PDB-7z63: Structure of the LecA lectin from Pseudomonas aeruginosa in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z63

タイトル

Structure of the LecA lectin from Pseudomonas aeruginosa in complex with a biaryl-thiogalactoside

要素

PA-I galactophilic lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / antiadhesive / thiogalactoside / RNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Varrot, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of potent 1,1-diarylthiogalactoside glycomimetic inhibitors of Pseudomonas aeruginosa LecA with antibiofilm properties.
著者: Bruneau, A. / Gillon, E. / Furiga, A. / Brachet, E. / Alami, M. / Roques, C. / Varrot, A. / Imberty, A. / Messaoudi, S.

履歴

登録	2022年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z63.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z63.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z63_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z63_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7z63_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	7z63_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/7z63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z62C 1okoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: PA-I galactophilic lectin

BBB: PA-I galactophilic lectin

CCC: PA-I galactophilic lectin

DDD: PA-I galactophilic lectin

ヘテロ分子

53.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.260, 61.932, 180.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin 分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminal methionine cleaved 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IE3 / [3-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]sulfanyl-4-methoxy-phenyl]-(3,4,5-trimethoxyphenyl)methanone 分子量: 496.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₈O₁₀S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.87 % / 解説: rod
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: LecA was dissolved in 20 mM Tris HCl pH 8.0 and 100 mM NaCl to a concentration of 16.9 mgmL and incubated for 3h at room temperature with 3.8 mM of compound. drops were made using the ...詳細: LecA was dissolved in 20 mM Tris HCl pH 8.0 and 100 mM NaCl to a concentration of 16.9 mgmL and incubated for 3h at room temperature with 3.8 mM of compound. drops were made using the supernatant after centrifugation at 20000 g for 5 minutes since precipitation was observed and a crystallization solution containing 18% PEG3350, 150 mM potassium thiocyanate (KSCN) and 100 mM Tris HCl pH 8.5

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.87 % / 解説: rod

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: LecA was dissolved in 20 mM Tris HCl pH 8.0 and 100 mM NaCl to a concentration of 16.9 mgmL and incubated for 3h at room temperature with 3.8 mM of compound. drops were made using the ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→45 Å / Num. obs: 48775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 2627 / CC_1/2: 0.976 / R_pim(I) all: 0.186 / R_rim(I) all: 0.347 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OKO

1oko

解像度: 1.75→43.131 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 2.267 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2074	2506	5.146 %
R_work	0.1613	46191	-
all	0.164	-	-
obs	-	48697	99.938 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.085 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.167 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.827 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.995 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.131 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3602	0	133	833	4568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.809	1.679	5333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.57	1.615	8027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.603	5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.996	25.172	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.109	15	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.676	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.065	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.117	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.509	1.143	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.505	1.142	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.117	1.709	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.118	1.709	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.157	1.373	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.158	1.373	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.166	1.987	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.165	1.987	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.889	23.697	17443
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.306	22.272	16262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.242	207	0.205	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.9432
1.795-1.845	0.224	188	0.176	3281	X-RAY DIFFRACTION	99.9712
1.845-1.898	0.241	170	0.174	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.956	0.25	177	0.173	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.9386
1.956-2.02	0.218	166	0.158	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.091	0.222	152	0.162	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.9671
2.091-2.17	0.21	162	0.157	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.258	0.212	158	0.159	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.258-2.358	0.21	120	0.155	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.964
2.358-2.473	0.192	139	0.148	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.473-2.606	0.215	134	0.159	2357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.606-2.764	0.218	115	0.153	2267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.764-2.954	0.2	116	0.159	2117	X-RAY DIFFRACTION	99.9105
2.954-3.189	0.191	90	0.156	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
3.189-3.492	0.218	87	0.151	1864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.492-3.901	0.184	85	0.168	1694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.901-4.499	0.176	76	0.148	1482	X-RAY DIFFRACTION	100
4.499-5.497	0.16	68	0.148	1295	X-RAY DIFFRACTION	99.7074
5.497-7.716	0.191	59	0.178	1025	X-RAY DIFFRACTION	99.724

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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