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- PDB-7zgt: C-Methyltransferase PsmD from Streptomyces griseofuscus (apo form) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zgt | ||||||
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Title | C-Methyltransferase PsmD from Streptomyces griseofuscus (apo form) | ||||||
![]() | Methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossmann fold / Cap domain / indole C3-methylation / S-adenosyl methionine | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weiergraeber, O.H. / Amariei, D.A. / Pozhydaieva, N. / Pietruszka, J. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Enzymatic C3-Methylation of Indoles Using Methyltransferase PsmD-Crystal Structure, Catalytic Mechanism, and Preparative Applications Authors: Amariei, D.A. / Pozhydaieva, N. / David, B. / Schneider, P. / Classen, T. / Gohlke, H. / Weiergraber, O.H. / Pietruszka, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 244 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 175.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 456.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 459.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7zkgC ![]() 7zkhC ![]() 1wznS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30780.125 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-K / | #4: Chemical | ChemComp-FMT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: magnesium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→46.88 Å / Num. obs: 35369 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.07 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 17.16 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 13.51 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2572 / CC1/2: 0.354 / Rrim(I) all: 4.329 / % possible all: 99.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1WZN Resolution: 2.05→46.88 Å / SU ML: 0.3649 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 33.7091 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→46.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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