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- PDB-7zb1: S580A with 18mer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zb1
タイトルS580A with 18mer
要素
  • 18mer
  • Prolyl endopeptidase
キーワードLYASE / macrocyclase for omphalotin A biosynthesis
機能・相同性BICARBONATE ION
機能・相同性情報
生物種Omphalotus olearius (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Song, H. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R018189/1 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / : 2022
タイトル: Molecular basis for the enzymatic macrocyclization of multiply backbone N-methylated peptides
著者: Matabaro, E. / Song, H. / Gherlone, F. / Sonderegger, L. / Giltrap, A. / Liver, S. / Gossert, A. / Kunzler, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase
B: Prolyl endopeptidase
C: Prolyl endopeptidase
D: Prolyl endopeptidase
E: 18mer
F: 18mer
G: 18mer
H: 18mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,67633
ポリマ-345,7248
非ポリマー95225
12,286682
1
A: Prolyl endopeptidase
E: 18mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6319
ポリマ-86,4312
非ポリマー2007
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area29320 Å2
手法PISA
2
B: Prolyl endopeptidase
F: 18mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5236
ポリマ-86,4312
非ポリマー924
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area29340 Å2
手法PISA
3
C: Prolyl endopeptidase
G: 18mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7779
ポリマ-86,4312
非ポリマー3467
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
4
D: Prolyl endopeptidase
H: 18mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7459
ポリマ-86,4312
非ポリマー3147
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.010, 104.610, 110.650
Angle α, β, γ (deg.)115.810, 98.870, 93.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHETHRTHRAA3 - 7313 - 731
21PHEPHETHRTHRBB3 - 7313 - 731
12PROPROGLNGLNAA4 - 7304 - 730
22PROPROGLNGLNCC4 - 7304 - 730
13PROPROTHRTHRAA4 - 7314 - 731
23PROPROTHRTHRDD4 - 7314 - 731
14PROPROMETMETBB4 - 7294 - 729
24PROPROMETMETCC4 - 7294 - 729
15PROPROTHRTHRBB4 - 7314 - 731
25PROPROTHRTHRDD4 - 7314 - 731
16PROPROGLNGLNCC4 - 7304 - 730
26PROPROGLNGLNDD4 - 7304 - 730

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Prolyl endopeptidase / macrocyclase / OphP


分子量: 84445.562 Da / 分子数: 4 / 変異: S580A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115
#2: タンパク質・ペプチド
18mer


分子量: 1985.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 707分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.0-6.5) and 28% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→55.84 Å / Num. obs: 182773 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.234 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8886 / CC1/2: 0.545 / Rrim(I) all: 1.46 / % possible all: 96.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
APEXデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N4C
解像度: 2→55.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 17.769 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 9445 5.2 %RANDOM
Rwork0.2053 ---
obs0.207 173300 97.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.76 Å2 / Biso mean: 45.089 Å2 / Biso min: 22.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.19 Å21.21 Å20.6 Å2
2---0.25 Å2-1.28 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→55.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23327 0 54 682 24063
Biso mean--63.16 43.18 -
残基数----2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01324099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01521787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.64932683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2161.57750312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.08652900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.16221.9351328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98153831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.63415152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.23007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0227432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025808
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A235920.07
12B235920.07
21A235810.07
22C235810.07
31A234390.08
32D234390.08
41B237560.07
42C237560.07
51B236720.08
52D236720.08
61C237620.07
62D237620.07
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 666 -
Rwork0.332 12735 -
all-13401 -
obs--96.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4539-0.3805-0.30171.43950.63392.801-0.1461-0.2866-0.32190.21670.4255-0.12680.6540.6382-0.27940.16180.1737-0.08650.5915-0.17820.56484.4092-5.645684.945
23.72931.39410.30610.89990.65130.88210.0191-0.4094-0.22260.1973-0.06830.00450.2652-0.06590.04920.11950.04480.01780.5167-0.1050.4665-33.1708-1.334297.9836
31.95540.3822-2.45721.15770.06724.9648-0.3166-0.1482-0.44640.15320.01010.08760.30920.08820.30650.12990.04020.0990.3003-0.07320.5067-32.7522-15.460383.9826
40.80070.0893-0.6420.80890.67791.5846-0.06810.1303-0.1009-0.0928-0.1510.2098-0.079-0.40760.21920.03280.0285-0.06430.5135-0.23590.5205-35.05772.019369.6698
51.0342-0.2066-0.35790.96040.66681.5635-0.0061-0.19180.0831-0.06080.069-0.0204-0.13450.1878-0.06290.0176-0.0043-0.03790.3543-0.20870.4284-12.854613.878783.3936
61.16810.2157-0.45851.45581.0542.8204-0.1081-0.3375-0.06330.14140.2089-0.07330.36550.4633-0.10070.06510.0942-0.09020.4888-0.18550.4618-4.21752.407392.4814
72.19880.39730.58861.16750.79133.02780.05550.36240.5675-0.09210.0088-0.0456-0.26650.5716-0.06420.0305-0.02860.02490.669-0.00770.9029-10.7528-43.670277.4283
83.30460.3578-0.54591.5224-0.06121.90110.07860.43520.0318-0.1629-0.11810.097-0.163-0.37370.03940.03920.0781-0.06160.6937-0.02160.5583-49.5921-46.404371.0727
91.6475-0.17511.0570.41530.33775.65760.09970.0550.215-0.0049-0.02930.025-0.4124-0.2989-0.07040.08120.1106-0.02160.3794-0.04470.5513-45.7942-35.109685.3231
101.3646-0.47120.03141.350.27811.8045-0.1207-0.1143-0.09490.16760.08830.20450.0739-0.37390.03240.0266-0.00970.01120.5254-0.13450.5674-45.2039-52.5782100.8628
111.2196-0.2974-0.26160.606201.58470.02580.24210.0619-0.0257-0.06410.08760.2972-0.05520.03830.06110.0111-0.00550.4087-0.17210.5226-30.1816-63.398479.5144
121.5870.16320.19760.8249-0.08913.84590.08270.18890.37510.0246-0.0629-0.05370.01270.2816-0.01980.01010.04840.01890.484-0.01350.6183-15.5265-50.435577.1895
132.6117-0.81380.55881.3593-0.190.5222-0.0773-0.07490.1011-0.1762-0.00360.2298-0.1655-0.23980.08090.12040.0119-0.09130.431-0.12820.5083-39.8516-17.4939127.5599
143.0306-0.6810.35212.30440.29753.5917-0.1840.06480.507-0.2431-0.0061-0.0186-0.2414-0.02630.19010.0781-0.0269-0.13520.2732-0.03930.5997-2.8717-11.1039126.0786
151.70330.05521.17731.68120.15050.8963-0.20830.580.0379-0.23550.0351-0.1247-0.17030.26090.17320.0726-0.0871-0.06770.5467-0.14180.5612-9.2677-24.9653111.0593
162.21360.7041-0.85851.1911-1.38162.4043-0.16160.2915-0.477-0.06510.1142-0.06020.14950.080.04740.0191-0.00870.0170.3665-0.22430.6431-2.687-43.6498121.1066
172.0598-0.43220.32380.5086-0.07730.4817-0.1724-0.3977-0.1290.04470.12450.006-0.0325-0.07320.04790.02060.0386-0.04290.4316-0.11240.5094-18.755-28.9967140.3077
182.66830.47310.49032.14771.64372.1564-0.1838-0.18520.1648-0.26080.1541-0.0068-0.13110.11950.02970.06180.0032-0.10070.3676-0.14870.5495-33.7906-15.6797132.7851
191.3892-0.0852-0.67082.47381.15781.3281-0.09370.0757-0.47740.2791-0.2540.56310.1946-0.24060.34770.0471-0.04750.03640.4956-0.24030.6885-27.1016-36.89941.4027
201.1304-0.5432-0.2250.63990.84221.5741-0.1229-0.161-0.26120.17390.1417-0.02290.24880.0726-0.01870.05170.0393-0.00740.3526-0.14280.55445.9749-39.475850.5035
211.3127-0.1591-0.44960.70830.53861.368-0.1575-0.20260.08710.13790.2025-0.1151-0.02620.1998-0.0450.07150.0352-0.04720.4305-0.19690.53663.4609-16.597956.5015
221.2181-0.27950.02890.76480.45920.79510.0150.2759-0.0169-0.1457-0.0222-0.0424-0.1240.01160.00720.0359-0.0315-0.01470.4529-0.17920.46010.5489-23.403727.4667
231.81620.2359-0.03380.85130.70441.0193-0.01130.2155-0.19340.1362-0.1230.24510.029-0.21360.13430.0657-0.0325-0.00850.4805-0.25570.6108-25.2596-27.101537.4657
241.2435-0.828-1.50251.98193.81267.4071-0.26170.0195-0.54170.23080.22770.12020.48840.52240.0340.16030.0016-0.00030.4651-0.22520.6552-16.8487-43.987830.4644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3A148 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4A230 - 438
5X-RAY DIFFRACTION5A439 - 649
6X-RAY DIFFRACTION6A650 - 731
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8B79 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9B147 - 225
10X-RAY DIFFRACTION10B230 - 399
11X-RAY DIFFRACTION11B400 - 630
12X-RAY DIFFRACTION12B631 - 730
13X-RAY DIFFRACTION13C4 - 81
14X-RAY DIFFRACTION14C82 - 169
15X-RAY DIFFRACTION15C170 - 295
16X-RAY DIFFRACTION16C296 - 364
17X-RAY DIFFRACTION17C365 - 656
18X-RAY DIFFRACTION18C657 - 730
19X-RAY DIFFRACTION19D4 - 84
20X-RAY DIFFRACTION20D85 - 229
21X-RAY DIFFRACTION21D230 - 326
22X-RAY DIFFRACTION22D327 - 570
23X-RAY DIFFRACTION23D571 - 697
24X-RAY DIFFRACTION24D698 - 731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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