PDB-7za5: GSTF sh101 mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7za5

タイトル

GSTF sh101 mutant

要素

Glutathione transferase

グルタチオン-S-トランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Glutathione (グルタチオン) /

Detoxification /

Xenobiotics (生体異物) /

Herbicides (除草剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

response to chemical /

グルタチオン-S-トランスフェラーゼ /

glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Alopecurus myosuroides (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Papageorgiou, A.C.

資金援助

European Union, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Directed Evolution of Phi Class Glutathione Transferases Involved in Multiple-Herbicide Resistance of Grass Weeds and Crops.
著者: Ioannou, E. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.

履歴

登録	2022年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7za5.cif.gz	210 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7za5.ent.gz	140.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7za5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7za5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7za5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7za4C 6rivS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

B: Glutathione transferase

A: Glutathione transferase

51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.450, 46.382, 110.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.040, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glutathione transferase / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ分子量: 25764.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: No electron density for the missing residues in the structure and therefore they were not built. 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9ZS17, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Glutathione transferase /

グルタチオン-S-トランスフェラーゼ

分子量: 25764.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: No electron density for the missing residues in the structure and therefore they were not built.
由来: (組換発現)

Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZS17,

グルタチオン-S-トランスフェラーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M MES, 30% v/v Jeffamine ED-2003, pH 6

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→45.97 Å / Num. obs: 36297 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.15 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/av σ(I): 10.9 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 1.87→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3552 / CC_1/2: 0.28 / R_rim(I) all: 2.934

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6riv

6riv

解像度: 1.87→42.85 Å / SU ML: 0.3187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2314
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	1813	5 %
R_work	0.2	34438	-
obs	0.2016	36251	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→42.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3211	0	0	101	3312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	3298
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9828	4493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0102	569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9151	433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.92	0.4886	122	0.4347	2492	X-RAY DIFFRACTION	92.83
1.92-1.97	0.3719	148	0.3713	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.97-2.04	0.3641	133	0.2905	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.04-2.11	0.3103	143	0.2732	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.19	0.2601	136	0.2568	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.19-2.29	0.2874	138	0.2587	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.29-2.42	0.273	158	0.2121	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.42-2.57	0.2374	147	0.2021	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.57-2.76	0.2103	131	0.1975	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.76-3.04	0.2696	154	0.1942	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.04-3.48	0.2421	130	0.1979	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.48-4.39	0.2056	147	0.1691	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.39-42.85	0.1861	126	0.1776	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.32

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.80783845591	-5.8709506351	1.68944183212	9.24138064996	-1.41811068052	9.6775781759	-0.524838388811	0.445959267366	-2.73014044163	0.145615319147	0.380500941257	0.593427565307	0.776687801675	0.521228233991	0.177324609148	0.387350814668	-0.0761990554492	0.0263135781183	0.335602533432	-0.0793535721491	0.701148497423	17.1582144772	-16.9162700703	12.6986243131
2	4.27450682835	-2.05277510583	2.87625260505	3.69392409823	-0.72201870751	3.47702279929	-0.344904392649	-0.30452513919	-1.08102228467	0.17066373806	0.229717342056	0.385821712988	0.52161027132	-0.396930466341	0.0524800676192	0.394851436075	-0.0520075053803	0.148187636005	0.317366346903	-0.0149971986793	0.543366863889	17.7284747858	-13.6333054991	14.57586545
3	4.48968965221	0.151727811785	0.206317857415	3.39027427185	-0.0731839062467	1.13464442101	-0.0692655731939	0.322894439286	0.415269382538	0.0249648643815	0.0331463318582	0.209788127579	-0.0354435218944	-0.0540643890052	0.0379096687673	0.235665417726	-0.0350282561113	0.0167337547159	0.266294876167	0.0272532006012	0.216912693186	12.9499731829	3.06458562652	14.3455034987
4	4.99826667706	-1.29272797278	0.354186312293	5.56538455158	1.09162812909	3.0454822493	-0.109369124429	0.780221665955	0.144564638758	-0.613036660175	0.151167600601	0.778440287709	-0.0950506372125	-0.35056614705	-0.0499158208031	0.331467744563	-0.0930647780057	-0.0710813868072	0.506384370498	0.117181406475	0.366521251763	8.57331713683	2.80990699385	4.43346358566
5	7.96900831567	0.421369892375	1.00415794085	4.62461657492	-1.57767679038	7.23682242814	0.29849393449	-0.515379252518	0.87173479988	1.11217841712	-0.0865252370867	-0.0543347690359	-0.623694238146	-0.0107061155332	-0.197198180967	0.541008726273	-0.0620102434852	-0.00910236629222	0.338730073837	-0.0855739548647	0.442314931293	26.0594081628	13.2244091682	34.3662798119
6	4.60800774009	0.377628580161	-1.14999961911	7.26435079733	-0.661370023158	6.97723776929	0.22546357476	-0.424427973037	1.21189787323	0.895050097867	-0.128012322643	0.673805692356	-0.834548445387	-0.776993356977	-0.106658954052	0.401122670531	-0.00655531389463	0.0313500583396	0.360375248804	-0.0476271972012	0.550641529267	25.4527429468	14.377002651	28.3196194555
7	6.28269371706	2.54052149105	-1.08061862153	2.7568334279	2.74406328061	6.0760623106	-0.279075435734	-0.395656920446	-0.377686004653	0.66201872469	-0.0793178036191	-2.04221097577	0.294195559061	1.20807733269	0.316927209178	0.48082335311	0.0147542157173	-0.116637845545	0.499105321405	0.114397608381	0.837094936013	37.5114049309	0.692381117875	27.9940956384
8	7.06671108588	0.0456023153183	-3.13123635205	3.50225329218	0.708943410458	7.25488541631	0.432821720385	-0.134775695273	0.0905523374457	0.204385315378	-0.217699275021	0.115602386064	-0.263348984839	-0.911659614756	-0.244907077737	0.484962088341	-0.0783835315592	-0.0392086330566	0.462891301729	0.0670013248631	0.32043457206	17.4476944888	-2.81593858812	32.578637207
9	0.811987196455	-0.37275180015	0.766445073483	0.188293361422	-0.197031899276	1.90430955851	0.161101658525	-0.4707825653	0.212284029483	0.193098067309	0.338388658536	0.767782079167	-0.421263561744	-0.680429024939	-0.462873966521	1.00516188651	-0.102984910911	0.119956436426	1.60298068121	-0.228883166977	1.26458374881	1.70551118631	8.30262284057	44.6102717173
10	4.58236424284	0.66100032813	-1.51249873631	4.43314136065	-0.481832829234	5.54601277583	-0.0496779156638	-0.952035210199	-0.337258561872	0.674447774054	-0.00701963444	0.145975273208	0.729524869125	-0.410026321205	0.0483598721706	0.618497769626	-0.0933791589985	-0.0434421410306	0.565522839927	0.0627565818961	0.302797296908	19.7706291542	-6.0796513741	41.2620990394
11	9.66535907803	3.04229875617	2.9561030222	6.1582118775	-5.37190017472	8.54677402278	0.149886983089	-1.26042252254	1.15049324058	1.25495764692	0.239712153371	-0.0488229204003	-1.18594210742	0.230003662264	-0.345827169847	0.941051167448	-0.181895210591	-0.0733231590475	0.649274849703	-0.104992359926	0.400296590485	26.9826285077	9.38161961596	44.5283626179

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 2 through 12 )	B	A	2 - 12	1 - 11
2	2	chain 'B' and (resid 13 through 67 )	B	A	13 - 67	12 - 53
3	3	chain 'B' and (resid 68 through 181 )	B	A	68 - 181	54 - 167
4	4	chain 'B' and (resid 182 through 216 )	B	A	182 - 216	168 - 202
5	5	chain 'A' and (resid 2 through 25 )	A	B	2 - 25	1 - 24
6	6	chain 'A' and (resid 26 through 78 )	A	B	26 - 78	25 - 61
7	7	chain 'A' and (resid 79 through 91 )	A	B	79 - 91	62 - 74
8	8	chain 'A' and (resid 92 through 121 )	A	B	92 - 121	75 - 104
9	9	chain 'A' and (resid 122 through 134 )	A	B	122 - 134	105 - 117
10	10	chain 'A' and (resid 135 through 203 )	A	B	135 - 203	118 - 186
11	11	chain 'A' and (resid 204 through 216 )	A	B	204 - 216	187 - 199

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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