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万見
- PDB-7z99: Crystal structure of F191M variant of Variovorax paradoxus indole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z99
タイトルCrystal structure of F191M variant of Variovorax paradoxus indole monooxygenase (VpIndA1) in complex with methyl phenyl sulfoxide
要素Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-dependent monooxygenase / styrene monooxygenase / StyA1 / IMO
機能・相同性Styrene monooxygenase StyA, putative substrate binding domain / Styrene monooxygenase A putative substrate binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / [(S)-methylsulfinyl]benzene / Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
機能・相同性情報
生物種Variovorax paradoxus EPS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Kratky, J. / Weisse, R. / Strater, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Structural and Mechanistic Studies on Substrate and Stereoselectivity of the Indole Monooxygenase VpIndA1: New Avenues for Biocatalytic Epoxidations and Sulfoxidations.
著者: Kratky, J. / Eggerichs, D. / Heine, T. / Hofmann, S. / Sowa, P. / Weisse, R.H. / Tischler, D. / Strater, N.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3754
ポリマ－47,3091
非ポリマー1,0663
水4,864270
1
A: Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
ヘテロ分子

A: Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7498
ポリマ－94,6172
非ポリマー2,1326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area29730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)93.468, 93.468, 110.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)


分子量: 47308.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus EPS (バクテリア)
株: EPS / 遺伝子: Varpa_4903 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6V140
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-IH0 / [(S)-methylsulfinyl]benzene / (S)-methyl phenylsulfoxide


分子量: 140.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8OS
詳細: The crystals were incubated with a racemic mixture of methyl phenyl sulfoxide. only (s)-methyl phenyl sulfoxide is modelled in this coordinate file. Both configurations, (r) and (s), can be ...詳細: The crystals were incubated with a racemic mixture of methyl phenyl sulfoxide. only (s)-methyl phenyl sulfoxide is modelled in this coordinate file. Both configurations, (r) and (s), can be modeled each in the three low-energy rotamers of the -S(=O)CH3 group into the electron density with comparable fit.
タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細The crystals were incubated with a racemic mixture of methyl phenyl sulfoxide. only (s)-methyl ...The crystals were incubated with a racemic mixture of methyl phenyl sulfoxide. only (s)-methyl phenyl sulfoxide is modelled in this coordinate file. Both configurations, (r) and (s), can be modeled each in the three low-energy rotamers of the -S(=O)CH3 group into the electron density with comparable fit.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM Na-acetate pH 5, 1400 mM Na-malonate, 1 mM DTT, 3 mM FAD, 1 mM racemic methyl phenyl sulfoxide, cryo: 15 % (v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 2.101424 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.101424 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→46.73 Å / Num. obs: 38322 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 16.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 23.4 / Num. measured all: 645788 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.92-1.963.61.00921205870.4870.5291.1531.121.1
9-46.7315.20.04673774840.9990.0110.04754.799.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7z4x

7z4x


解像度: 1.92→45.58 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 1936 5.06 %
Rwork0.1588 36343 -
obs0.1605 38279 89.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.73 Å2 / Biso mean: 36.3183 Å2 / Biso min: 20.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 101 270 3509
Biso mean--37.15 36.56 -
残基数----411
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-1.970.3684200.307167869823
1.97-2.020.2564710.23191509158052
2.02-2.080.25631130.21232220233377
2.08-2.150.25631160.18532815293197
2.15-2.230.19731360.181329123048100
2.23-2.320.22611280.167828973025100
2.32-2.420.20911360.17962882301899
2.42-2.550.20971850.166328693054100
2.55-2.710.2061480.17528983046100
2.71-2.920.21431950.17228513046100
2.92-3.210.23321650.17952903306899
3.21-3.680.1761800.143428933073100
3.68-4.630.1671670.125229613128100
4.63-45.580.15251760.1483055323199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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