PDB-7zgt: C-Methyltransferase PsmD from Streptomyces griseofuscus (apo form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zgt

タイトル

C-Methyltransferase PsmD from Streptomyces griseofuscus (apo form)

要素

Methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann fold / Cap domain / indole C3-methylation / S-adenosyl methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces griseofuscus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Weiergraeber, O.H. / Amariei, D.A. / Pozhydaieva, N. / Pietruszka, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Enzymatic C3-Methylation of Indoles Using Methyltransferase PsmD-Crystal Structure, Catalytic Mechanism, and Preparative Applications
著者: Amariei, D.A. / Pozhydaieva, N. / David, B. / Schneider, P. / Classen, T. / Gohlke, H. / Weiergraber, O.H. / Pietruszka, J.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zgt.cif.gz	244 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zgt.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zgt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zgt_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zgt_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	7zgt_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	7zgt_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zkgC 7zkhC 1wznS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase

B: Methyltransferase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.050, 87.490, 89.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Methyltransferase / C-Methyltransferase PsmD 分子量: 30780.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseofuscus (バクテリア) 遺伝子: psmD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8R3D8
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.88 Å / Num. obs: 35369 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.07 % / B_iso Wilson estimate: 46.5 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 17.16
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 13.51 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2572 / CC_1/2: 0.354 / R_rim(I) all: 4.329 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WZN

1wzn

解像度: 2.05→46.88 Å / SU ML: 0.3649 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 33.7091
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2524	1766	5 %
R_work	0.2153	33552	-
obs	0.2172	35318	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3903	0	19	155	4077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	4155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4155	5691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0379	615
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	756
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.5605	1437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.11	0.3984	134	0.3647	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.11-2.17	0.3702	133	0.3357	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.17-2.24	0.3976	131	0.3618	2518	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.24-2.32	0.4864	132	0.3857	2508	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.32-2.41	0.3253	134	0.2861	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.41-2.52	0.3109	136	0.253	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.52-2.65	0.2803	135	0.2406	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.65-2.82	0.3124	136	0.2385	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.82-3.04	0.2909	135	0.23	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.04-3.34	0.2617	137	0.2172	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.34-3.83	0.2478	137	0.2036	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.83-4.82	0.1831	140	0.1685	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-46.88	0.2108	146	0.1843	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.91163303915	1.10862918869	-2.18433237039	4.71199693304	-0.895364542112	2.91319054218	0.0268443013706	-0.303106351645	-0.519979816389	0.384791797457	-0.400173720411	-1.02761591144	0.161366959231	0.37631181286	0.341763421629	0.464561982774	-0.0336384727595	-0.0989425247652	0.543769538689	0.126109385417	0.622819242902	12.2936408309	9.10165496289	35.3958837647
2	2.72661074554	1.12504238529	-0.461067961357	6.97764701948	-0.95360070855	3.99317972324	-0.162816315994	0.333080569376	-0.345008099725	-0.450516005122	-0.162010525342	-0.62861744274	0.328194189176	0.230430973378	0.295419796589	0.486325353509	0.00379906191702	0.0200012644855	0.433092523505	-0.00495974500186	0.398565287038	2.87227804169	6.55468770391	24.449011133
3	4.9289219103	3.02427304036	0.949831106924	2.79285826443	0.501252312586	2.66623320766	0.091799268552	0.210624363716	-0.46353073077	0.127145930681	0.135865247165	-0.361740381009	0.115540980891	0.452777974597	-0.223344089613	0.546491927044	-0.0368429034289	0.000492127311937	0.383493122618	-0.0680143037249	0.485252672605	16.1183656547	28.4496377388	25.3400163306
4	4.9874300043	-1.11667023445	0.608999417916	4.0362617981	-0.75257183524	4.65279533827	0.0625208397457	-0.0771632552943	-0.0494503589102	0.350560023765	-0.00274672732076	0.361582023461	-0.0819750033077	-0.319250086094	-0.0577067675431	0.398736980422	-0.0605554466572	0.0356145157242	0.381347209456	0.0204275110648	0.334819214272	-6.70512829124	11.1198326902	30.3263497291
5	1.43623218669	-0.0403810597956	0.944725805667	6.6707938542	1.564655772	3.37364537261	0.109760176208	0.321315277903	0.325416335819	-0.41888569752	-0.0827457992975	-0.645381295528	-0.319651755256	0.251773997906	-0.0285131279915	0.465305411658	-0.0376596813405	0.0127478081219	0.488213804755	0.0816272837957	0.487031296905	21.9822509238	61.1027110622	33.5385949782
6	1.01722197229	-0.787673634576	0.157844373189	4.42789864713	1.66760066523	3.35880663766	-0.19471467726	-0.00162382392452	0.102204556509	0.151271966167	0.161587768671	-0.0690957332837	-0.0482304035573	0.0410104269143	0.0419786925689	0.283837091808	-0.0295710303144	-0.0436751364204	0.331187000785	0.0529509557755	0.336758249117	18.9977954082	50.4518429773	41.6092612998

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 17 through 106 )	A	A	17 - 106	1 - 90
2	2	chain 'A' and (resid 107 through 158 )	A	A	107 - 158	91 - 142
3	3	chain 'A' and (resid 159 through 221 )	A	A	159 - 221	143 - 205
4	4	chain 'A' and (resid 222 through 269 )	A	A	222 - 269	206 - 253
5	5	chain 'B' and (resid 19 through 132 )	B	D	19 - 132	1 - 114
6	6	chain 'B' and (resid 133 through 267 )	B	D	133 - 267	115 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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