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万見
- PDB-7z8b: Structure of CRL7FBXW8 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z8b
タイトルStructure of CRL7FBXW8 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for multi-cullin-RING E3-catalyzed ubiquitin ligation
要素
  • Cullin-7
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • F-box/WD repeat-containing protein 8
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE / Cullin-RING Ubiquitin E3 Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


3M complex / F-box domain binding / anaphase-promoting complex / PcG protein complex / XBP1(S) activates chaperone genes / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity ...3M complex / F-box domain binding / anaphase-promoting complex / PcG protein complex / XBP1(S) activates chaperone genes / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / VCB complex / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / labyrinthine layer blood vessel development / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of mitotic nuclear division / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / Golgi organization / cullin family protein binding / mitotic cytokinesis / epithelial to mesenchymal transition / cilium assembly / protein monoubiquitination / vasculogenesis / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of TORC1 signaling / regulation of cellular response to insulin stimulus / centriole / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / Regulation of BACH1 activity / T cell activation / molecular function activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / placenta development / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / DNA Damage Recognition in GG-NER / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / beta-catenin binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Dual Incision in GG-NER / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / microtubule cytoskeleton organization / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RAS by GAPs / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Regulation of RUNX2 expression and activity
類似検索 - 分子機能
: / : / : / CUL7/CUL9, N-terminal beta-barrel domain / CUL7/CUL9 ARM repeat domain / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. ...: / : / : / CUL7/CUL9, N-terminal beta-barrel domain / CUL7/CUL9 ARM repeat domain / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / : / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ribosomal protein L2, domain 2 / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / Cullin-7 / F-box/WD repeat-containing protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hopf, L.V.M. / Schulman, B.A.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)789016European Union
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of CRL7 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for multi-cullin-RING E3-catalyzed ubiquitin ligation.
著者: Linus V M Hopf / Kheewoong Baek / Maren Klügel / Susanne von Gronau / Yue Xiong / Brenda A Schulman /
要旨: Most cullin-RING ubiquitin ligases (CRLs) form homologous assemblies between a neddylated cullin-RING catalytic module and a variable substrate-binding receptor (for example, an F-box protein). ...Most cullin-RING ubiquitin ligases (CRLs) form homologous assemblies between a neddylated cullin-RING catalytic module and a variable substrate-binding receptor (for example, an F-box protein). However, the vertebrate-specific CRL7 is of interest because it eludes existing models, yet its constituent cullin CUL7 and F-box protein FBXW8 are essential for development, and CUL7 mutations cause 3M syndrome. In this study, cryo-EM and biochemical analyses reveal the CRL7 assembly. CUL7's exclusivity for FBXW8 among all F-box proteins is explained by its unique F-box-independent binding mode. In CRL7, the RBX1 (also known as ROC1) RING domain is constrained in an orientation incompatible with binding E2~NEDD8 or E2~ubiquitin intermediates. Accordingly, purified recombinant CRL7 lacks auto-neddylation and ubiquitination activities. Instead, our data indicate that CRL7 serves as a substrate receptor linked via SKP1-FBXW8 to a neddylated CUL1-RBX1 catalytic module mediating ubiquitination. The structure reveals a distinctive CRL-CRL partnership, and provides a framework for understanding CUL7 assemblies safeguarding human health.
履歴
登録2022年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cullin-7
F: F-box/WD repeat-containing protein 8
R: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
S: S-phase kinase-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,3597
ポリマ－290,1634
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Cullin-7 / CUL-7


分子量: 191564.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL7, KIAA0076 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14999
#2: タンパク質 F-box/WD repeat-containing protein 8 / F-box and WD-40 domain-containing protein 8 / F-box only protein 29


分子量: 67628.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXW8, FBW6, FBW8, FBX29, FBXO29, FBXW6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N3Y1
#3: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / ...E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullins 1 / ROC1


分子量: 12289.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P62877, RING-type E3 ubiquitin transferase, cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase
#4: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63208
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the CUL7-RBX1-FBXW8-SKP1 cullin-RING ligase complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 58.56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 355547 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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