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- PDB-7zbf: Crystal structure of native Iripin-4 serpin from tick Ixodes ricinus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zbf
タイトルCrystal structure of native Iripin-4 serpin from tick Ixodes ricinus
要素Iripin-4 serpin
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Ixodes ricinus / Iripin-4 / Crystal / Native conformation / Serpin
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Iripin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Ixodes ricinus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kascakova, B. / Kuta Smatanova, I. / Chmelar, J. / Prudnikova, T.
資金援助European Union, チェコ, 2件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441European Union
Grant Agency of the Czech Republic19-14704Y チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Conformational transition of the Ixodes ricinus salivary serpin Iripin-4.
著者: Kascakova, B. / Kotal, J. / Havlickova, P. / Vopatkova, V. / Prudnikova, T. / Grinkevich, P. / Kuty, M. / Chmelar, J. / Kuta Smatanova, I.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iripin-4 serpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0472
ポリマ－41,9891
非ポリマー591
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.932, 78.932, 117.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

NI

21A-669-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Iripin-4 serpin / Putative salivary serpin


分子量: 41988.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes ricinus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K8RJV9
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 100 mM BIS-TRIS, 200 mM Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.62 Å / Num. obs: 19373 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.96 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 22.47
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 3085 / CC1/2: 0.928 / Rrim(I) all: 0.624

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.372
最高解像度最低解像度
Rotation44.62 Å2.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3nda

3nda


解像度: 2.3→44.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 7.685 / SU ML: 0.185 / SU R Cruickshank DPI: 0.3432 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 969 5 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.1999 18404 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.94 Å2 / Biso mean: 39.8 Å2 / Biso min: 4.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0.45 Å2-0 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→44.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2962 0 1 205 3168
Biso mean--33.51 41.48 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.6354094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2471.5766663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.795375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.97621.988161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.01915518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4961521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02705
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 70 -
Rwork0.234 1340 -
all-1410 -
obs--99.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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