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Yorodumi- PDB-7zd9: Crystal structure of the E352T mutant of S-adenosyl-L-homocystein... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zd9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the E352T mutant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Synechocystis sp. PCC 6803 cocrystallized with adenosine in the presence of Rb+ cations | ||||||
Components | Adenosylhomocysteinase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / MUTAGENESIS | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Synechocystis sp. PCC 6803 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Wozniak, K. / Brzezinski, K. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2022 Title: Biochemical and structural insights into an unusual, alkali-metal-independent S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Synechocystis sp. PCC 6803. Authors: Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Barciszewski, J. / Czyrko-Horczak, J. / Sliwiak, J. / Gawel, M. / Wozniak, K. / Jaskolski, M. / Brzezinski, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zd9.cif.gz | 349 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zd9.ent.gz | 280.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zd9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7zd9_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7zd9_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 7zd9_validation.xml.gz | 37.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7zd9_validation.cif.gz | 57.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zd9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7o5lSC 7o5mC 7zd7C 7zd8C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 46238.742 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechocystis sp. PCC 6803 (bacteria) / Strain: PCC 6803 / Kazusa / Gene: ahcY, sll1234 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P74008, adenosylhomocysteinase |
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-Non-polymers , 6 types, 763 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: 2D plates |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 / Details: 0.2 M Sodium formate pH 7.0, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.8146 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 12, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8146 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.89→81.638 Å / Num. obs: 150834 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.829 % / Biso Wilson estimate: 28.36 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rrim(I) all: 0.234 / Χ2: 0.746 / Net I/σ(I): 9.27 / Num. measured all: 1030038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7O5L Resolution: 1.89→47.03 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.16 / Phase error: 23.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.99 Å2 / Biso mean: 29.2558 Å2 / Biso min: 14.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.89→47.03 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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