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- PDB-7zf0: Crystal structure of UGT85B1 from Sorghum bicolor in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zf0
タイトルCrystal structure of UGT85B1 from Sorghum bicolor in complex with UDP and p-hydroxymandelonitrile
要素Cyanohydrin beta-glucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / cyanogenic / dhurrin biosynthesis / GT-B fold
機能・相同性cyanohydrin beta-glucosyltransferase / dhurrin biosynthetic process / cyanohydrin beta-glucosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / endoplasmic reticulum membrane / (2S)-HYDROXY(4-HYDROXYPHENYL)ETHANENITRILE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Cyanohydrin beta-glucosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Putkaradze, N. / Fredslund, F. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF20CC0035580 デンマーク
引用
ジャーナル: Plant J. / 年: 2022
タイトル: Structure-guided engineering of key amino acids in UGT85B1 controlling substrate and stereo-specificity in aromatic cyanogenic glucoside biosynthesis.
著者: Del Giudice, R. / Putkaradze, N. / Dos Santos, B.M. / Hansen, C.C. / Crocoll, C. / Motawia, M.S. / Fredslund, F. / Laursen, T. / Welner, D.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanohydrin beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,91012
ポリマ－53,7991
非ポリマー1,11211
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint25 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.630, 91.380, 92.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cyanohydrin beta-glucosyltransferase / UDP-glucose-p-hydroxymandelonitrile glucosyltransferase


分子量: 53798.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: UGT85B1, HMNGT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SBL1, cyanohydrin beta-glucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DHR / (2S)-HYDROXY(4-HYDROXYPHENYL)ETHANENITRILE / (S)-4-ヒドロキシマンデロニトリル


分子量: 149.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES/imidazole, 12.5% (w/v) PEG8000, 12.5% (v/v) ethylene glycol, 120 mM MORPHEUS monosaccharides mix

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月17日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→45.69 Å / Num. obs: 104591 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 29.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.55
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / Num. unique obs: 10304 / CC1/2: 0.329

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZER

7zer


解像度: 1.5→45.69 Å / SU ML: 0.2392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2041
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 5131 4.91 %
Rwork0.1885 99460 -
obs0.1896 104591 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3599 0 72 329 4000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01033743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07085082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0735572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.45291341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.510.44551560.44892834X-RAY DIFFRACTION87.55
1.51-1.530.43981620.42453335X-RAY DIFFRACTION99.86
1.53-1.550.3941860.38423259X-RAY DIFFRACTION99.94
1.55-1.570.39811520.35063320X-RAY DIFFRACTION99.94
1.57-1.590.32631560.33423290X-RAY DIFFRACTION99.97
1.59-1.610.30761760.30393263X-RAY DIFFRACTION99.97
1.61-1.640.31711670.29193323X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.660.29131690.27633320X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.27461720.27343265X-RAY DIFFRACTION99.94
1.69-1.710.27331960.26813292X-RAY DIFFRACTION99.94
1.71-1.740.26641610.25213309X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.780.23031630.23223309X-RAY DIFFRACTION99.97
1.78-1.810.25761740.22193305X-RAY DIFFRACTION99.97
1.81-1.850.23681740.21163318X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.25131810.20593287X-RAY DIFFRACTION99.94
1.89-1.930.22651660.20313314X-RAY DIFFRACTION99.97
1.93-1.980.21011650.20413324X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.030.22271680.19993324X-RAY DIFFRACTION99.97
2.03-2.090.231520.20843335X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.160.24121780.20443326X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.240.23511740.19483327X-RAY DIFFRACTION99.97
2.24-2.330.19431770.1833347X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.430.22781830.183302X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.560.19392040.17823332X-RAY DIFFRACTION99.94
2.56-2.720.17281820.17493338X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.930.19521690.17483351X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.230.20391430.18613409X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.690.24011670.17893408X-RAY DIFFRACTION100
3.69-4.650.16571760.15473438X-RAY DIFFRACTION99.94
4.65-45.690.18351820.17463556X-RAY DIFFRACTION99.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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