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- PDB-7zeh: Human cytosolic 5' nucleotidase IIIB in complex with 3,4-diF-Bn7G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zeh
タイトルHuman cytosolic 5' nucleotidase IIIB in complex with 3,4-diF-Bn7Guanine
要素7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / Cytosolic 5' nucleotidase / N7 methylguanosine monophosphate dephosphorylation / mRNA cap degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / 7-methylguanosine nucleotidase / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine 5'-nucleotidase, eukaryotic / Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1) / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N7-(3,4-difluorobenzyl) guanine / PHOSPHATE ION / D-ribulose / 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kubacka, D. / Kozarski, M. / Baranowski, M.R. / Wojcik, R. / Jemielity, J. / Kowalska, J. / Basquin, J.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO- 2017/24/C/NZ1/00169 ポーランド
引用ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2022
タイトル: Substrate-Based Design of Cytosolic Nucleotidase IIIB Inhibitors and Structural Insights into Inhibition Mechanism.
著者: Kubacka, D. / Kozarski, M. / Baranowski, M.R. / Wojcik, R. / Panecka-Hofman, J. / Strzelecka, D. / Basquin, J. / Jemielity, J. / Kowalska, J.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
B: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
C: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
D: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,07853
ポリマ－138,7034
非ポリマー4,37549
水18,9881054
1
A: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,69212
ポリマ－34,6761
非ポリマー1,01611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,63011
ポリマ－34,6761
非ポリマー95410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,94016
ポリマ－34,6761
非ポリマー1,26415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,81614
ポリマ－34,6761
非ポリマー1,14013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.590, 80.890, 83.170
Angle α, β, γ (deg.)82.219, 72.462, 68.202
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 6 through 16 or (resid 17...A6 - 18
121(chain 'A' and (resid 6 through 16 or (resid 17...A21 - 161
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141(chain 'A' and (resid 6 through 16 or (resid 17...A169 - 207
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161(chain 'A' and (resid 6 through 16 or (resid 17...A232 - 253
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191(chain 'A' and (resid 6 through 16 or (resid 17...A401
1101(chain 'A' and (resid 6 through 16 or (resid 17...A501
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1121(chain 'A' and (resid 6 through 16 or (resid 17...A901
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3311(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...C164 - 166
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3371(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...C401
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3401(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...C801
3411(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...C1101
3421(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...C1201
4431(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D6 - 18
4441(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D21 - 161
4451(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D164 - 166
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4471(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D220 - 229
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4491(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D256 - 289
4501(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D301
4511(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D401
4521(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D901
4531(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D1001
4541(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D1101
4551(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D1201
4561(chain 'D' and ((resid 6 and (name N or name...D2201

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase / 7-methylguanosine nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase 3B / Cytosolic 5'-nucleotidase III-like ...7-methylguanosine nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase 3B / Cytosolic 5'-nucleotidase III-like protein / cN-III-like protein / N(7)-methylguanylate 5'-phosphatase


分子量: 34675.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C3B, NT5C3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q969T7, 7-methylguanosine nucleotidase, 5'-nucleotidase
#3: 糖
ChemComp-RBL / D-ribulose / D-リブロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 6種, 1099分子

#2: 化合物
ChemComp-IPQ / N7-(3,4-difluorobenzyl) guanine / 2-azanyl-7-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-9H-purin-7-ium-6-ol


分子量: 278.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10F2N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 5 % PEG 400, 1.73 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→75.08 Å / Num. obs: 218378 / % possible obs: 97.54 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 19.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08304 / Rpim(I) all: 0.02803 / Rrim(I) all: 0.08775 / Net I/σ(I): 15.43
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 20240 / CC1/2: 0.732 / CC star: 0.919 / % possible all: 90.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bdu

2bdu


解像度: 1.5→75.08 Å / SU ML: 0.1927 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 24.9235 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 10917 5 %
Rwork0.1877 409499 -
obs0.1893 218378 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→75.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8683 0 276 1054 10013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.236712362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10111372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3985407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.37146360.346212137X-RAY DIFFRACTION86.25
1.52-1.530.34126460.331512426X-RAY DIFFRACTION87.5
1.53-1.550.33816740.317312736X-RAY DIFFRACTION89.04
1.55-1.570.33276680.294412621X-RAY DIFFRACTION89.92
1.57-1.590.33376860.293412977X-RAY DIFFRACTION91.1
1.59-1.620.27266970.26613127X-RAY DIFFRACTION92.88
1.62-1.640.29796970.264113435X-RAY DIFFRACTION93.91
1.64-1.660.28037080.248313319X-RAY DIFFRACTION94.89
1.66-1.690.26937160.234613685X-RAY DIFFRACTION96.19
1.69-1.720.23887250.217513759X-RAY DIFFRACTION97.3
1.72-1.750.26217260.211413869X-RAY DIFFRACTION98.01
1.75-1.780.24377360.213934X-RAY DIFFRACTION98.43
1.78-1.810.21877400.185814003X-RAY DIFFRACTION98.5
1.81-1.850.23137400.185414035X-RAY DIFFRACTION98.51
1.85-1.890.23667400.180214057X-RAY DIFFRACTION98.67
1.89-1.930.21957290.182413904X-RAY DIFFRACTION98.63
1.93-1.980.25177360.186813955X-RAY DIFFRACTION98.77
1.98-2.040.22677340.164814036X-RAY DIFFRACTION98.74
2.04-2.10.19027380.164213988X-RAY DIFFRACTION98.87
2.1-2.160.20717410.161414025X-RAY DIFFRACTION98.8
2.16-2.240.21087390.160414058X-RAY DIFFRACTION98.75
2.24-2.330.2087330.165613962X-RAY DIFFRACTION98.65
2.33-2.440.21887310.174113958X-RAY DIFFRACTION98.72
2.44-2.560.20847380.172613979X-RAY DIFFRACTION98.76
2.56-2.730.22297350.177813986X-RAY DIFFRACTION98.46
2.73-2.940.20747300.179713933X-RAY DIFFRACTION98.36
2.94-3.230.21767220.182213928X-RAY DIFFRACTION97.72
3.23-3.70.21057310.185213807X-RAY DIFFRACTION97.6
3.7-4.660.17617370.167513935X-RAY DIFFRACTION98.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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