PDB-7zb3: Crystal structure of beta-xylosidase from Thermotoga maritima in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zb3

タイトル

Crystal structure of beta-xylosidase from Thermotoga maritima in complex with xylohexaose hydrolysed to xylobiose

要素

Beta-xylosidase

キーワード

HYDROLASE / Complex Xylobiose Glycosyl hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

xylan 1,4-beta-xylosidase activity / beta-glucosidase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Gloster, T.M. / Foltanyi, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and further functional characterisation of a glycoside hydrolase family 3 beta-xylosidase from Thermotoga maritima
著者: Gloster, T.M. / Foltanyi, F. / Hobbs, E.M. / Pritchard, L.

履歴

登録	2022年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zb3.cif.gz	604 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zb3.ent.gz	484.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zb3_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zb3_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7zb3_validation.xml.gz	60.3 KB	表示
CIF形式データ	7zb3_validation.cif.gz	91.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zb3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zdyC 7zeqC 7zgzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-xylosidase

B: Beta-xylosidase

ヘテロ分子

180 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.530, 98.720, 100.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 1 - 778 / Label seq-ID: 1 - 778

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Beta-xylosidase / TmGH3 分子量: 89725.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: Tmari_0073 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4NX63, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 糖	ChemComp-IVG / D-Xylose, 4-O-beta-D-xylopyranosyl- / Xylobiose / キシロビオ-スタイプ: saccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1023 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 3% polyethylene glycol 8000, 48% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 175 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→87.71 Å / Num. obs: 259769 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 56.5
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / Num. unique obs: 8289 / CC_1/2: 0.323

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292121589

解像度: 1.51→87.709 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.971 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	12762	4.915 %
R_work	0.1671	246906	-
all	0.168	-	-
obs	-	259668	93.495 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.224 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.552 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.328 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→87.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11867	0	54	1023	12944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	12352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	12027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.645	16723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.472	1.581	27760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.016	5	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.306	21.743	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.53	15	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.876	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	11784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	6029
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	875
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.667	2.257	6181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.667	2.257	6180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.2	3.38	7745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.2	3.38	7746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.03	2.556	6169
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.029	2.556	6170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.441	3.703	8965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.441	3.703	8966
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.083	27.334	13771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.016	26.968	13546
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.052	0.05	25763

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05232	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05232	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.51-1.549	0.342	580	0.357	12044	0.356	20413	0.221	0.22	61.8429	0.36
1.549-1.592	0.336	653	0.329	13736	0.329	19842	0.495	0.492	72.5179	0.322
1.592-1.638	0.323	744	0.3	15167	0.301	19321	0.489	0.51	82.3508	0.284
1.638-1.688	0.277	849	0.268	16531	0.268	18740	0.719	0.712	92.7428	0.247
1.688-1.744	0.264	872	0.234	17286	0.235	18205	0.808	0.826	99.7418	0.21
1.744-1.805	0.246	914	0.208	16744	0.21	17659	0.876	0.883	99.9943	0.18
1.805-1.873	0.225	880	0.187	16128	0.189	17009	0.91	0.92	99.9941	0.16
1.873-1.949	0.197	838	0.177	15525	0.178	16363	0.931	0.936	100	0.151
1.949-2.036	0.18	734	0.162	14997	0.163	15731	0.95	0.952	100	0.139
2.036-2.135	0.189	798	0.154	14291	0.155	15089	0.951	0.959	100	0.134
2.135-2.251	0.184	696	0.148	13653	0.149	14349	0.955	0.963	100	0.13
2.251-2.387	0.16	639	0.14	12928	0.141	13567	0.964	0.969	100	0.125
2.387-2.552	0.178	635	0.14	12137	0.142	12772	0.961	0.97	100	0.127
2.552-2.756	0.178	598	0.143	11339	0.145	11937	0.961	0.969	100	0.131
2.756-3.019	0.192	524	0.148	10460	0.15	10984	0.955	0.966	100	0.139
3.019-3.374	0.185	499	0.162	9522	0.163	10021	0.962	0.966	100	0.157
3.374-3.896	0.182	460	0.156	8379	0.158	8839	0.966	0.972	100	0.156
3.896-4.769	0.137	381	0.123	7160	0.123	7541	0.98	0.983	100	0.129
4.769-6.734	0.167	292	0.167	5633	0.167	5925	0.972	0.975	100	0.175
6.734-87.709	0.175	176	0.185	3245	0.184	3424	0.972	0.956	99.9124	0.196

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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