PDB-7zcc: yxBC from Bacillus subtilis in complex with Mn and N-oxalylglycin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zcc

タイトル

yxBC from Bacillus subtilis in complex with Mn and N-oxalylglycine (NOG)

要素

Uncharacterized protein YxbC

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / HYDROXYLATION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD

機能・相同性

JmjC domain-containing / JmjC domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / metal ion binding / : / N-OXALYLGLYCINE / Uncharacterized protein YxbC

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: yxBC from Bacillus subtilis in complex with Mn and N-oxalylglycine (NOG)
著者: Chowdhury, R. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zcc.cif.gz	762 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zcc.ent.gz	643.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zcc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7zcc_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zcc_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7zcc_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	7zcc_validation.cif.gz	82.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1vrbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YxbC

B: Uncharacterized protein YxbC

C: Uncharacterized protein YxbC

D: Uncharacterized protein YxbC

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein YxbC

B: Uncharacterized protein YxbC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
79.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein YxbC

D: Uncharacterized protein YxbC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.733, 109.733, 192.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YxbC 分子量: 38823.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yxbC, yxaQ, BSU39880, VE7D / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46327

-
非ポリマー , 5種, 840分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: For details, please contact chowdhury.rzaman@gmail.com

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91741 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月5日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91741 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.848→50 Å / Num. obs: 105884 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.4 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_sym value: 0.065 / Χ²: 1.158 / Net I/σ(I): 20.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_sym value	Χ²	% possible all
1.85-1.92	3.7	2.1	10600	0.8	0.783	1.097	94.6
1.92-1.99	3.7		10350		0.538	1.241	91.5
1.99-2.08	3.7		9913		0.351	1.229	88.2
2.08-2.19	3.9		10956		0.236	1.108	97.2
2.19-2.33	3.9		10923		0.165	1.133	96.9
2.33-2.51	3.9		10858		0.126	1.146	96.3
2.51-2.76	3.9		10538		0.093	1.213	93.1
2.76-3.16	4		10135		0.064	1.226	89.4
3.16-3.99	4.1		11059		0.044	1.177	97.1
3.99-50	4.1		10552		0.037	1.029	90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VRB

1vrb

解像度: 1.848→47.647 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	5161	4.88 %
R_work	0.1654	100698	-
obs	0.1671	105859	93.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.9 Å² / k_sol: 0.42 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.39 Å² / B_iso mean: 42.5509 Å² / B_iso min: 14.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.848→47.647 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10169	0	311	807	11287
B_iso mean	-	-	74.25	47.25	-
残基数	-	-	-	-	1301

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8481-1.8691	0.2942	165	0.2727	3300	93
1.8691-1.8911	0.3075	168	0.2558	3404	95
1.8911-1.9141	0.2697	178	0.234	3328	94
1.9141-1.9383	0.2681	178	0.2261	3332	93
1.9383-1.9639	0.2279	205	0.2132	3272	92
1.9639-1.9908	0.2815	145	0.2204	3211	89
1.9908-2.0192	0.2482	142	0.2177	2870	81
2.0192-2.0493	0.26	186	0.1876	3056	86
2.0493-2.0814	0.2229	196	0.1881	3463	98
2.0814-2.1155	0.2026	200	0.1722	3477	97
2.1155-2.152	0.1877	160	0.1616	3506	97
2.152-2.1911	0.1868	183	0.1714	3462	97
2.1911-2.2332	0.2054	179	0.1611	3484	97
2.2332-2.2788	0.1799	205	0.1625	3404	97
2.2788-2.3284	0.2265	160	0.162	3487	97
2.3284-2.3825	0.1932	162	0.166	3474	97
2.3825-2.4421	0.1871	153	0.1594	3480	97
2.4421-2.5081	0.2242	155	0.1703	3448	95
2.5081-2.5819	0.2257	175	0.1671	3378	95
2.5819-2.6653	0.2021	148	0.1663	3411	94
2.6653-2.7605	0.2042	198	0.1596	3217	91
2.7605-2.871	0.1835	172	0.1613	2972	83
2.871-3.0017	0.2238	135	0.1623	3141	87
3.0017-3.1599	0.2075	218	0.169	3497	98
3.1599-3.3578	0.234	170	0.159	3551	98
3.3578-3.617	0.1783	152	0.1445	3544	98
3.617-3.9808	0.1428	169	0.1331	3485	96
3.9808-4.5565	0.1458	161	0.126	3432	94
4.5565-5.7391	0.1799	135	0.1471	3063	83
5.7391-47.647	0.2327	208	0.2154	3549	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1452	-0.1974	-0.4385	1.5726	0.6674	1.8239	-0.2822	-0.0477	-0.3647	-0.399	0.207	-0.2947	0.6666	-0.0249	0.0687	0.412	-0.0479	0.1007	0.2409	0.042	0.3423	19.8609	-37.9671	47.7138
2	3.7528	-0.2023	-0.7673	2.7698	-0.1594	4.2453	0.1813	-0.5384	-1.0024	0.3495	-0.375	-0.7314	0.2029	0.4183	0.0489	0.4643	-0.0963	-0.0079	0.2697	0.173	0.5232	31.3434	-36.3462	50.8646
3	0.4775	-0.3565	0.2369	1.7308	-2.2886	6.8479	0.0761	-0.3575	-0.597	0.2235	-0.0322	-0.0715	0.576	0.6087	0.0077	0.2072	0.0497	-0.0159	0.2719	0.0796	0.3794	45.3833	-31.4887	41.5219
4	1.2756	-0.4244	-0.6524	2.6866	-0.4864	0.4589	0.0721	0.0938	0.195	-0.1852	0.0269	0.0458	-0.3342	-0.0489	0.0038	0.2687	0.0289	-0.0105	0.2147	0.0072	0.1872	41.7828	-10.2656	39.0207
5	1.3629	0.3154	-0.1672	3.4896	-1.1005	3.1478	-0.2018	-0.1745	0.1184	0.2853	0.1277	-0.2542	-0.3339	0.2358	-0.0549	0.204	-0.0076	-0.0293	0.2284	-0.0175	0.2076	44.9207	-13.5887	39.6931
6	2.9832	2.09	0.485	1.6449	0.569	0.4789	-0.0632	0.0016	-0.4567	0.1585	0.0004	-0.3025	0.2088	0.0252	0.0764	0.2681	0.0531	0.0329	0.227	0.0242	0.3128	33.0746	-33.3295	35.7674
7	1.1871	0.1681	0.7371	0.4426	0.0922	1.678	-0.1215	0.3027	-0.0353	0.0513	0.0826	-0.0095	-0.0165	0.2817	0.0872	0.1933	-0.0016	-0.0228	0.1904	0.0264	0.2241	31.2775	-27.4916	37.6054
8	1.8602	1.1133	-0.3005	2.2655	0.4859	0.3142	0.0812	-0.4002	-0.0082	0.2055	-0.1321	-0.1878	-0.0496	0.0265	0.0001	0.2196	-0.0145	-0.0221	0.2399	0.0621	0.2058	30.8248	-22.6118	45.5299
9	2.045	-0.5564	1.1106	2.0724	-0.5699	2.0664	-0.1692	-0.1272	0.6697	0.2305	-0.1968	0.2599	-0.5732	-0.1358	0.2569	0.4315	-0.0305	0.0613	0.3384	-0.0035	0.5019	19.2942	-12.8843	44.1662
10	3.4293	0.0474	0.0822	2.3132	-0.467	0.1969	0.2241	-0.3227	-0.0693	0.5638	-0.2991	-0.0565	-0.3524	0.3023	0.0535	0.3576	-0.0932	0.0259	0.2623	0.0562	0.1898	26.5893	-26.0313	51.5592
11	2.3537	0.5928	-0.0228	1.823	0.2686	0.9123	0.0782	-0.2467	0.0517	0.3693	-0.1219	-0.1057	-0.2107	0.274	0.0379	0.2576	-0.0567	-0.0063	0.2398	0.0621	0.1801	30.652	-22.9998	45.9307
12	3.0037	0.7265	-0.9664	0.6949	-1.1251	3.2069	-0.0796	0.5199	0.4368	-0.1593	0.2259	0.2524	-0.0675	-0.2438	-0.0958	0.1948	-0.0294	-0.0309	0.3309	0.0763	0.2894	13.3354	-19.6611	14.2639
13	0.4051	0.1185	0.4905	2.9826	2.8644	2.9262	-0.1116	0.9544	0.5278	-0.8928	-0.0483	0.4014	-0.4846	-0.6445	-0.0724	0.2747	0.0423	-0.0699	0.6948	0.3369	0.5739	5.315	-13.3196	9.589
14	3.6382	1.8679	0.9625	3.2622	0.8094	0.9256	-0.0391	0.5254	0.1541	0.0042	0.0676	-0.0262	0.0523	-0.0236	-0.062	0.2508	-0.0161	0.0148	0.255	0.0233	0.215	26.6652	-27.7081	24.381
15	0.36	-0.177	-0.0341	3.307	0.0094	-0.0511	-0.1674	-0.0384	0.1899	0.0523	0.3067	0.1235	-0.2365	-0.4718	-0.1795	0.4384	0.0777	0.0042	0.4145	0.1538	0.3072	28.132	1.2629	-1.3128
16	1.8989	0.4095	0.9392	2.0681	1.8894	6.1581	-0.1055	0.3865	0.4503	-0.3861	0.1506	-0.0723	-0.6624	0.2217	-0.1225	0.3296	-0.0106	0.0272	0.2465	0.0867	0.2534	39.967	-0.0465	-0.4591
17	3.5757	-0.983	-0.8225	3.0417	-1.2718	3.6386	0.1899	-0.0362	0.2518	0.0421	-0.0794	-0.335	-0.4392	0.4064	-0.0682	0.205	-0.0854	0.0026	0.2279	-0.0075	0.2468	49.1633	-4.9363	13.5727
18	0.4929	-0.3181	0.293	3.4648	-1.8655	1.0686	0.2731	0.0341	-0.6708	-0.2692	-0.3344	0.0411	0.9474	-0.3222	-0.2254	0.4045	-0.0251	-0.0856	0.25	-0.0222	0.4419	47.1816	-26.7357	13.049
19	2.1692	-0.4919	-0.125	4.8185	0.9172	4.3512	0.0636	-0.2168	-0.6372	0.0638	0.1077	-0.2404	0.5615	0.2415	-0.196	0.2344	0.0186	-0.0813	0.2646	0.0043	0.3114	50.2166	-23.1146	13.6526
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精密化 TLSグループ

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28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 299:328)	B	299 - 328
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 5:28)	C	5 - 28
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 29:44)	C	29 - 44
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 45:60)	C	45 - 60
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 61:75)	C	61 - 75
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 76:95)	C	76 - 95
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 96:122)	C	96 - 122
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 123:137)	C	123 - 137
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 138:158)	C	138 - 158
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain C and resid 159:204)	C	159 - 204
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 205:221)	C	205 - 221
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 222:242)	C	222 - 242
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain C and resid 243:271)	C	243 - 271
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 272:298)	C	272 - 298
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 299:328)	C	299 - 328
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 5:28)	D	5 - 28
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 29:44)	D	29 - 44
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 45:60)	D	45 - 60
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 61:75)	D	61 - 75
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain D and resid 222:242)	D	222 - 242
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain D and resid 243:271)	D	243 - 271
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain D and resid 272:298)	D	272 - 298
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain D and resid 299:328)	D	299 - 328

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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