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- PDB-7zdy: Crystal structure of beta-xylosidase from Thermotoga maritima in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zdy
タイトルCrystal structure of beta-xylosidase from Thermotoga maritima in complex with methyl-beta-D-xylopyranoside
要素Beta-xylosidase
キーワードHYDROLASE / Complex methyl-beta-D-xylopyranoside Glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase activity / beta-glucosidase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily ...Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl beta-D-xylopyranoside / beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Gloster, T.M. / Foltanyi, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and further functional characterisation of a glycoside hydrolase family 3 beta-xylosidase from Thermotoga maritima
著者: Gloster, T.M. / Foltanyi, F. / Hobbs, E.M. / Pritchard, L.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: Beta-xylosidase
Y: Beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,2538
ポリマ－179,4522
非ポリマー8016
水14,646813
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area47860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.620, 97.680, 100.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11W
21Y

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 1 - 780 / Label seq-ID: 1 - 780

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1WA
2YB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylosidase / TmGH3


分子量: 89725.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: Tmari_0073 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4NX63, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 糖 ChemComp-6MJ / methyl beta-D-xylopyranoside / methyl beta-D-xyloside / methyl D-xyloside / methyl xyloside / メチルβ-D-キシロピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylp[1Me]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 3% polyethylene glycol 8000, 48% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 175 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→51.25 Å / Num. obs: 302573 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 64.2
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / Num. unique obs: 14737 / CC1/2: 0.331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JP0, 5Z9S, 5YOT, 3U4A, 5XXL

5jp0

5z9s

5yot

3u4a

5xxl


解像度: 1.46→51.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / WRfactor Rfree: 0.185 / WRfactor Rwork: 0.164 / SU B: 1.839 / SU ML: 0.062 / Average fsc free: 0.8205 / Average fsc work: 0.8253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1909 15107 4.994 %
Rwork0.1717 287395 -
all0.173 --
obs-302502 99.549 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å2-0 Å2
2--2.139 Å20 Å2
3----0.359 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→51.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11856 0 54 813 12723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01212295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.6416629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58851550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.70921.714630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.989152212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1421595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.25810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.28497
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.10.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1620.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1420.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0682.6536167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6573.9657728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7822.9676128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2624.2968901
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.48737.40518908
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0590.0525782
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11WX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.05870.0501
12YX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.05870.0501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.46-1.4980.35410960.355207520.355222630.440.43998.13590.355
1.498-1.5390.32510610.326204570.326217300.470.47399.02440.317
1.539-1.5830.3159850.296199770.296211350.5510.58299.18150.278
1.583-1.6320.26310520.267193530.267205460.7510.74499.31370.241
1.632-1.6860.2729880.248188020.249199200.8020.80999.34740.216
1.686-1.7450.2539200.23182920.231192940.8460.85299.5750.196
1.745-1.8110.2379100.202176010.203185850.8930.90199.60180.168
1.811-1.8840.2229040.185169800.187179350.9190.92899.71560.155
1.884-1.9680.28750.173163040.174172110.9350.94499.81410.146
1.968-2.0640.1997840.163156520.165164550.9430.95399.88450.142
2.064-2.1750.1957790.165149040.167156930.9480.95699.93630.148
2.175-2.3070.1938200.161140440.162148670.9530.96199.97980.145
2.307-2.4660.1826960.159133000.16139970.960.96499.99290.146
2.466-2.6630.1846690.162123690.163130400.9590.96499.98470.151
2.663-2.9160.1925620.161114820.162120440.9560.9651000.154
2.916-3.2590.1745770.162103670.162109440.9610.9661000.161
3.259-3.7610.1755260.14991480.1596750.9660.9799.98970.156
3.761-4.60.1384290.1378260.1382570.9790.9899.97580.147
4.6-6.480.172930.15661880.15664810.970.9731000.181
6.48-51.250.1921810.18735980.18837910.9750.97499.68350.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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