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- PDB-7z79: Crystal structure of aminotransferase-like protein from Variovora... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z79
タイトルCrystal structure of aminotransferase-like protein from Variovorax paradoxus
要素Aminotransferase, class 4
キーワードTRANSFERASE / Transaminase / BCAT / aminotransferase / catalytic lysine / catalytic asparagine / inactive
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase / transaminase activity / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / branched-chain-amino-acid transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Variovorax paradoxus B4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Matyuta, I.O. / Nikolaeva, A.Y. / Khrenova, M.G. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2022
タイトル: A Puzzling Protein from Variovorax paradoxus Has a PLP Fold Type IV Transaminase Structure and Binds PLP without Catalytic Lysine
著者: Boyko, K.M. / Matyuta, I.O. / Nikolaeva, A.Y. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y. / Khrenova, M.G.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase, class 4
B: Aminotransferase, class 4
C: Aminotransferase, class 4
D: Aminotransferase, class 4
E: Aminotransferase, class 4
F: Aminotransferase, class 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,10133
ポリマ－203,5836
非ポリマー3,51827
水10,989610
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31360 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area55120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.299, 164.299, 190.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRLEULEUAA15 - 31315 - 313
21TYRTYRLEULEUBB15 - 31315 - 313
12ASPASPLEULEUAA18 - 31318 - 313
22ASPASPLEULEUCC18 - 31318 - 313
13ASPASPPROPROAA18 - 31418 - 314
23ASPASPPROPRODD18 - 31418 - 314
14ASPASPLEULEUAA18 - 31318 - 313
24ASPASPLEULEUEE18 - 31318 - 313
15PROPROPROPROAA17 - 31417 - 314
25PROPROPROPROFF17 - 31417 - 314
16ASPASPLEULEUBB18 - 31318 - 313
26ASPASPLEULEUCC18 - 31318 - 313
17ASPASPLEULEUBB18 - 31318 - 313
27ASPASPLEULEUDD18 - 31318 - 313
18ASPASPLEULEUBB18 - 31318 - 313
28ASPASPLEULEUEE18 - 31318 - 313
19PROPROLEULEUBB17 - 31317 - 313
29PROPROLEULEUFF17 - 31317 - 313
110ASPASPPROPROCC18 - 31418 - 314
210ASPASPPROPRODD18 - 31418 - 314
111ASPASPLEULEUCC18 - 31318 - 313
211ASPASPLEULEUEE18 - 31318 - 313
112ASPASPPROPROCC18 - 31418 - 314
212ASPASPPROPROFF18 - 31418 - 314
113ASPASPPROPRODD18 - 31418 - 314
213ASPASPPROPROEE18 - 31418 - 314
114ASPASPPROPRODD18 - 31418 - 314
214ASPASPPROPROFF18 - 31418 - 314
115ASPASPLEULEUEE18 - 31318 - 313
215ASPASPLEULEUFF18 - 31318 - 313

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Aminotransferase, class 4


分子量: 33930.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus B4 (バクテリア)
遺伝子: VAPA_1c54540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T1XIY1

-
非ポリマー , 5種, 637分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 0.1 M Citric acid bistris propane pH 4.1, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→190.42 Å / Num. obs: 131283 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.328 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.336 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 2691741
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3421.33.01913729464310.6350.6593.0910.899.5
12.6-190.4217.20.067157749150.9980.0170.06938.6100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CM0

5cm0


解像度: 2.3→142.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.1957 / WRfactor Rwork: 0.183 / FOM work R set: 0.7693 / SU B: 15.272 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.2233 / SU Rfree: 0.1813 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2275 6635 5.1 %RANDOM
Rwork0.2054 ---
obs0.2066 124626 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 162.3 Å2 / Biso mean: 42.883 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→142.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13495 0 172 611 14278
Biso mean--56.53 37.3 -
残基数----1793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01214040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2161.63119061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.51451797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14520.141778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.369152144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.51615146
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0210710
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A94400.07
12B94400.07
21A93040.07
22C93040.07
31A92200.07
32D92200.07
41A92180.08
42E92180.08
51A93190.07
52F93190.07
61B92680.08
62C92680.08
71B91920.07
72D91920.07
81B92150.08
82E92150.08
91B93030.06
92F93030.06
101C92400.07
102D92400.07
111C91850.08
112E91850.08
121C92990.07
122F92990.07
131D90930.07
132E90930.07
141D91890.06
142F91890.06
151E91630.08
152F91630.08
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 494 -
Rwork0.307 9116 -
all-9610 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2129-0.0553-0.2810.1041-0.03880.5403-0.003-0.0403-0.0114-0.0022-0.02540.00820.00640.11670.02840.0739-0.0424-0.00310.08190.01140.012883.8331-56.414212.0123
20.45320.20850.0290.3185-0.13790.1355-0.01050.02210.0094-0.03080.01550.0323-0.03660.0209-0.0050.1156-0.0509-0.01780.02350.00620.011268.0771-39.5379-9.2782
30.03030.03270.09590.21250.2660.57360.032-0.03110.00450.043-0.03660.03090.063-0.05230.00450.0996-0.07080.020.0588-0.01870.013650.6309-62.74538.3857
40.0722-0.0013-0.13660.2272-0.2570.60480.02150.00660.00450.04310.00070.0387-0.1283-0.0344-0.02230.1249-0.01440.02640.022-0.02810.045548.2693-33.07628.4004
50.5650.34660.03040.28570.05150.0439-0.04570.0326-0.0368-0.03160.0374-0.03820.0353-0.01910.00830.1153-0.06720.00140.0442-0.01070.025250.4326-80.6814-0.5873
60.10030.12640.20080.38790.27320.5994-0.0418-0.01470.0607-0.0540.01790.0986-0.002-0.08470.0240.0618-0.0394-0.05760.05980.01270.09229.7548-57.1099-1.9016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 405
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3C18 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4D18 - 402
5X-RAY DIFFRACTION5E18 - 407
6X-RAY DIFFRACTION6F17 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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