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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zgc | ||||||
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タイトル | Structure of yeast Sec14p with NPPM481 | ||||||
要素 | SEC14 cytosolic factor | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Sec14p / NPPM481 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport ...negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport / ゴルジ体 / ゴルジ体 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.236 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, Z. / Johnen, P. / Schaaf, G. / Bono, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Mechanisms by which small molecules of diverse chemotypes arrest Sec14 lipid transfer activity. 著者: Chen, X.R. / Poudel, L. / Hong, Z. / Johnen, P. / Katti, S. / Tripathi, A. / Nile, A.H. / Green, S.M. / Khan, D. / Schaaf, G. / Bono, F. / Bankaitis, V.A. / Igumenova, T.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zgc.cif.gz | 133.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zgc.ent.gz | 102.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36047.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SEC14, PIT1, YMR079W, YM9582.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24280 |
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#2: 化合物 | ChemComp-IUO / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.31 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 124 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2236→44.193 Å / Num. obs: 44052 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.4 % / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 16.47 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→6.64 Å / Num. unique obs: 44052 / Rrim(I) all: 0.099 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1aua 解像度: 2.236→44.193 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.236→44.193 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -34.8088 Å / Origin y: -8.805 Å / Origin z: -16.5854 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |