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万見
- PDB-7zc2: Dipeptide and tripeptide Permease C (DtpC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zc2
タイトルDipeptide and tripeptide Permease C (DtpC)
要素Amino acid/peptide transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / Peptide transporter / Proton coupled oligopeptide transporter / POT / MFS / DtpC.
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid/peptide transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Killer, M. / Finocchio, G. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Loew, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM Structure of an Atypical Proton-Coupled Peptide Transporter: Di- and Tripeptide Permease C.
著者: Maxime Killer / Giada Finocchio / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Els Pardon / Jan Steyaert / Christian Löw /
要旨: Proton-coupled Oligopeptide Transporters (POTs) of the Major Facilitator Superfamily (MFS) mediate the uptake of short di- and tripeptides in all phyla of life. POTs are thought to constitute the ...Proton-coupled Oligopeptide Transporters (POTs) of the Major Facilitator Superfamily (MFS) mediate the uptake of short di- and tripeptides in all phyla of life. POTs are thought to constitute the most promiscuous class of MFS transporters, with the potential to transport more than 8400 unique substrates. Over the past two decades, transport assays and biophysical studies have shown that various orthologues and paralogues display differences in substrate selectivity. The genome codes for four different POTs, known as Di- and tripeptide permeases A-D (DtpA-D). DtpC was shown previously to favor positively charged peptides as substrates. In this study, we describe, how we determined the structure of the 53 kDa DtpC by cryogenic electron microscopy (cryo-EM), and provide structural insights into the ligand specificity of this atypical POT. We collected and analyzed data on the transporter fused to split superfolder GFP (split sfGFP), in complex with a 52 kDa Pro-macrobody and with a 13 kDa nanobody. The latter sample was more stable, rigid and a significant fraction dimeric, allowing us to reconstruct a 3D volume of DtpC at a resolution of 2.7 Å. This work provides a molecular explanation for the selectivity of DtpC, and highlights the value of small and rigid fiducial markers such as nanobodies for structure determination of low molecular weight integral membrane proteins lacking soluble domains.
履歴
登録2022年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid/peptide transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0901
ポリマ－53,0901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC) also forms dimers and each copy binds to the conformation specific nanobody 26.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22660 Å2

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要素

#1: タンパク質 Amino acid/peptide transporter / Di/tripeptide permease YjdL / Dipeptide and tripeptide permease / Dipeptide and tripeptide permease ...Di/tripeptide permease YjdL / Dipeptide and tripeptide permease / Dipeptide and tripeptide permease D / Dipeptide/tripeptide permease DtpC / MFS transporter / Peptide permease / Probable dipeptide and tripeptide permease YjdL / Putative dipeptide and tripeptide permease YjdL / YjdL peptide transporter


分子量: 53090.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: dtpD_2, dtpC, dtpD_1, yjdL, AM464_14395, AT845_002896, AWP93_17895, BANRA_02817, BGZ_01664, BGZ_05066, BJI68_16865, BJJ90_24000, BO068_004094, BON64_05130, BON69_04615, BON71_15930, BON73_ ...遺伝子: dtpD_2, dtpC, dtpD_1, yjdL, AM464_14395, AT845_002896, AWP93_17895, BANRA_02817, BGZ_01664, BGZ_05066, BJI68_16865, BJJ90_24000, BO068_004094, BON64_05130, BON69_04615, BON71_15930, BON73_07300, BON74_00740, BON75_25330, BON77_18065, BON80_13570, BON89_26025, BON93_12630, BON97_19640, BvCmsF30A_02788, BvCmsHHP019_00793, BvCmsHHP056_00023, BvCmsKKP061_00271, C2U48_11920, C3F40_14675, C5N07_06940, C5Y87_09615, CA593_05175, CG831_003409, CIG67_08950, COD53_12960, CWS33_03315, D0X26_12710, D9D77_08965, DAH17_08915, DAH18_16490, DAH34_18055, DAH35_18055, DAH36_09805, DAH37_06440, DEN87_12425, DEO12_13910, DEO20_13520, DXT71_14295, DXT73_07155, E0I42_01290, E2119_15085, E2121_02870, E2122_03065, E2131_09650, E2135_09870, E4K51_08850, E5M02_11420, E5P26_01815, E5P27_12215, E5P28_03135, E5P29_19355, E5P31_11330, E5P32_03320, E5P33_11435, E5P35_07320, E5P36_20530, E5P40_16720, E5S34_00615, E5S35_05230, E5S36_08360, E5S37_06350, E5S42_15010, E5S43_14690, E5S45_06265, E5S51_06500, E5S54_12820, E5S57_19065, EC1094V2_4123, EC3234A_78c00250, EI021_09455, EIZ93_10840, EL79_4257, EL80_4164, ELT20_09370, ELT41_02450, ELV08_11600, ELY39_09460, ERS139208_00804, EYV17_05270, EYV18_19620, F2N31_14570, F9V24_13955, F9X20_06665, FDM60_18295, FOI11_014975, FOI11_20705, FQ007_15450, FQF29_19850, FV293_00630, G5632_13435, GF699_20045, GIB53_13155, GKF89_08690, GKG12_11445, GNZ05_19605, GP662_06300, GQF59_12650, GRW05_17855, GRW57_10485, GRW81_08175, H0O72_04690, HHH44_003360, HMV95_08810, HNC36_09415, HV109_21715, HVY77_23340, HX136_22920, I6H02_16470, IH768_20930, IH772_00050, J0541_004579, J4S20_000461, JFD_00784, JNP96_02330, NCTC10429_06294, NCTC11126_02220, NCTC11181_01802, NCTC13216_02261, NCTC8008_04125, NCTC9037_04624, NCTC9045_05367, NCTC9073_04059, PGD_03312, SAMEA3472067_03850, SAMEA3472080_00141, SAMEA3752557_02097, WP2S18E08_44130, WR15_07240
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8TWZ0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC) / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 75 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 24333
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6464070
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 878428 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 12.73 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00283719
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61625057
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391586
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0079621
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.08251265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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