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- PDB-7z6z: Crystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z6z
タイトルCrystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with fosinoprilat
要素Angiotensin-converting enzyme, soluble form
キーワードHYDROLASE / Angiotensin-1 converting enzyme / fosinoprilat / fosinopril / Metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / tripeptidyl-peptidase activity / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / tripeptidyl-peptidase activity / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / negative regulation of calcium ion import / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of D-glucose import / vasoconstriction / neutrophil mediated immunity / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / hormone metabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of neurogenesis / heterocyclic compound binding / lung alveolus development / arachidonate secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / peptide catabolic process / heart contraction / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / blood vessel remodeling / hematopoietic stem cell differentiation / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / animal organ regeneration / amyloid-beta metabolic process / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of vasoconstriction / carboxypeptidase activity / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / basal plasma membrane / response to nutrient levels / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / female pregnancy / cellular response to glucose stimulus / brush border membrane / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / regulation of blood pressure / male gonad development / metallopeptidase activity / peptidase activity / actin binding / spermatogenesis / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / lysosome / response to hypoxia / calmodulin binding / endosome / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / fosinoprilat / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cozier, G.E. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M026647/1 英国
引用ジャーナル: Febs J. / : 2022
タイトル: Structural basis for the inhibition of human angiotensin-1 converting enzyme by fosinoprilat.
著者: Cozier, G.E. / Newby, E.C. / Schwager, S.L.U. / Isaac, R.E. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme, soluble form
B: Angiotensin-converting enzyme, soluble form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,90953
ポリマ-144,9872
非ポリマー6,92351
12,845713
1
A: Angiotensin-converting enzyme, soluble form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,47127
ポリマ-72,4931
非ポリマー3,97826
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme, soluble form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,43826
ポリマ-72,4931
非ポリマー2,94525
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.575, 77.800, 81.592
Angle α, β, γ (deg.)88.921, 64.616, 74.805
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme, soluble form


分子量: 72493.352 Da / 分子数: 2 / 変異: N9Q, N25Q, N82Q, N117Q, N131Q, N289Q, Q545R, P576L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821

-
, 5種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#16: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 11種, 758分子

#6: 化合物 ChemComp-KS8 / fosinoprilat / ホシノプリラト


分子量: 435.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C23H34NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#11: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#12: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#13: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#14: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#15: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.06 M Divalent cations, 30% PEG550MME/PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→73.29 Å / Num. obs: 152059 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 7322 / CC1/2: 0.438 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F9V
解像度: 1.75→63.46 Å / SU ML: 0.2462 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.038
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 2101 1.38 %
Rwork0.1718 149830 -
obs0.1722 151931 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→63.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9878 0 445 713 11036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007910769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.864814615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04821526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.03063960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.3831520.34179676X-RAY DIFFRACTION94.33
1.79-1.840.29071400.30099917X-RAY DIFFRACTION96.03
1.84-1.890.31951400.26299764X-RAY DIFFRACTION95.92
1.89-1.940.26421280.241710003X-RAY DIFFRACTION96.66
1.94-20.25351370.23319876X-RAY DIFFRACTION96.74
2-2.070.24961390.21089996X-RAY DIFFRACTION96.92
2.07-2.160.26191120.19119933X-RAY DIFFRACTION96.87
2.16-2.260.23491330.17429980X-RAY DIFFRACTION97.42
2.26-2.380.17311380.167810002X-RAY DIFFRACTION97.53
2.38-2.520.20041460.165410088X-RAY DIFFRACTION97.92
2.52-2.720.19251500.16210065X-RAY DIFFRACTION98.16
2.72-2.990.19521550.15910057X-RAY DIFFRACTION98.29
2.99-3.430.19011360.157510128X-RAY DIFFRACTION98.72
3.43-4.320.14611340.133110182X-RAY DIFFRACTION99.06
4.32-63.460.18281610.159310163X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.348023972481.61755938421-1.938743355732.14346237644-2.115865253633.418853334910.03196309007440.0373991820278-0.196676577632-0.1698260007480.03731956786410.2652482913290.173113853112-0.247796056229-0.1116165022420.2429038993430.0242312512862-0.04634301229920.290054605443-0.02418042334350.373706295433-24.738942078-25.0969097-23.1101630044
21.612065521110.0890234372195-1.050234578831.60842884159-0.2332734112570.764066648290.05660376683950.0373990042655-0.03450553811280.09152836562230.01822259564460.229360440252-0.0424855198659-0.209524956295-0.08760011074560.227665338084-0.0215420679846-0.06428654972570.275537933428-0.009280519828760.289542551086-23.3174579984-19.3176649251-17.3796387983
39.46544069481.23287567255-2.079016054941.15885741526-0.2718012209331.64827182153-0.03875449502060.4398247704350.106438392711-0.2698019469650.08227263861840.0124659127112-0.03103075644830.0781227770677-0.08432793962480.3245202409480.0180604572923-0.001198462626570.2550876739520.02381458200170.206587895609-3.59667479-1.46196798292-29.6759251712
43.047531114980.1559776547260.2276969559941.09275792025-0.1701148888020.7684191953850.0364858530398-0.1039506409490.0327008526426-0.005305211308570.00940469184007-0.00141398049963-0.0133992078175-0.00347817337712-0.04881421530160.218208758807-0.001963920709060.02017343509960.146089890167-0.06227460409080.1362759591581.29653890651-5.18931401046-12.718740123
52.72396165318-1.20709032693-0.6250164613741.65948640093-0.01226355073271.655042453720.1476514793720.07317767665370.0213160787172-0.141115886113-0.0998020606385-0.275343478751-0.09127367610270.183831909849-0.06114428144180.209730457348-0.02541365152480.04802530106430.2329852738280.01544373948010.28071325345620.3354612571-5.0904240927-20.297629707
62.10189424911-0.328635092991-0.7310368878911.96987767806-0.1369964569121.488262689990.07914467595620.276467032891-0.0519102293789-0.253171877554-0.0526746902392-0.0334323489567-0.0334949733386-0.064825755807-0.02360584001880.2375403252360.0256146281293-0.003472922954070.227514212456-0.03729529466820.1642808796632.00812488063-22.6304995245-32.4497946909
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 43 )AA1 - 431 - 43
22chain 'A' and (resid 44 through 104 )AA44 - 10444 - 104
33chain 'A' and (resid 105 through 152 )AA105 - 152105 - 147
44chain 'A' and (resid 153 through 237 )AA153 - 237148 - 232
55chain 'A' and (resid 238 through 279 )AA238 - 279233 - 274
66chain 'A' and (resid 280 through 371 )AA280 - 371275 - 366
77chain 'A' and (resid 372 through 417 )AA372 - 417367 - 412
88chain 'A' and (resid 418 through 498 )AA418 - 498413 - 493
99chain 'A' and (resid 499 through 560 )AA499 - 560494 - 555
1010chain 'A' and (resid 561 through 609 )AA561 - 609556 - 604
1111chain 'B' and (resid 1 through 104 )BAA1 - 1041 - 104
1212chain 'B' and (resid 105 through 237 )BAA105 - 237105 - 232
1313chain 'B' and (resid 238 through 498 )BAA238 - 498233 - 493
1414chain 'B' and (resid 499 through 609 )BAA499 - 609494 - 604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る