PDB-7zb9: Crystal structure of CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zb9

タイトル

Crystal structure of CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole in the absence of glycerol (NoCryo)

要素

CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Carbethoxyhexyl Imidazole / CYP124 / Mtb / Tuberculosis / Inhibitor / Glycerol

機能・相同性

機能・相同性情報

methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Marin, E. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the effects of glycerol on ligand binding to cytochrome P450.
著者: Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Orekhov, P. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kapranov, I. / Kovalev, K. / Astashkin, R. / Kaluzhskiy, L. / Ivanov, A. / Mishin, A. / Rogachev, A. / Gordeliy, V. / ...

履歴

登録	2022年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zb9.cif.gz	288.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zb9.ent.gz	220.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zb9_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zb9_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7zb9_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	7zb9_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t0fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole

ヘテロ分子

50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.540, 75.080, 56.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.957, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole 分子量: 48838.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]

#1: タンパク質

CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole

分子量: 48838.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]

-
非ポリマー , 6種, 934分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-M65 / ethyl 7-imidazol-1-ylheptanoate 分子量: 224.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Mg(Cl)2, 0.1 M Bis-Tris, 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.15→29.5 Å / Num. obs: 144678 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 9.3 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.97

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.15-1.18	5.4	1.26	10311	0.531	1.07	96.2
1.18-1.21	5.8	1.57	10439	0.635	0.933	99.8
1.21-1.25	6.2	1.81	10152	0.706	0.857	99.7
1.25-1.29	6.2	2.05	9899	0.752	0.779	99.7
1.29-1.33	6.1	2.38	9465	0.787	0.688	99.6
1.33-1.38	6.3	2.86	9251	0.848	0.591	99.5
1.38-1.43	6.4	3.3	8926	0.867	0.52	99.7
1.43-1.49	6.6	4.2	8563	0.918	0.42	99.8
1.49-1.55	6.5	5.27	8250	0.943	0.336	100
1.55-1.63	6.3	6.13	7861	0.96	0.28	99.2
1.63-1.72	6.5	7.25	7540	0.965	0.244	99.9
1.72-1.82	6.7	8.9	7090	0.979	0.197	99.9
1.82-1.95	6.7	10.94	6657	0.986	0.158	99.8
1.95-2.1	6.5	12.96	6228	0.99	0.129	99.9
2.1-2.3	6.3	15.09	5711	0.992	0.106	99.3
2.3-2.57	6.5	16.96	5195	0.994	0.096	99.7
2.57-2.97	7.2	19.75	4568	0.995	0.086	99.7
2.97-3.64	6.8	22.25	3891	0.994	0.077	99.8
3.64-5.15	6.5	23.84	3017	0.994	0.077	99.4
5.15-29.5	6.5	23.88	1664	0.993	0.084	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	2	データ収集
XDS	20180409	データ削減
XSCALE	20180409	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T0F

6t0f

解像度: 1.15→29.5 Å / SU ML: 0.1084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.2042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1566	7167	4.95 %
R_work	0.1303	137497	-
obs	0.1316	144664	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3392	0	74	926	4392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	4590
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	6355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0832	642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0107	881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9877	1734

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.16	0.2603	225	0.2664	4325	X-RAY DIFFRACTION	94.79
1.16-1.18	0.248	232	0.2342	4487	X-RAY DIFFRACTION	96.88
1.18-1.19	0.2406	213	0.2184	4616	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.19-1.21	0.2339	231	0.2128	4550	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.21-1.22	0.2138	273	0.2075	4575	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.22-1.24	0.2211	235	0.1984	4563	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.24-1.26	0.2243	239	0.1906	4597	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.26-1.28	0.2294	233	0.1974	4545	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.28-1.3	0.2125	248	0.1881	4612	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.3-1.32	0.2135	253	0.184	4610	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.32-1.34	0.2202	210	0.1763	4540	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.34-1.36	0.2085	222	0.1676	4594	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.36-1.39	0.2015	255	0.1596	4564	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.39-1.42	0.1865	261	0.1511	4577	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.42-1.45	0.1824	252	0.1372	4563	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.45-1.48	0.1737	226	0.1288	4600	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.48-1.52	0.1402	251	0.1166	4600	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.52-1.56	0.1409	247	0.1142	4597	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.56-1.61	0.1477	242	0.1144	4567	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.61-1.66	0.1578	250	0.1141	4586	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.66-1.72	0.1412	246	0.1156	4596	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.72-1.79	0.1453	248	0.1119	4603	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.79-1.87	0.1411	221	0.1135	4592	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.87-1.97	0.1427	232	0.1149	4628	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.97-2.09	0.1288	254	0.1101	4612	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.09-2.25	0.1365	227	0.1099	4590	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.25-2.48	0.1276	239	0.113	4638	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.48-2.84	0.1374	256	0.1168	4590	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.84-3.57	0.1205	226	0.1063	4658	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.57-29.5	0.1469	220	0.1163	4722	X-RAY DIFFRACTION	99.58

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 934分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 934分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 934分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)