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- PDB-7zd1: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocyst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zd1
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase inhibited by Hg2+ ions
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / INHIBITION / METAL BINDING / MERCURY
機能・相同性
機能・相同性情報


L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / 1,4-BUTANEDIOL / : / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,3-PROPANDIOL / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Gawel, M. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA BIS 2018/30/E/NZ1/00729 ポーランド
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2024
タイトル: A closer look at molecular mechanisms underlying inhibition of S -adenosyl-L-homocysteine hydrolase by transition metal cations.
著者: Gawel, M. / Malecki, P.H. / Sliwiak, J. / Stepniewska, M. / Imiolczyk, B. / Czyrko-Horczak, J. / Jakubczyk, D. / Marczak, L. / Plonska-Brzezinska, M.E. / Brzezinski, K.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,57946
ポリマ－206,9404
非ポリマー8,63942
水36,1922009
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34270 Å2
ΔGint-536 kcal/mol
Surface area56390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.418, 134.199, 108.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-510-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 8種, 2051分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物
ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.09 % / 解説: 3-D plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→105.474 Å / Num. obs: 679848 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.437 % / Biso Wilson estimate: 32.704 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.864 / Net I/σ(I): 9.57 / Num. measured all: 2336708
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.56-1.663.1841.1460.843476641110111091750.4741.37598.3
1.66-1.773.4270.6451.63537261042301032290.7550.76299
1.77-1.913.4510.3562.9333262197058963900.9110.4299.3
1.91-2.093.4640.1895.6630743589347887580.9710.22399.3
2.09-2.343.340.1069.9626754780677801090.9870.12799.3
2.34-2.73.7050.07115.9826326771266710620.9940.08399.7
2.7-3.313.6360.05122.8221773560135598760.9960.0699.6
3.31-4.683.3310.03928.9915305946495459470.9970.04698.8
4.68-105.4743.7010.03432.929365425506253020.9980.0499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F3M

6f3m


解像度: 1.56→105.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.387 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1787 1033 0.3 %RANDOM
Rwork0.1234 ---
obs0.1236 343077 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.63 Å2 / Biso mean: 30.917 Å2 / Biso min: 10.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å2-0.52 Å2
2---0.86 Å2-0 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→105.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14204 0 324 2034 16562
Biso mean--31.99 44.16 -
残基数----1843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01314987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01714355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.63620333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.491.59833138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27951896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92623.81714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.347152637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8271568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023220
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.146329342
LS精密化 シェル解像度: 1.561→1.601 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 75 -
Rwork0.486 24901 -
all-24976 -
obs--98.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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