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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zek | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of a hybrid-type G-quadruplex with a snapback loop (hybrid 1R') | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / hybrid G-quadruplex / snapback loop | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Jana, J. / Vianney, Y.M. / Schroeder, N. / Weisz, K. | 資金援助 | ドイツ, 1件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 | タイトル: Guiding the folding of G-quadruplexes through loop residue interactions. 著者: Jana, J. / Vianney, Y.M. / Schroder, N. / Weisz, K. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zek.cif.gz | 144.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zek.ent.gz | 116.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zek.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zek | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zemC 7zeoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6928.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.3 mM DNA (5'-D(*(DG5)P*GP*CP*TP*AP*(BG)P*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*(DG3))-3'), 90% H2O/10% D2O Label: sample1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.3 mM 構成要素: DNA (5'-D(*(DG5)P*GP*CP*TP*AP*(BG)P*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*(DG3))-3') Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: 10 mM / Label: sample_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |