[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7zb9: Crystal structure of CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyh... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zb9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole in the absence of glycerol (NoCryo) | ||||||
Components | CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Carbethoxyhexyl Imidazole / CYP124 / Mtb / Tuberculosis / Inhibitor / Glycerol | ||||||
Function / homology | Function and homology information methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.15 Å | ||||||
Authors | Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Marin, E. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V. | ||||||
Funding support | Russian Federation, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: Structural insights into the effects of glycerol on ligand binding to cytochrome P450. Authors: Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Orekhov, P. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kapranov, I. / Kovalev, K. / Astashkin, R. / Kaluzhskiy, L. / Ivanov, A. / Mishin, A. / Rogachev, A. / Gordeliy, V. / ...Authors: Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Orekhov, P. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kapranov, I. / Kovalev, K. / Astashkin, R. / Kaluzhskiy, L. / Ivanov, A. / Mishin, A. / Rogachev, A. / Gordeliy, V. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zb9.cif.gz | 288.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7zb9.ent.gz | 220.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zb9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7zb9_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7zb9_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 7zb9_validation.xml.gz | 30.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7zb9_validation.cif.gz | 51.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zb9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6t0fS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 48838.930 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] |
---|
-Non-polymers , 6 types, 934 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEM / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-M65 / | ||||||
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.61 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.2 M Mg(Cl)2, 0.1 M Bis-Tris, 25 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 11, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→29.5 Å / Num. obs: 144678 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 9.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.97 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6T0F Resolution: 1.15→29.5 Å / SU ML: 0.1084 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.2042 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.15→29.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|