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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zdy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-xylosidase from Thermotoga maritima in complex with methyl-beta-D-xylopyranoside | ||||||
要素 | Beta-xylosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Complex methyl-beta-D-xylopyranoside Glycosyl hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å | ||||||
データ登録者 | Gloster, T.M. / Foltanyi, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and further functional characterisation of a glycoside hydrolase family 3 beta-xylosidase from Thermotoga maritima 著者: Gloster, T.M. / Foltanyi, F. / Hobbs, E.M. / Pritchard, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zdy.cif.gz | 334.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zdy.ent.gz | 258.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zdy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zdy_validation.pdf.gz | 1006.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zdy_full_validation.pdf.gz | 1011.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zdy_validation.xml.gz | 57.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zdy_validation.cif.gz | 86 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zdy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zdy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zb3C 7zeqC 7zgzC 3u4aS 5jp0S 5xxlS 5yotS 5z9sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 1 - 780 / Label seq-ID: 1 - 780
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89725.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: Tmari_0073 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4NX63, xylan 1,4-beta-xylosidase #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 3% polyethylene glycol 8000, 48% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 175 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→51.25 Å / Num. obs: 302573 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 64.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.49 Å / Num. unique obs: 14737 / CC1/2: 0.331 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JP0, 5Z9S, 5YOT, 3U4A, 5XXL 解像度: 1.46→51.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / WRfactor Rfree: 0.185 / WRfactor Rwork: 0.164 / SU B: 1.839 / SU ML: 0.062 / Average fsc free: 0.8205 / Average fsc work: 0.8253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have not been used
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.782 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→51.25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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