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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7zgw | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Serratia NucC apo form | ||||||
Components | Serratia NucC | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Nuclease | ||||||
| Function / homology | Domain of unknown function DUF6602 / Domain of unknown function (DUF6602) / DUF6602 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Serratia (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Garcia-Doval, C. / Mayo-Munoz, D. / Smith, L.M. / Fineran, P.C. | ||||||
| Funding support | New Zealand, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2022Title: Type III CRISPR-Cas provides resistance against nucleus-forming jumbo phages via abortive infection. Authors: Mayo-Munoz, D. / Smith, L.M. / Garcia-Doval, C. / Malone, L.M. / Harding, K.R. / Jackson, S.A. / Hampton, H.G. / Fagerlund, R.D. / Gumy, L.F. / Fineran, P.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7zgw.cif.gz | 972.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7zgw.ent.gz | 679.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7zgw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7zgw_validation.pdf.gz | 468.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7zgw_full_validation.pdf.gz | 475.1 KB | Display | |
| Data in XML | 7zgw_validation.xml.gz | 54.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 7zgw_validation.cif.gz | 79.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgw | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7zgvC ![]() 6q1hS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28896.703 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Serratia (bacteria) / Gene: CWC46_19930, Ser39006_019925 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium acetate pH 5.5 10% PEG 8000 10% PEG 1000 0.8 M sodium formate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00003 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.83→42.61 Å / Num. obs: 124878 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 27.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 23.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.83→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6266 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.304 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6Q1H Resolution: 1.83→42.61 Å / SU ML: 0.1987 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.9574 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 35.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→42.61 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Serratia (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
New Zealand, 1items
Citation

PDBj

