[日本語] English
万見
- PDB-7qzo: Crystal structure of GacS D1 domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qzo
タイトルCrystal structure of GacS D1 domain
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / receiver domain histidine kinase Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Histidine kinase BarA, N-terminal / Single cache domain 4 / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. ...Histidine kinase BarA, N-terminal / Single cache domain 4 / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Fadel, F. / Bassim, V. / Botzanowski, T. / Francis, V.I. / Legrand, P. / Porter, S.L. / Bourne, Y. / Cianferani, S. / Vincent, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-CE09-0005-01 フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Insights into the atypical autokinase activity of the Pseudomonas aeruginosa GacS histidine kinase and its interaction with RetS.
著者: Fadel, F. / Bassim, V. / Francis, V.I. / Porter, S.L. / Botzanowski, T. / Legrand, P. / Perez, M.M. / Bourne, Y. / Cianferani, S. / Vincent, F.
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2258
ポリマ－34,5712
非ポリマー6546
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13320 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.152, 73.532, 104.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-367-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Histidine kinase


分子量: 17285.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 0 to 24 comprise a histidine TAG and a TEV protease clivage site that are not seen in the structure. residues in C-terminal QSL are also not present in the structure.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: gacS, PAMH19_4268 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A8RMX6, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M to 1.2 M Na acetate and 0.1 M HEPES from pH 7 to pH 8 in presence of 50 mM cadmium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→36.79 Å / Num. obs: 47424 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Num. unique obs: 2300 / CC1/2: 0.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MMN

3mmn


解像度: 1.45→36.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.64 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1535 2306 4.9 %RANDOM
Rwork0.131 ---
obs0.1321 45083 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.15 Å2 / Biso mean: 19.983 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6 Å2-0 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→36.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 11 221 2241
Biso mean--39.73 31.79 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0171964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.6372779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.511.5744541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.185258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.97122.252111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7415353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9941518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02398
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.74632044
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 189 -
Rwork0.241 3256 -
all-3445 -
obs--99.22 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る