924
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation6_766-x+2,-x+y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)114.265, 114.265, 96.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

21A-625-

HOH

31A-632-

HOH

41A-634-

HOH

51A-635-

HOH

61D-106-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serratia NucC


分子量: 28896.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia (バクテリア) / 遺伝子: CWC46_19930, Ser39006_019925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I5TBB8
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')


分子量: 942.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Serratia (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 7.5 0.2 M calcium acetate 25% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→43.21 Å / Num. obs: 40117 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 15.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.48→1.506 Å / Rmerge(I) obs: 1.517 / Num. unique obs: 1987 / CC1/2: 0.773 / Rpim(I) all: 0.354

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSBUILT=20190806データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q1H

6q1h


解像度: 1.48→34.85 Å / SU ML: 0.1434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9157
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1811 1962 4.89 %
Rwork0.1579 38150 -
obs0.159 40112 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→34.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 66 10 241 2271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01052070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13312815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0797321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8785767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.520.23191330.22662684X-RAY DIFFRACTION99.96
1.52-1.560.2371420.21042738X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.60.22391530.20232657X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.660.2161400.18372719X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.720.22721430.18512695X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.780.21331410.17712709X-RAY DIFFRACTION99.96
1.78-1.860.19471400.16252720X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.960.17671350.15652706X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.090.16411380.15422729X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.250.16151210.14092727X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.470.18171430.14512732X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.830.17531400.15522737X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.570.19731500.15032754X-RAY DIFFRACTION100
3.57-34.850.14661430.14882843X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89914570787-1.046388890190.6393462848141.48080251966-0.4965368865070.5750150935510.05238353027870.0817014626314-0.120709350293-0.137523237771-0.02574961282540.05552921781470.06663524562530.00210352031413-0.03480292797960.14141434258-0.0127995932632-0.007753668682120.123682644837-0.03674862078110.13513369290453.013936969578.850799582427.5259198359
20.3413398486150.0265458469172-0.05237596212550.3029472030430.1095087513780.0508887227920.0198214427829-0.04789105340870.05032634232510.0114526682814-0.004683999893280.00356090917728-0.0632281715291-0.003378552043440.1226940816450.1111466875630.004343828823430.002158491658840.0423171149373-0.01534855249390.03710070234957.109588795598.947625590120.8579786466
30.3826354987870.587731501462-0.5887214836581.43478040864-0.4967559466351.220069454020.0157951632554-0.18418266006-0.120866417669-0.00434608115686-0.0277635271246-0.2024776274740.007049674703190.184371371098-0.0490469396750.1015558660510.00457869485018-0.01055591293470.123916935492-0.004759340836210.14875651257770.513736502875.720429562244.9282355221
40.606013952972-0.1137555186020.0854664326861.13202427036-0.5056356109060.68064105520.00191108630928-0.00786715374349-0.0906756506982-0.01597549944970.04147650707920.0586387665480.0407681297273-0.0499939738081-0.04491363545730.106742810446-0.00331922650283-0.01283465348350.109281614908-0.01165755316570.1345101018347.373533155983.230101364233.3014341657
55.826386564860.1910754412320.4109895100235.580209816040.933448624563.80187776121-0.03489542020570.572850966275-1.0191766324-0.609343276914-0.07183083750140.3114348351461.25313090017-0.0811925896807-0.1023877032440.443397819755-0.01185924517850.005496404271130.239879568315-0.08236966496060.47596510402354.920769926560.302199105832.2730537683
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 186 through 250 )AA186 - 250182 - 246
22chain 'D' and (resid 1 through 3 )DB1 - 3
33chain 'A' and (resid 5 through 38 )AA5 - 381 - 34
44chain 'A' and (resid 39 through 165 )AA39 - 16535 - 161
55chain 'A' and (resid 166 through 185 )AA166 - 185162 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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