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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zg9 | ||||||
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タイトル | Structure of yeast Sec14p with himbacine | ||||||
要素 | SEC14 cytosolic factor | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Sec14p / himbacine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport ...negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport / ゴルジ体 / ゴルジ体 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.764 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, Z. / Johnen, P. / Schaaf, G. / Bono, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Mechanisms by which small molecules of diverse chemotypes arrest Sec14 lipid transfer activity. 著者: Chen, X.R. / Poudel, L. / Hong, Z. / Johnen, P. / Katti, S. / Tripathi, A. / Nile, A.H. / Green, S.M. / Khan, D. / Schaaf, G. / Bono, F. / Bankaitis, V.A. / Igumenova, T.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zg9.cif.gz | 254.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zg9.ent.gz | 206.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zg9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zg9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33962.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SEC14, PIT1, YMR079W, YM9582.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24280 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 238 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→43.297 Å / Num. obs: 122833 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 19.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→5.26 Å / Num. unique obs: 122833 / Rrim(I) all: 0.072 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1aua 解像度: 1.764→43.297 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.764→43.297 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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