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- PDB-7zdj: Complex I from Ovis aries at pH5.5, Open state -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7zdj
タイトルComplex I from Ovis aries at pH5.5, Open state
要素
  • (Mitochondrial complex I, ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ...) x 7
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 3
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ...) x 2
  • Acyl carrier protein
  • Complex I subunit B13
  • Complex I-20kD
  • Complex I-23kD
  • Complex I-30kD
  • Complex I-49kD
  • Complex I-9kD
  • Complex I-AGGG
  • Complex I-B12
  • Complex I-B14
  • Complex I-B14.7
  • Complex I-B18
  • Complex I-B22
  • Complex I-B9
  • Complex I-ESSS
  • Complex I-KFYI
  • Complex I-MNLL
  • Complex I-MWFE
  • Complex I-PDSW
  • Complex I-SGDH
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードPROTON TRANSPORT / Complex I / respiration / NADH / proton pump / mitochondria / iron-sulphur cluster / oxidoreductase / membrane protein / Quinone
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity ...oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / membrane => GO:0016020 / : / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / FAD binding / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Akirin / Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / FAD-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / FAD binding domain ...Akirin / Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / FAD-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / FAD binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / START-like domain superfamily / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / SLBB domain / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / MYRISTIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / MYRISTIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / PFC0360w protein / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Flavoprotein/dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Petrova, O. / Sazanov, L.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101020697European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A universal coupling mechanism of respiratory complex I.
著者: Vladyslav Kravchuk / Olga Petrova / Domen Kampjut / Anna Wojciechowska-Bason / Zara Breese / Leonid Sazanov /
要旨: Complex I is the first enzyme in the respiratory chain, which is responsible for energy production in mitochondria and bacteria. Complex I couples the transfer of two electrons from NADH to quinone ...Complex I is the first enzyme in the respiratory chain, which is responsible for energy production in mitochondria and bacteria. Complex I couples the transfer of two electrons from NADH to quinone and the translocation of four protons across the membrane, but the coupling mechanism remains contentious. Here we present cryo-electron microscopy structures of Escherichia coli complex I (EcCI) in different redox states, including catalytic turnover. EcCI exists mostly in the open state, in which the quinone cavity is exposed to the cytosol, allowing access for water molecules, which enable quinone movements. Unlike the mammalian paralogues, EcCI can convert to the closed state only during turnover, showing that closed and open states are genuine turnover intermediates. The open-to-closed transition results in the tightly engulfed quinone cavity being connected to the central axis of the membrane arm, a source of substrate protons. Consistently, the proportion of the closed state increases with increasing pH. We propose a detailed but straightforward and robust mechanism comprising a 'domino effect' series of proton transfers and electrostatic interactions: the forward wave ('dominoes stacking') primes the pump, and the reverse wave ('dominoes falling') results in the ejection of all pumped protons from the distal subunit NuoL. This mechanism explains why protons exit exclusively from the NuoL subunit and is supported by our mutagenesis data. We contend that this is a universal coupling mechanism of complex I and related enzymes.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
4: Complex I-49kD
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
V: Complex I-B14.7
W: Complex I-SGDH
X: Acyl carrier protein
Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
Z: Complex I-PDSW
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
m: Complex I-B9
n: Complex I-B12
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
p: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4
q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
r: Mitochondrial complex I, B17 subunit
s: Complex I-B18
t: Complex I-B22
u: Complex I-AGGG
v: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
w: Complex I-ESSS
x: Complex I-KFYI
y: Complex I-MNLL
z: Complex I-MWFE
1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
5: Complex I-30kD
6: Complex I-20kD
9: Complex I-23kD
a: Complex I-9kD
b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
d: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
f: Complex I subunit B13
g: Complex I-B14
h: Mitochondrial complex I, B14.5a subunit
i: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
j: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)976,21861
ポリマ－970,41945
非ポリマー5,79916
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area271840 Å2
ΔGint-1774 kcal/mol
Surface area276750 Å2
手法PISA

-
要素

-
タンパク質 , 18種, 19分子 4VWXjZmnstuwz3569fg

#1: タンパク質 Complex I-49kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 52661.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUF9
#9: タンパク質 Complex I-B14.7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7


分子量: 14652.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3E4K7
#10: タンパク質 Complex I-SGDH / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 16317.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3E6Y9
#11: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 17608.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NQT7
#13: タンパク質 Complex I-PDSW / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit


分子量: 20526.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3EI17
#16: タンパク質 Complex I-B9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 8869.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NYM7
#17: タンパク質 Complex I-B12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 8958.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3E8V0
#22: タンパク質 Complex I-B18 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 14963.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P5V3
#23: タンパク質 Complex I-B22 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 21517.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PGA3
#24: タンパク質 Complex I-AGGG / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 7898.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PVD7
#26: タンパク質 Complex I-ESSS / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit


分子量: 11998.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A836CQA7
#29: タンパク質 Complex I-MWFE / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8211.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUG2
#32: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial


分子量: 75520.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QB34
#33: タンパク質 Complex I-30kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 24381.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3EKX5
#34: タンパク質 Complex I-20kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit


分子量: 17860.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P7E4I4
#35: タンパク質 Complex I-23kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit


分子量: 20219.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3TFB2
#41: タンパク質 Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH-ubiquinone ...Complex I-13kD-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 13028.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PNX7
#42: タンパク質 Complex I-B14 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 13767.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QC06

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN

#2: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13106.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78753, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35884.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78747, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19126.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78757, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10868.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78754, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68438.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78756, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 52086.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78755, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39149.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ... , 7種, 7分子 Ykoqvei

#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 20008.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3EAP5
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 36883.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QBF5
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14231.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P9Q8
#20: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 16766.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3E975
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18521.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q1B0
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 9841.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3E5Z9
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3CXE3

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 3種, 3分子 lbc

#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12474.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A836D7R1
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 10513.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P7EX23
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 14559.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PE07

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NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 2分子 pd

#19: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4


分子量: 14975.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QF73
#39: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9


分子量: 43025.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PI58

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Mitochondrial complex I, ... , 2種, 2分子 rh

#21: タンパク質 Mitochondrial complex I, B17 subunit


分子量: 15565.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PZE3
#43: タンパク質 Mitochondrial complex I, B14.5a subunit


分子量: 12701.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P0I2

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タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 xya

#27: タンパク質・ペプチド Complex I-KFYI / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 5808.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3EDV0
#28: タンパク質・ペプチド Complex I-MNLL / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6146.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUG1
#36: タンパク質・ペプチド Complex I-9kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 5263.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A836AFZ8

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 12

#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 47186.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: A0A835ZPN7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 23598.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NRY1

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非ポリマー , 9種, 16分子

#45: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#46: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#47: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#48: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#49: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#50: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#51: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#52: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#53: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex I from Ovis aries at pH5.5, Open state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
分子量値: 1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
緩衝液pH: 5.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3.3 sec. / 電子線照射量: 90 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7Coot0.8.9.3-preモデルフィッティング
9PHENIX1.2モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97548 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 6ZKE

6zke

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00467485
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73291528
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.479131
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04810078
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00611602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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