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- PDB-7z74: PI3KC2a core in complex with PITCOIN2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z74
タイトルPI3KC2a core in complex with PITCOIN2
要素Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / PI3KC2 alpha / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of zinc ion transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / autophagosome organization / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...negative regulation of zinc ion transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / autophagosome organization / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / clathrin-coated vesicle / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / clathrin binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / exocytosis / cellular response to starvation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatidylinositol binding / macroautophagy / trans-Golgi network / endocytosis / vesicle / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. ...PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / PI3-kinase family, ras-binding domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IKC / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lo, W.T. / Roske, Y. / Daumke, O. / Haucke, V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Development of selective inhibitors of phosphatidylinositol 3-kinase C2 alpha.
著者: Lo, W.T. / Belabed, H. / Kucukdisli, M. / Metag, J. / Roske, Y. / Prokofeva, P. / Ohashi, Y. / Horatscheck, A. / Cirillo, D. / Krauss, M. / Schmied, C. / Neuenschwander, M. / von Kries, J.P. ...著者: Lo, W.T. / Belabed, H. / Kucukdisli, M. / Metag, J. / Roske, Y. / Prokofeva, P. / Ohashi, Y. / Horatscheck, A. / Cirillo, D. / Krauss, M. / Schmied, C. / Neuenschwander, M. / von Kries, J.P. / Medard, G. / Kuster, B. / Perisic, O. / Williams, R.L. / Daumke, O. / Payrastre, B. / Severin, S. / Nazare, M. / Haucke, V.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3137
ポリマ－102,4861
非ポリマー8276
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.309, 135.151, 151.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha / PI3K-C2-alpha / PtdIns-3-kinase C2 subunit alpha / Cpk-m / Phosphoinositide 3-kinase-C2-alpha / p170


分子量: 102486.023 Da / 分子数: 1 / 変異: 533-544/GSGS;550-665/SGAGSGA; F735A;F736A;L809A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3c2a, Cpk
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q61194, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-IKC / ~{N}-[4-(3-hydroxyphenyl)-1,3-thiazol-2-yl]-2-[4-oxidanylidene-3-(2-phenylethyl)pteridin-2-yl]sulfanyl-ethanamide


分子量: 516.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20N6O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1MTris, 8-6% PEG3350, 0.2-0.1M MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.26 Å / Num. obs: 41035 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.02
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 4007 / CC1/2: 0.172 / % possible all: 99.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BI4

7bi4


解像度: 2.5→43.26 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2699 2048 5 %RANDOM
Rwork0.2258 38907 --
obs0.2281 40955 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 210.34 Å2 / Biso mean: 86.8764 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→43.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6476 0 56 74 6606
Biso mean--96.86 78.84 -
残基数----822
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.560.45781350.42912568270399
2.56-2.620.4171320.413325082640100
2.62-2.690.41131350.372925652700100
2.69-2.770.36031350.366125612696100
2.77-2.860.36351350.338825592694100
2.86-2.960.42581360.34225852721100
2.96-3.080.39331340.300625482682100
3.08-3.220.33551360.284525822718100
3.22-3.390.32821370.265125962733100
3.39-3.60.25161360.236425852721100
3.6-3.880.26681360.20625952731100
3.88-4.270.21851380.178526112749100
4.27-4.890.18341380.16312619275799
4.89-6.150.25711390.195726562795100
6.16-43.260.24141460.19092769291599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8893-0.1404-0.84092.84161.90793.82020.1929-0.2193-0.080.1070.2092-0.4085-0.01820.8081-0.43340.627-0.021-0.09410.8213-0.1390.635724.4776-1.4694-15.7735
20.79970.14510.5411.58151.38632.98540.04470.0879-0.1268-0.08570.184-0.09980.04220.1267-0.14310.5728-0.00770.04430.52970.04160.45965.0426-16.039-48.8184
31.61130.52150.00433.26441.96731.88140.15820.19160.2011-0.5590.199-0.4534-0.69180.351-0.29920.985-0.06010.21010.8261-0.02950.559716.72790.0692-56.4806
41.6227-0.1266-0.91141.62690.16142.73160.0737-0.183-0.18410.1260.10650.1070.3821-0.1654-0.13410.5934-0.0706-0.10630.5875-0.0220.43995.3258-8.6008-25.2712
52.55710.7367-0.69683.7557-0.33653.51040.262-0.42160.39430.58-0.11610.7488-0.4145-0.54020.05990.68410.01940.1130.7326-0.04680.6256-8.080313.7001-15.498
61.0157-0.9212-0.63193.86572.06043.01260.33320.18490.1482-0.7571-0.33080.3502-0.7754-0.51350.02790.77560.0131-0.02140.6201-0.02660.529-4.413516.7523-31.7212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 117 )A3 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 412 )A118 - 412
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 413 through 570 )A413 - 570
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 571 through 795 )A571 - 795
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 796 through 864 )A796 - 864
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 865 through 1006 )A865 - 1006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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