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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zd3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase inhibited by Zn2+ ions | ||||||
要素 | Adenosylhomocysteinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / INHIBITION / METAL BINDING / ZINC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Malecki, P.H. / Gawel, M. / Brzezinski, K. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase inhibited by Zn2+ ions 著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Brzezinski, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zd3.cif.gz | 984.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zd3.ent.gz | 675.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zd3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zd3_validation.pdf.gz | 11.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zd3_full_validation.pdf.gz | 11.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zd3_validation.xml.gz | 85 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zd3_validation.cif.gz | 128.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zd3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6f3mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase |
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-非ポリマー , 11種, 1997分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-ADN / #4: 化合物 | ChemComp-BU1 / #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 化合物 | ChemComp-ZN / #8: 化合物 | ChemComp-BCN / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-CL / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.95 % / 解説: 3-D plate |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→81.284 Å / Num. obs: 183152 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.838 % / Biso Wilson estimate: 32.775 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 7.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6F3M 解像度: 1.9→29.53 Å / SU ML: 0.2736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1183 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 27.541940635 Å / Origin y: -16.6388896069 Å / Origin z: 26.4880594995 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |