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万見
- PDB-7z9l: Phen-DC3 intercalation causes hybrid-to-antiparallel transformati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z9l
タイトルPhen-DC3 intercalation causes hybrid-to-antiparallel transformation of human telomeric DNA G-quadruplex
要素DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA / G Quadruplex / ligand intercalation / NMR spectroscopy / Mass spectrometry
機能・相同性Chem-PQ3 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ghosh, A. / Trajkovski, M. / Teulade-Fichou, M.P. / Gabelica, V. / Plavec, J.
資金援助European Union, スロベニア, フランス, 4件
組織認可番号国
European Union (EU)799695European Union
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-1704 スロベニア
Foundation for Medical Research (France)DCM20181039571 フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Phen-DC 3 Induces Refolding of Human Telomeric DNA into a Chair-Type Antiparallel G-Quadruplex through Ligand Intercalation.
著者: Ghosh, A. / Trajkovski, M. / Teulade-Fichou, M.P. / Gabelica, V. / Plavec, J.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02024年5月15日Group: Data collection / Database references / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8382
ポリマ－7,2881
非ポリマー5511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')


分子量: 7287.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The DNA is bound to a small molecule named N2,N9-bis(1-methylquinolin-3-yl)-1,10-phenanthroline-2,9-dicarboxamide(Phen-DC3). Three letter code (PQ3).
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-PQ3 / N2,N9-bis(1-methylquinolin-3-yl)-1,10-phenanthroline-2,9-dicarboxamide / Phen-DC3


分子量: 550.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H26N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-1H TOCSY
123isotropic22D 1H-1H NOESY
141isotropic32D 1H-13C HSQC
152isotropic32D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1200 uM 13C at guanine 23TAG, 95% H2O/5% D2OSite-specifically 13C labeled DNA13C-sample95% H2O/5% D2O
solution2200 uM 15N at guanine 23TAG, 95% H2O/5% D2OSite-specifically 15N labeled DNA15N-sample95% H2O/5% D2O
solution3500 uM Unlabeled 23TAG, 95% H2O/5% D2OUnlabeled DNAUnlabeled-sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uM23TAG13C at guanine1
200 uM23TAG15N at guanine2
500 uM23TAGUnlabeled3
試料状態詳細: 20 mM KCl, 70 mM potassium phosphate buffer with pH 7.0 containing 95% H2O+ 5% D2O and 100% D2O
イオン強度: 70 mM
Label: 20 mM KCl, 70 mM potassium phosphate buffer with pH 7.0 containing 5% D2O
pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7001Bruker AVANCE 700 Mhz
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002Bruker AVANCE 800 Mhz
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6003Bruker AVANCE 600 Mhz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber20Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
NMRFAM-SPARKY1.414Lee, Woonghee, Marco Tonelli, and John L. Markleychemical shift assignment
TopSpin4.1.3Bruker Biospin解析
TopSpin4.1.3Bruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 497 distance, 24 Planarity, 23 dihedral angle, 16 H bonding
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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