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Yorodumi- PDB-7zd2: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocyst... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zd2 | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase inhibited by Co2+ ions. | ||||||
Components | Adenosylhomocysteinase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / INHIBITION / METAL BINDING / COBALT | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenosylhomocysteinase / S-adenosylmethionine cycle / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.16 Å | ||||||
Authors | Malecki, P.H. / Gawel, M. / Brzezinski, K. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase inhibited by Co2+ ions. Authors: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Brzezinski, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zd2.cif.gz | 762.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zd2.ent.gz | 627.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zd2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/7zd2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6f3mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 51735.031 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: ahcY, sahH, PA0432 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Gold(DE3) / References: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase |
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-Non-polymers , 9 types, 1762 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-ADN / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | ChemComp-CO / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-CL / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.31 % / Description: 3-D plate |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU PhotonJet-R / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU HyPix-6000HE / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.16→29.32 Å / Num. obs: 130661 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.111 % / Biso Wilson estimate: 29.74 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 6.59 / Num. measured all: 406543 / Scaling rejects: 350 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6F3M Resolution: 2.16→29.32 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.29 Å2 / Biso mean: 37.2308 Å2 / Biso min: 16.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.16→29.32 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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