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- PDB-7zcw: Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zcw
タイトルCryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP
要素
  • Small vasohibin-binding protein
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
キーワードPROTEIN BINDING / Microtubule / Enzyme / Complex / Detyrosination
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / syncytium formation by plasma membrane fusion / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin ...cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / syncytium formation by plasma membrane fusion / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / embryonic brain development / Gap junction assembly / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / positive regulation of axon guidance / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / negative regulation of endothelial cell migration / labyrinthine layer blood vessel development / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / peptidase activator activity / axon development / Recycling pathway of L1 / protein secretion / RHOH GTPase cycle / regulation of angiogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule-based process / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of protein ubiquitination / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / cellular response to interleukin-4 / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / cerebral cortex development / modulation of chemical synaptic transmission / PKR-mediated signaling / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / apical part of cell / HCMV Early Events / Aggrephagy / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / actin binding / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cytoskeleton / cilium / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / Small vasohibin-binding protein / Vasohibin / Coiled-coil domain-containing protein 23 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / Small vasohibin-binding protein / Vasohibin / Coiled-coil domain-containing protein 23 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin alpha-1B chain / Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Small vasohibin-binding protein / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Choi, S.R. / Blum, T. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_192566 スイス
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023
タイトル: VASH1-SVBP and VASH2-SVBP generate different detyrosination profiles on microtubules.
著者: Sacnicte Ramirez-Rios / Sung Ryul Choi / Chadni Sanyal / Thorsten B Blum / Christophe Bosc / Fatma Krichen / Eric Denarier / Jean-Marc Soleilhac / Béatrice Blot / Carsten Janke / Virginie ...著者: Sacnicte Ramirez-Rios / Sung Ryul Choi / Chadni Sanyal / Thorsten B Blum / Christophe Bosc / Fatma Krichen / Eric Denarier / Jean-Marc Soleilhac / Béatrice Blot / Carsten Janke / Virginie Stoppin-Mellet / Maria M Magiera / Isabelle Arnal / Michel O Steinmetz / Marie-Jo Moutin /
要旨: The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of ...The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of action is little known. Here, we show in reconstituted systems and cells that VASH1-SVBP and VASH2-SVBP drive the global and local detyrosination of microtubules, respectively. We solved the cryo-electron microscopy structure of VASH2-SVBP bound to microtubules, revealing a different microtubule-binding configuration of its central catalytic region compared to VASH1-SVBP. We show that the divergent mode of detyrosination between the two enzymes is correlated with the microtubule-binding properties of their disordered N- and C-terminal regions. Specifically, the N-terminal region is responsible for a significantly longer residence time of VASH2-SVBP on microtubules compared to VASH1-SVBP. We suggest that this VASH region is critical for microtubule detachment and diffusion of VASH-SVBP enzymes on lattices. Our results suggest a mechanism by which VASH1-SVBP and VASH2-SVBP could generate distinct microtubule subpopulations and confined areas of detyrosinated lattices to drive various microtubule-based cellular functions.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
D: Small vasohibin-binding protein
E: Tubulin alpha-1B chain
F: Tubulin beta-2B chain
G: Tubulin beta-2B chain
H: Tubulin beta-2B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,58620
ポリマ－349,3098
非ポリマー3,27712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, Results of microtubule co-pelleting assays with VASH2-SVBP indicate an interaction with the core microtubule lattice.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area25060 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area102810 Å2

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFGHCD

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Hela / 参照: UniProt: P68363
#2: タンパク質
Tubulin beta-2B chain


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q9BVA1
#3: タンパク質 Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Vasohibin-2 / Vasohibin-like protein


分子量: 40488.914 Da / 分子数: 1 / Mutation: C158A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH2, VASHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86V25, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
#4: タンパク質 Small vasohibin-binding protein / Coiled coil domain-containing protein 23


分子量: 8780.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Recombinant C-terminal his6-tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N300

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非ポリマー , 3種, 12分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER


分子量: 521.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VASH2-SVBP complex bound to the microtubule / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.38 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMTris bufferC4H11NO31
31 mMDichlorodiphenyltrichloroethaneC14H9Cl51
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Mixture of VASH2-SVBP and microtubules
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3345

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.8粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
8Coot0.9.7モデルフィッティング
10PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
11Coot0.9.7モデル精密化
12RELION3.0.8初期オイラー角割当
13RELION3.0.8最終オイラー角割当
15RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 153041
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96922 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 54.76 / プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
16QBY

6qby

6QBY1
23JAL

3jal

H3JAL2
33JAL

3jal

G3JAL2
43JAL

3jal

A3JAL2
53JAL

3jal

E3JAL2
63JAL

3jal

B3JAL2
73JAL

3jal

F3JAL2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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