PDB-7zer: Crystal structure of UGT85B1 from Sorghum bicolor in complex with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zer

タイトル

Crystal structure of UGT85B1 from Sorghum bicolor in complex with UDP

要素

Cyanohydrin beta-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / cyanogenic / dhurrin biosynthesis / GT-B fold

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanohydrin beta-glucosyltransferase / dhurrin biosynthetic process / cyanohydrin beta-glucosyltransferase activity / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Sorghum bicolor (タカキビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Putkaradze, N. / Fredslund, F. / Welner, D.H.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Plant J. / 年: 2022
タイトル: Structure-guided engineering of key amino acids in UGT85B1 controlling substrate and stereo-specificity in aromatic cyanogenic glucoside biosynthesis.
著者: Del Giudice, R. / Putkaradze, N. / Dos Santos, B.M. / Hansen, C.C. / Crocoll, C. / Motawia, M.S. / Fredslund, F. / Laursen, T. / Welner, D.H.

履歴

登録	2022年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zer.cif.gz	230.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zer.ent.gz	150.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zf0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyanohydrin beta-glucosyltransferase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.900, 90.150, 92.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Cyanohydrin beta-glucosyltransferase / UDP-glucose-p-hydroxymandelonitrile glucosyltransferase 分子量: 53798.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: UGT85B1, HMNGT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9SBL1, cyanohydrin beta-glucosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM MES/imidazole, 12.5% (w/v) PEG8000, 12.5% (v/v) ethylene glycol, 120 mM MORPHEUS monosaccharides mix

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月17日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→45.07 Å / Num. obs: 121023 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 22.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.84
反射シェル	解像度: 1.42→1.471 Å / Num. unique obs: 44070 / CC_1/2: 0.426

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: UGT85H2

解像度: 1.42→45.07 Å / SU ML: 0.1936 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3694
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	5932	4.9 %
R_work	0.1825	115091	-
obs	0.1832	121023	98.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→45.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3599	0	53	327	3979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	3726
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9726	5064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0716	571
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0106	656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.048	1339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.43	0.3575	148	0.3988	2845	X-RAY DIFFRACTION	73.97
1.43-1.45	0.3844	183	0.3749	3626	X-RAY DIFFRACTION	93.38
1.45-1.47	0.3487	187	0.3357	3643	X-RAY DIFFRACTION	95.3
1.47-1.49	0.3244	207	0.3068	3799	X-RAY DIFFRACTION	98.43
1.49-1.51	0.2885	184	0.2773	3871	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.51-1.53	0.2821	207	0.2637	3824	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.53-1.55	0.245	206	0.2413	3829	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.55-1.57	0.2723	178	0.2361	3905	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.57-1.6	0.2586	206	0.2165	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.62	0.2255	192	0.2146	3866	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.62-1.65	0.2271	193	0.2022	3863	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.65-1.68	0.1946	205	0.1906	3845	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.68-1.71	0.2077	220	0.1918	3835	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.71-1.75	0.1886	189	0.1845	3917	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.75-1.78	0.2258	193	0.1917	3806	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.78-1.83	0.203	206	0.1874	3894	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.83-1.87	0.2328	204	0.2049	3858	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.87-1.92	0.2342	201	0.1966	3868	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.92-1.98	0.205	191	0.1868	3893	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.98-2.04	0.1961	203	0.1775	3864	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.04-2.12	0.1809	181	0.177	3918	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.12-2.2	0.1886	206	0.174	3886	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.2-2.3	0.1864	207	0.1727	3856	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.42	0.1969	210	0.1704	3913	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.42-2.57	0.1709	237	0.1694	3897	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.57-2.77	0.194	224	0.1677	3857	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.77-3.05	0.1808	164	0.1764	3970	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.05-3.49	0.2077	192	0.1871	3990	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.49-4.4	0.1702	189	0.1609	3989	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.4-45.07	0.1792	219	0.1707	4145	X-RAY DIFFRACTION	99.48

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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