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- PDB-7z6a: CRYSTAL STRUCTURE OF WEISSELLA VIRIDESCENS FEMXVV NON-RIBOSOMAL A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z6a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF WEISSELLA VIRIDESCENS FEMXVV NON-RIBOSOMAL AMINO ACID TRANSFERASE IN COMPLEX WITH A PEPTIDYL-XNA CONJUGATE
要素
  • 2'F-RNA (5'-D(*(GF2)P*(GF2)P*(CFZ)P*(CFZ)P*(AF2)P*(CFZ)P*(CFZ))-R(P*(A9Z))-3')
  • UDP-MurNAc-pentapeptide
  • UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N(6)-alanyltransferase
キーワードTRANSFERASE / FEMX / Xeno-nucleic acids / PEPTIDOGLYCAN / PEPTIDYL-XNA CONJUGATE / TRANSFERASE-PEPTIDE-XNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
FemABX peptidyl transferase / FemAB family / FemABX peptidyl transferase family profile. / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-muramic acid / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N(6)-alanyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Weissella viridescens (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Li de la Sierra-Gallay, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Amino-acyl tXNA as inhibitors or amino acid donors in peptide synthesis.
著者: Rietmeyer, L. / Li De La Sierra-Gallay, I. / Schepers, G. / Dorchene, D. / Iannazzo, L. / Patin, D. / Touze, T. / van Tilbeurgh, H. / Herdewijn, P. / Etheve-Quelquejeu, M. / Fonvielle, M.
履歴
登録2022年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N(6)-alanyltransferase
C: UDP-MurNAc-pentapeptide
B: 2'F-RNA (5'-D(*(GF2)P*(GF2)P*(CFZ)P*(CFZ)P*(AF2)P*(CFZ)P*(CFZ))-R(P*(A9Z))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0846
ポリマ－42,2943
非ポリマー7903
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.900, 100.880, 44.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / DNA鎖 / 糖 , 4種, 4分子 ACB

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N(6)-alanyltransferase


分子量: 39212.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Weissella viridescens (バクテリア)
遺伝子: femX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9EY50, UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド UDP-MurNAc-pentapeptide


分子量: 463.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 2'F-RNA (5'-D(*(GF2)P*(GF2)P*(CFZ)P*(CFZ)P*(AF2)P*(CFZ)P*(CFZ))-R(P*(A9Z))-3')


分子量: 2617.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 8-nt peptidyl-oligonucleotide bi-substrate analog with 2-deoxy-2-fluoro ribonucleic acids, Residues GF2 B 2 and GFZ B 5 are linked by a polyethylene glycol not observed in the crystal structure
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: 糖 ChemComp-MUB / N-acetyl-alpha-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / N-ACETYLMURAMIC ACID / 2-(アセチルアミノ)-3-O-[(R)-1-カルボキシエチル]-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 136分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 / 詳細: Tri-Na citrate , ammonium acetate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980131 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980131 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→41.44 Å / Num. obs: 40415 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 8.93
反射 シェル解像度: 1.66→1.76 Å / Num. unique obs: 6276 / CC1/2: 0.68 / Rrim(I) all: 1.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4II9

4ii9


解像度: 1.66→41.44 Å / SU ML: 0.2407 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.7015
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 2018 5 %
Rwork0.1981 38323 -
obs0.1997 40341 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→41.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 177 6 134 3053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26034124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0698451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.66751137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.70.3791360.36162567X-RAY DIFFRACTION92.32
1.7-1.750.35831430.29622733X-RAY DIFFRACTION99.93
1.75-1.80.29071430.2832704X-RAY DIFFRACTION99.82
1.8-1.860.28771440.25692760X-RAY DIFFRACTION99.9
1.86-1.920.31251450.24592743X-RAY DIFFRACTION99.62
1.92-20.29941440.22122745X-RAY DIFFRACTION99.86
2-2.090.2251450.20412753X-RAY DIFFRACTION99.86
2.09-2.20.2551470.19712778X-RAY DIFFRACTION99.86
2.2-2.340.23081440.20222732X-RAY DIFFRACTION99.86
2.34-2.520.26521420.20312713X-RAY DIFFRACTION99.86
2.52-2.770.27691460.21022763X-RAY DIFFRACTION99.9
2.77-3.170.23531450.20362763X-RAY DIFFRACTION99.93
3.18-40.20071460.16952762X-RAY DIFFRACTION100
4-41.440.14971480.1582807X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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