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- PDB-7zd8: Crystal structure of the R24E mutant of S-adenosyl-L-homocysteine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zd8
タイトルCrystal structure of the R24E mutant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Synechocystis sp. PCC 6803 cocrystallized with adenosine in the presence of Rb+ cations
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / MUTAGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / RUBIDIUM ION / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Wozniak, K. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2013/09/B/NZ1/01880 ポーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural insights into an unusual, alkali-metal-independent S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Synechocystis sp. PCC 6803.
著者: Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Barciszewski, J. / Czyrko-Horczak, J. / Sliwiak, J. / Gawel, M. / Wozniak, K. / Jaskolski, M. / Brzezinski, K.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,12016
ポリマ－92,4772
非ポリマー2,64214
水8,089449
1
A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,24032
ポリマ－184,9554
非ポリマー5,28528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area31720 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area51280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.310, 195.837, 81.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 46238.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: ahcY, sll1234 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P74008, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 6種, 463分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: 2D plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8146 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8146 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→102.511 Å / Num. obs: 120727 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.868 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.794 / Net I/σ(I): 10.32 / Num. measured all: 829146
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.03-2.156.5171.6821.0212604219612193400.5921.82698.6
2.15-2.36.6051.0051.7612180818442184420.761.091100
2.3-2.497.0130.6073.0111987417093170920.9030.655100
2.49-2.726.9940.3834.7811007815740157390.9560.413100
2.72-3.046.9460.2248.159888314235142350.9840.242100
3.04-3.516.8660.11315.378621412556125560.9950.122100
3.51-4.37.3580.06528.27818110627106260.9980.07100
4.3-6.086.880.05333.4456403819981980.9980.057100
6.08-102.5117.0380.03740.8431663450744990.9990.0499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7O5L

7o5l


解像度: 2.03→62.84 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 1939 1.61 %
Rwork0.1681 118683 -
obs0.1687 120622 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.58 Å2 / Biso mean: 46.3685 Å2 / Biso min: 29.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→62.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6341 0 157 456 6954
Biso mean--42.92 51.18 -
残基数----831
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.03-2.080.35751350.32648257839297
2.08-2.140.28861340.285884828616100
2.14-2.20.31731400.281184948634100
2.2-2.270.29561380.252484688606100
2.27-2.350.32651400.232785348674100
2.35-2.450.26291400.208184678607100
2.45-2.560.2581350.196584938628100
2.56-2.690.20861390.186484808619100
2.69-2.860.19311400.184685078647100
2.86-3.080.23341410.165685288669100
3.08-3.390.21711400.166184848624100
3.39-3.880.1851390.132884878626100
3.88-4.890.161390.124985078646100
4.89-62.840.15031390.153484958634100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77680.9011-1.05451.6606-0.06492.3213-0.0204-0.2235-0.15990.0638-0.1034-0.2297-0.13760.32770.11590.30340.03-0.01590.44910.04480.413926.320729.48541.833
21.45441.19120.04371.3510.05512.6729-0.10590.0366-0.1515-0.07410.0651-0.1290.0470.17830.03130.34630.03460.05920.34380.02020.393520.84223.9323-4.1915
33.01512.75680.13024.7833-2.22917.2455-0.20130.1863-0.0118-0.24530.13770.04520.1433-0.22560.06370.3710.02590.07350.32150.00740.432411.329115.4277-9.0932
41.07490.38710.20233.64961.21351.5602-0.0314-0.1276-0.3173-0.0887-0.14830.1250.2163-0.050.17660.40080.01650.04450.39190.04880.45426.698314.73114.3931
51.3450.5922-0.41292.0149-0.61821.69290.0076-0.0944-0.04120.0203-0.04970.0823-0.0729-0.17850.04310.26930.025-0.01130.3212-0.02060.292-5.941738.73645.6505
62.1231.14320.24116.1999-2.29354.5520.03190.1783-0.1356-0.62080.011-0.1040.4250.1571-0.05270.38730.05920.00310.4967-0.07750.3799-4.357236.1419-10.9879
78.3801-3.49785.60763.5422-2.16.15040.13780.34410.008-0.3991-0.13990.05820.17610.0805-0.00150.3709-0.02240.01460.3271-0.00740.29940.352140.4203-7.2458
80.9040.78180.36584.64511.46272.2468-0.0627-0.2752-0.27680.1296-0.0239-0.1290.33690.09970.08120.34420.060.05170.42130.08710.402816.145117.430913.5561
93.88154.0012-0.6947.385-2.94321.63720.5431-0.6817-0.28270.6777-0.42760.2429-0.1410.2311-0.10030.36420.02-0.00250.34920.04290.431310.788822.245439.7249
101.52550.2128-0.14972.0840.55081.73410.0370.15520.1253-0.23420.0202-0.2392-0.28080.1595-0.05580.41360.02090.02750.40370.0720.411.160471.095-4.5093
112.3758-0.5223-0.49211.71820.8771.6482-0.0033-0.05780.08-0.02760.0161-0.0775-0.03470.1567-0.01020.3049-0.0249-0.0070.34320.0340.289720.136352.882115.7334
122.2427-0.2956-0.92450.45020.25180.97260.09150.03910.3107-0.0760.00380.0367-0.3023-0.0738-0.11110.43960.0444-0.01520.37410.03050.3994-4.721770.68687.021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 45 )A9 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 110 )A46 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 143 )A111 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 193 )A144 - 193
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 194 through 299 )A194 - 299
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 300 through 323 )A300 - 323
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 324 through 355 )A324 - 355
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 356 through 402 )A356 - 402
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 403 through 425 )A403 - 425
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 9 through 193 )C9 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 194 through 343 )C194 - 343
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 344 through 422 )C344 - 422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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