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- PDB-7zgb: Structure of yeast Sec14p with NPPM112 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zgb
タイトルStructure of yeast Sec14p with NPPM112
要素SEC14 cytosolic factor
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Sec14p / NPPM112
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport ...negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport / ゴルジ体 / ゴルジ体 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IUJ / SEC14 cytosolic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hong, Z. / Johnen, P. / Schaaf, G. / Bono, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mechanisms by which small molecules of diverse chemotypes arrest Sec14 lipid transfer activity.
著者: Chen, X.R. / Poudel, L. / Hong, Z. / Johnen, P. / Katti, S. / Tripathi, A. / Nile, A.H. / Green, S.M. / Khan, D. / Schaaf, G. / Bono, F. / Bankaitis, V.A. / Igumenova, T.I.
履歴
登録2022年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC14 cytosolic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3442
ポリマ－34,0461
非ポリマー2981
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.717, 88.717, 99.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 SEC14 cytosolic factor / Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein / PI/PC TP


分子量: 34045.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC14, PIT1, YMR079W, YM9582.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24280
#2: 化合物 ChemComp-IUJ / 4-fluoranyl-~{N}-[(4-pyrrolidin-1-ylphenyl)methyl]benzamide


分子量: 298.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19FN2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 124 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 23922 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.64 % / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 8.29
反射 シェル解像度: 2.7→7.98 Å / Num. unique obs: 23922 / Rrim(I) all: 0.142

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1aua

1aua


解像度: 2.7→20 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2373 9.92 %
Rwork0.2182 --
obs0.2213 23914 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 22 0 2422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1413324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7561486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.75260.4451290.34161195X-RAY DIFFRACTION96
2.7526-2.81240.39981420.33971287X-RAY DIFFRACTION100
2.8124-2.87780.34631420.32521252X-RAY DIFFRACTION100
2.8778-2.94980.32991480.34041312X-RAY DIFFRACTION100
2.9498-3.02950.35991420.32481233X-RAY DIFFRACTION100
3.0295-3.11860.38721390.30151257X-RAY DIFFRACTION100
3.1186-3.21930.31261360.28421290X-RAY DIFFRACTION100
3.2193-3.33430.33121500.24691281X-RAY DIFFRACTION100
3.3343-3.46770.28381280.25681221X-RAY DIFFRACTION99
3.4677-3.62550.30791410.24491292X-RAY DIFFRACTION99
3.6255-3.81650.29561420.22541299X-RAY DIFFRACTION100
3.8165-4.05550.22571440.21571261X-RAY DIFFRACTION100
4.0555-4.36840.21111400.18411277X-RAY DIFFRACTION100
4.3684-4.80750.23291400.17291277X-RAY DIFFRACTION99
4.8075-5.50210.19531420.17091259X-RAY DIFFRACTION100
5.5021-6.92770.20251370.22061262X-RAY DIFFRACTION99
6.9277-200.17591310.17171286X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.7315 Å / Origin y: -27.7328 Å / Origin z: 0.8525 Å
111213212223313233
T0.4952 Å2-0.1205 Å2-0.0176 Å2-0.4933 Å2-0.0105 Å2--0.484 Å2
L1.8662 °20.9386 °20.8667 °2-5.3336 °21.2037 °2--2.3348 °2
S-0.1149 Å °-0.0875 Å °0.1817 Å °-0.1935 Å °0.0117 Å °0.4446 Å °-0.0979 Å °-0.1178 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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