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- PDB-7z7p: Structure of the fluorescent protein NeonCyan0.95 at pH 5.6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z7p
タイトルStructure of the fluorescent protein NeonCyan0.95 at pH 5.6
要素NeonCyan0.95
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / mNeonGreen / Trp-based fluorescent chromophore / rational design
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Green fluorescent protein blFP-Y3
機能・相同性情報
生物種Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Depernet, H. / Dupuy, J. / Royant, A.
資金援助 フランス, 米国, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0013 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM109984 米国
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2022
タイトル: Cyan fluorescent proteins derived from mNeonGreen.
著者: Zarowny, L. / Clavel, D. / Johannson, R. / Duarte, K. / Depernet, H. / Dupuy, J. / Baker, H. / Brown, A. / Royant, A. / Campbell, R.E.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NeonCyan0.95
B: NeonCyan0.95
C: NeonCyan0.95
D: NeonCyan0.95
E: NeonCyan0.95
F: NeonCyan0.95
G: NeonCyan0.95
H: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,65416
ポリマ－212,8858
非ポリマー7698
水8,935496
1
A: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: NeonCyan0.95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7072
ポリマ－26,6111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.150, 72.370, 117.360
Angle α, β, γ (deg.)90.190, 90.040, 90.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
NeonCyan0.95 / Modified green fluorescent protein blFP-Y3


分子量: 26610.686 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue CRC69 is formed by the autocatalytic cyclisation of the consecutive amino acid residues GWG, hence the mismatch in the sequence alignment
由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
遺伝子: blFP-Y3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PNC0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate (final pH 5.6), 24% PEG4000 (w/v), 0.2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.9 Å / Num. obs: 152394 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 15160 / CC1/2: 0.706 / Rrim(I) all: 0.868 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTR

5ltr


解像度: 1.95→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.065 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2537 7140 4.7 %RANDOM
Rwork0.2091 ---
obs0.2113 145259 96.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.66 Å2 / Biso mean: 39.711 Å2 / Biso min: 21.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20.02 Å2-0.01 Å2
2---0.03 Å20.01 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14177 0 40 496 14713
Biso mean--47.63 41.38 -
残基数----1783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01314872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01513120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7111.68820270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2921.58630230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2251822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17723.159747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77152313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4281555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023576
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 536 -
Rwork0.314 10701 -
all-11237 -
obs--95.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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