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- PDB-7z94: Crystal structure of Variovorax paradoxus indole monooxygenase (V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z94
タイトルCrystal structure of Variovorax paradoxus indole monooxygenase (VpIndA1) in complex with indole
要素Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-dependent monooxygenase / styrene monooxygenase / StyA1 / IMO
機能・相同性Styrene monooxygenase StyA, putative substrate binding domain / Styrene monooxygenase A putative substrate binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / INDOLE / Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
機能・相同性情報
生物種Variovorax paradoxus EPS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Kratky, J. / Weisse, R. / Strater, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Structural and Mechanistic Studies on Substrate and Stereoselectivity of the Indole Monooxygenase VpIndA1: New Avenues for Biocatalytic Epoxidations and Sulfoxidations.
著者: Kratky, J. / Eggerichs, D. / Heine, T. / Hofmann, S. / Sowa, P. / Weisse, R.H. / Tischler, D. / Strater, N.
履歴
登録2022年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,31914
ポリマ－47,3251
非ポリマー1,99513
水4,756264
1
A: Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
ヘテロ分子

A: Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,63928
ポリマ－94,6492
非ポリマー3,99026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area11700 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area30040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.938, 93.938, 110.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-791-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein)


分子量: 47324.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus EPS (バクテリア)
株: EPS / 遺伝子: Varpa_4903 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E6V140

-
非ポリマー , 6種, 277分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル


分子量: 117.148 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: A solution of 13.6 mg/mL protein was supplemented with 6.2 mM FAD, 18.4 mM indole and 6.2 % (v/v) DMSO and mixed in a 1:1 ratio with 100 mM Tris/HCl (pH 8.5) and 2 M ammonium sulfate. ...詳細: A solution of 13.6 mg/mL protein was supplemented with 6.2 mM FAD, 18.4 mM indole and 6.2 % (v/v) DMSO and mixed in a 1:1 ratio with 100 mM Tris/HCl (pH 8.5) and 2 M ammonium sulfate. Crystals were cryo-protected by swiping them through 50 mM Tris/HCl (pH 8.5), 2.3 M ammonium sulfate, 12 % (v/v) ethylene glycol, 3 mM FAD and 10 mM indole.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→46.97 Å / Num. obs: 58636 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 907355
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.74-1.7715.53.314904831700.4080.8613.4210.998.2
9.03-46.9713.70.022670148810.0060.02383.499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7Z4X

7z4x


解像度: 1.74→40.68 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 2944 5.03 %
Rwork0.1615 55606 -
obs0.1628 58550 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.61 Å2 / Biso mean: 37.7677 Å2 / Biso min: 20.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→40.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3154 0 221 264 3639
Biso mean--50.2 41.79 -
残基数----413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.770.31621380.31392553269198
1.77-1.80.33471320.291726462778100
1.8-1.830.27161400.265926052745100
1.83-1.870.27831320.243926232755100
1.87-1.90.271520.23425872739100
1.9-1.940.24571360.214826532789100
1.94-1.990.21721350.189626422777100
1.99-2.040.25661030.175126512754100
2.04-2.090.21021690.162126192788100
2.1-2.160.18221190.155426022721100
2.16-2.230.19211290.156826752804100
2.23-2.310.18591630.151926132776100
2.31-2.40.21011450.145426342779100
2.4-2.510.18321520.148526392791100
2.51-2.640.17341320.147826602792100
2.64-2.80.18271400.150326492789100
2.81-3.020.17861540.17326612815100
3.02-3.320.18821540.162626342788100
3.33-3.810.16721430.147226852828100
3.81-4.790.13141290.133627422871100
4.8-40.680.20831470.165128332980100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2678 Å / Origin y: 56.2811 Å / Origin z: 12.792 Å
111213212223313233
T0.2625 Å20.0163 Å20.0131 Å2-0.2221 Å2-0.0187 Å2--0.2427 Å2
L0.5008 °2-0.0712 °2-0.0465 °2-0.3415 °2-0.2388 °2--0.5465 °2
S-0.0293 Å °-0.0452 Å °0.0267 Å °0.0252 Å °0.0137 Å °-0.0159 Å °-0.0094 Å °0.0108 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 412
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 510
3X-RAY DIFFRACTION1allB1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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