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- PDB-7zb0: macrocyclase OphP with 15mer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zb0
タイトルmacrocyclase OphP with 15mer
要素
  • 15mer
  • Prolyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE / macrocyclase for omphalotin A biosynthesis
機能・相同性BICARBONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Omphalotus olearius (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Song, H. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R018189/1 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for the enzymatic macrocyclization of multiply backbone N-methylated peptides
著者: Matabaro, E. / Song, H. / Gherlone, F. / Sonderegger, L. / Giltrap, A. / Liver, S. / Gossert, A. / Kunzler, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase
B: Prolyl endopeptidase
C: Prolyl endopeptidase
D: Prolyl endopeptidase
E: 15mer
F: 15mer
G: 15mer
H: 15mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,00623
ポリマ－344,2228
非ポリマー78415
水95553
1
A: Prolyl endopeptidase
E: 15mer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0562
ポリマ－86,0562
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area29490 Å2
手法PISA
2
B: Prolyl endopeptidase
F: 15mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1794
ポリマ－86,0562
非ポリマー1232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area29480 Å2
手法PISA
3
C: Prolyl endopeptidase
G: 15mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3558
ポリマ－86,0562
非ポリマー2996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area29620 Å2
手法PISA
4
D: Prolyl endopeptidase
H: 15mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4179
ポリマ－86,0562
非ポリマー3617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area29550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.220, 106.180, 114.790
Angle α, β, γ (deg.)113.040, 101.670, 93.240
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A4 - 808
2010B4 - 808
1020A4 - 809
2020C4 - 809
1030A4 - 809
2030D4 - 809
1040B4 - 808
2040C4 - 808
1050B4 - 808
2050D4 - 808
1060C4 - 809
2060D4 - 809

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Prolyl endopeptidase / macrocyclase / OphP


分子量: 84445.562 Da / 分子数: 4 / 変異: S580A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115
#2: タンパク質・ペプチド
15mer


分子量: 1610.034 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 68分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.0-6.5) and 28% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→64.35 Å / Num. obs: 104483 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.47→2.51 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.375 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5186 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.618 / % possible all: 97.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N4C

5n4c


解像度: 2.47→64.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 44.376 / SU ML: 0.391 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.126 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 5223 5 %RANDOM
Rwork0.2293 ---
obs0.2311 99258 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.28 Å2 / Biso mean: 72.921 Å2 / Biso min: 38.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å21.03 Å2-0.26 Å2
2---0.14 Å21.94 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→64.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23176 0 122 53 23351
Biso mean--98.18 61.04 -
残基数----2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01323879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01521651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.64932378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1841.57649975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61652857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.67221.9011315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.755153789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.12515151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0227066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025756
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A237990.08
12B237990.08
21A236470.07
22C236470.07
31A238660.08
32D238660.08
41B234570.07
42C234570.07
51B241250.07
52D241250.07
61C235500.08
62D235500.08
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.534 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 395 -
Rwork0.373 7283 -
all-7678 -
obs--97.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0721-0.1503-0.05330.6131-0.26531.7398-0.12270.0411-0.11730.04930.01960.01190.08430.1480.10310.20950.18270.14530.82740.40250.284611.81980.3454-79.5098
21.7359-0.74430.27361.8771-0.79550.93010.00750.32360.15190.0652-0.2034-0.4059-0.07740.14180.19590.02340.0166-0.05490.4580.4020.6734-9.427327.6501-29.5148
33.41540.246-0.4510.5032-0.11661.205-0.3417-0.95870.6235-0.01850.2033-0.01070.08430.13930.13830.18520.2817-0.04110.84090.03680.4046.26515.198618.109
41.6976-0.0130.32771.2452-0.70340.94040.08730.0604-0.0344-0.1825-0.1621-0.09890.03690.14030.07480.1630.14080.11040.46730.30780.2514-2.941-26.1647-33.5017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 807
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 802
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 805
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 806

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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