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万見
- PDB-7z8n: GacS histidine kinase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z8n
タイトルGacS histidine kinase from Pseudomonas aeruginosa
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Histidine Kinase HAMP domain Coiled-coil GacS Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of cell motility / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Histidine kinase BarA, N-terminal / Single cache domain 4 / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. ...Histidine kinase BarA, N-terminal / Single cache domain 4 / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
R-1,2-PROPANEDIOL / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Fadel, F. / Bassim, V. / Francis, V.I. / Porter, S.L. / Botzanowski, T. / Legrand, P. / Bourne, Y. / Cianferani, S. / Vincent, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Insights into the atypical autokinase activity of the Pseudomonas aeruginosa GacS histidine kinase and its interaction with RetS.
著者: Fadel, F. / Bassim, V. / Francis, V.I. / Porter, S.L. / Botzanowski, T. / Legrand, P. / Perez, M.M. / Bourne, Y. / Cianferani, S. / Vincent, F.
履歴
登録2022年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2022年7月13日ID: 6ZLS
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
C: Histidine kinase
D: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,90610
ポリマ－141,5584
非ポリマー3496
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.710, 76.850, 178.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Histidine kinase


分子量: 35389.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein sequence has been produced with a histidine tag followed by a TEV protease cleavage site. This part of the protein is not modelled and does not appear in the PDB sequence.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: gacS, PA0928 / プラスミド: pLIC03 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD98, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Lithium chloride 24% PEG 3350 0.1M MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→48.81 Å / Num. obs: 45042 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.64→2.71 Å / Num. unique obs: 2252 / CC1/2: 0.429

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.64→48.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.773 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.705 / SU Rfree Blow DPI: 0.318 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.329
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2641 2266 5.03 %RANDOM
Rwork0.2592 ---
obs0.2594 45042 89 %-
原子変位パラメータBiso max: 257.25 Å2 / Biso mean: 95.9 Å2 / Biso min: 35.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1734 Å20 Å21.0352 Å2
2---5.7291 Å20 Å2
3---2.5557 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9032 0 18 178 9228
Biso mean--91.47 67.18 -
残基数----1168
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3447SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1639HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9213HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1254SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6912SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9213HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12447HARMONIC20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.15
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4221 45 4.99 %
Rwork0.3253 856 -
all0.33 901 -
obs--46.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4098-0.36840.29790.91340.6310.9205-0.00850.31120.0564-0.1124-0.0879-0.0118-0.11750.21530.09640.0030.10340.05030.03130.1197-0.0778-110.835335.0503144.1506
21.12230.11980.01310.2714-0.08270.09230.0826-0.4015-0.0748-0.0501-0.03230.0333-0.00770.0681-0.0502-0.013-0.03920.05680.01420.0055-0.0179-7.953836.057327.2031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|256 - A|512 D|256 - D|512 }A256 - 512
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|256 - A|512 D|256 - D|512 }D256 - 512
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|256 - B|512 C|256 - C|512 }B256 - 512
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|256 - B|512 C|256 - C|512 }C256 - 512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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