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- PDB-7zcb: Human Pikachurin/EGFLAM N-terminal Fibronectin-III (1-2) domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zcb
タイトルHuman Pikachurin/EGFLAM N-terminal Fibronectin-III (1-2) domains
要素Pikachurin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bipolar cells / GPR179 ligand / Proteoglycan / Synapse / Signalosome
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial matrix / photoreceptor ribbon synapse / glycosaminoglycan binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / presynaptic active zone / basement membrane / synaptic cleft / extracellular matrix organization / cell projection / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Laminin G domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. ...Laminin G domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pantalone, S. / Savino, S. / Viti, L.V. / Forneris, F.
資金援助 スイス, 米国, イタリア, 3件
組織認可番号国
Velux Stiftung1375 スイス
The Giovanni Armenise-Harvard FoundationCDA 2013 米国
Ministero dell Universita e della RicercaDipartimenti di Eccellenza 2018-2022 イタリア
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2023
タイトル: Structure of the photoreceptor synaptic assembly of the extracellular matrix protein pikachurin with the orphan receptor GPR179.
著者: Dipak N Patil / Serena Pantalone / Yan Cao / Thibaut Laboute / Scott J Novick / Shikha Singh / Simone Savino / Silvia Faravelli / Francesca Magnani / Patrick R Griffin / Appu K Singh / ...著者: Dipak N Patil / Serena Pantalone / Yan Cao / Thibaut Laboute / Scott J Novick / Shikha Singh / Simone Savino / Silvia Faravelli / Francesca Magnani / Patrick R Griffin / Appu K Singh / Federico Forneris / Kirill A Martemyanov /
要旨: Precise synapse formation is essential for normal functioning of the nervous system. Retinal photoreceptors establish selective contacts with bipolar cells, aligning the neurotransmitter release ...Precise synapse formation is essential for normal functioning of the nervous system. Retinal photoreceptors establish selective contacts with bipolar cells, aligning the neurotransmitter release apparatus with postsynaptic signaling cascades. This involves transsynaptic assembly between the dystroglycan-dystrophin complex on the photoreceptor and the orphan receptor GPR179 on the bipolar cell, which is mediated by the extracellular matrix protein pikachurin (also known as EGFLAM). This complex plays a critical role in the synaptic organization of photoreceptors and signal transmission, and mutations affecting its components cause blinding disorders in humans. Here, we investigated the structural organization and molecular mechanisms by which pikachurin orchestrates transsynaptic assembly and solved structures of the human pikachurin domains by x-ray crystallography and of the GPR179-pikachurin complex by single-particle, cryo-electron microscopy. The structures reveal molecular recognition principles of pikachurin by the Cache domains of GPR179 and show how the interaction is involved in the transsynaptic alignment of the signaling machinery. Together, these data provide a structural basis for understanding the synaptic organization of photoreceptors and ocular pathology.
履歴
登録2022年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pikachurin
C: Pikachurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9369
ポリマ－49,5862
非ポリマー1,3507
水724
1
B: Pikachurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3802
ポリマ－24,7931
非ポリマー5871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Pikachurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5577
ポリマ－24,7931
非ポリマー7646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.902, 62.077, 106.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and (resid 34 through 148 or resid 150...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 34 through 148 or resid 150...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSPROPROBA34 - 12820 - 114
d_12VALVALALAALABA131 - 239117 - 225
d_13NAGNAGNAGNAGAC1
d_14NAGNAGNAGNAGAC1
d_15BMABMABMABMAAC3
d_21LYSLYSPROPROCB34 - 12820 - 114
d_22VALVALALAALACB131 - 239117 - 225
d_23NAGNAGNAGNAGDD1
d_24NAGNAGNAGNAGDD1
d_25BMABMABMABMADD3

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.619191274329, 0.77313600824, 0.13734219511), (0.782347308381, 0.622400315037, 0.0234635229708), (-0.0673413310153, 0.12197770536, -0.99024571927)ベクター: -33. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.619191274329, 0.77313600824, 0.13734219511), (0.782347308381, 0.622400315037, 0.0234635229708), (-0.0673413310153, 0.12197770536, -0.99024571927)
ベクター: -33.8811326027, 13.3056784404, 70.4488679252)

-
要素

#1: タンパク質 Pikachurin / Agrin-like protein / EGF-like / fibronectin type-III and laminin G-like domain-containing protein


分子量: 24793.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal GSHHHHHHGS sequence and C-terminal AAA sequence are due to cloning into the expression vector used for recombinant protein expression
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFLAM, AGRINL, AGRNL, PIKA / プラスミド: pUPE.06.03 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q63HQ2
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18% PEG 3350, 180 mM Sodium Bromide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.06 Å / Num. obs: 15494 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 53.91 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.594 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1726 / CC1/2: 0.519 / Rpim(I) all: 1.423 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FM4

5fm4


解像度: 2.5→46.06 Å / SU ML: 0.4759 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.1953
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 763 4.94 %
Rwork0.2439 14689 -
obs0.2454 15452 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 83 4 3139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84454404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.34471214
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.43014020407 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.40251610.39312885X-RAY DIFFRACTION98.19
2.69-2.960.36151590.31752928X-RAY DIFFRACTION98.19
2.96-3.390.34391430.30612935X-RAY DIFFRACTION98.62
3.39-4.270.26931590.23142945X-RAY DIFFRACTION98.63
4.27-46.060.21511410.18952996X-RAY DIFFRACTION97.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.075207755150.587865022396-0.5834683312215.87842062648-0.9375296426163.622983692930.0453044033911-0.183206049371-0.2787442711540.382186967030.06292837902410.167521433299-0.3650725514520.1420049120060.09894505562230.37600323952-0.05790755647450.04625828472010.4062529043940.0137971508250.45559041794819.13244693154.112255246693.2811310376
20.552567303828-1.362545703-0.7518897017083.482747547232.297998118254.35478802762-0.321715369909-0.831295627130.1485536329870.4527031781830.0967876889430.698640131511-1.11229840213-0.07323627680320.04194783122680.450368515144-0.00334540432669-0.003036257717820.9431847667840.03743869583590.8633341361411.652034835764.338778797293.4521697225
34.75142044983-0.1248732829350.2515804105435.69801367541-2.775365534087.767577044850.0210969019732-0.615384542170.007886633336910.2994943254810.2828270907190.7826177957430.0342021734308-1.19464441165-0.1944238925280.476753322-0.05309439839410.02510062288630.4655019327050.006273952734520.5182097508215.295008067258.095979739592.5707235118
43.241286042061.196260937545.73145011358-0.03679250445181.478226125118.97433404146-0.361734723317-0.03770328579490.515807600097-0.144950650917-0.530166097396-0.00456272932547-1.78875554941-0.1078731085610.3565992570890.574122546289-0.03259303019840.01047170034790.606416951019-0.03197835563260.54473585901416.197812337764.704633277568.0330639746
5-0.02769735576610.370456116379-0.04226311638452.478382155940.6439723006113.396780704160.144323449379-0.910522057396-0.1811113748460.15599761235-0.05986827340020.04717135262290.254358489535-1.23462676657-0.06055527624270.47359221696-0.02673343585790.04386005536280.7719467410950.03129860684280.4056883408834.2803026064655.762268118749.6357406409
63.87718519621-0.1066584684964.236807246290.6036679280130.8263934265046.600026973910.1627373824510.333923562392-0.2682676196330.7459267781610.2579712729870.2236763102850.7519893362520.250381151442-0.2919686748480.793358361517-0.09612824425470.09349958389470.5384217928230.190328468420.7799841244948.0470921471248.534909817151.844528466
74.465902393360.7097197179651.414867672712.608575054340.9484480642178.90641632893-0.11851435803-0.9245951211980.005235326702220.2039913672190.00996923897080.219917958451-0.220906913887-1.579806045860.0367196493650.3739942806730.02841184278730.05954119997670.664617745330.06158461320510.498858431821.1044513440656.809199750448.3477008391
84.144299500161.72214591989-1.124821975143.593272405781.54792990661.72219683408-0.2104662702570.80360854029-0.108558841025-0.7480086832620.0498447580150.213479493222-0.0815978027105-0.252855409040.2573598300410.914734297268-0.031704596188-0.06716623642460.5611363869020.06796715286570.5779572978956.9114945424764.5700431557-17.1892671761
96.840436604324.27255407622-2.125685717492.84831633937-1.717189926821.20730653637-0.252186370351-0.1637098503620.386309173054-0.2481656641620.271736058683-0.2509178212411.339856232130.0221282121051-0.4338161928431.201477766290.0651401521953-0.04049425270620.5800229389550.0414685388640.96843313504120.108148430762.6267941557-13.1169978833
100.6662305238260.225426482507-0.605173072871.78909764681-3.157063024284.00057776254-0.02804245548830.304900637043-0.11039080214-0.3606279142760.214984086675-0.166392438514-0.0624718274258-0.107681573766-0.1915999370960.790358058354-0.0251721788317-0.01436244832140.589747638364-0.0153962991710.59720055996414.567841534765.1039195432-5.28870622001
112.136919557620.300981234558-0.03170583037734.35968657028-2.301351751735.718281056790.0409152090035-0.0324917906128-0.1254022853310.2362435543640.1049153705650.2141685666360.242080811701-0.0518455036136-0.1726624098720.4565643171480.03010886406610.02737278441570.369958951979-0.0104087313290.40928663772113.414637173851.68427719127.2171856988
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 34 through 74 )BA34 - 741 - 41
22chain 'B' and (resid 75 through 94 )BA75 - 9442 - 52
33chain 'B' and (resid 95 through 128 )BA95 - 12853 - 86
44chain 'B' and (resid 129 through 148 )BA129 - 14887 - 106
55chain 'B' and (resid 149 through 191 )BA149 - 191107 - 149
66chain 'B' and (resid 192 through 203 )BA192 - 203150 - 161
77chain 'B' and (resid 204 through 239 )BA204 - 239162 - 197
88chain 'C' and (resid 34 through 66 )CE34 - 661 - 33
99chain 'C' and (resid 67 through 94 )CE67 - 9434 - 52
1010chain 'C' and (resid 95 through 148 )CE95 - 14853 - 106
1111chain 'C' and (resid 149 through 239 )CE149 - 239107 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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