PDB-7z5s: Crystal Structure of botulinum neurotoxin A2 cell binding domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z5s

タイトル

Crystal Structure of botulinum neurotoxin A2 cell binding domain in complex with GD1a

要素

Botulinum neurotoxin

キーワード

TOXIN / ganglioside / neurotoxin / botulinum / receptor / GD1a

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of neurotransmitter secretion / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gregory, K.S. / Acharya, K.R. / Liu, S.M. / Mahadeva, T.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Toxins / 年: 2022
タイトル: Structural Features of Clostridium botulinum Neurotoxin Subtype A2 Cell Binding Domain.
著者: Gregory, K.S. / Mahadeva, T.B. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2022年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z5s.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z5s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z5s_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z5s_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7z5s_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	7z5s_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/7z5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z5tC 5moyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Botulinum neurotoxin

BBB: Botulinum neurotoxin

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Botulinum neurotoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Botulinum neurotoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.068, 105.068, 132.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質

Botulinum neurotoxin

分子量: 50416.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: A, bont / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K4GGE0

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1127.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-1-2/a3-b2_a4-c1_c3-d1_d3-e2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル

分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.1 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium citrate tribasic tetrahydrate 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→105.07 Å / Num. obs: 83782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 21.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4633 / CC_1/2: 0.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MOY

5moy

解像度: 2.1→105.068 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.194 / WR_factor R_work: 0.159 / Average fsc free: 0.8683 / Average fsc work: 0.8793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	4166	4.976 %
R_work	0.1883	79553	-
all	0.19	-	-
obs	-	83719	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.747 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.747 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.493 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→105.068 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6733	0	119	291	7143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.016	6677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.616	1.642	9423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.272	1.594	15327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.908	5	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.864	23.74	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.987	15	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	16.632	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.785	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	6335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.159	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.316	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.905	4.485	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.897	4.485	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.564	6.712	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.564	6.713	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.878	5.082	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.877	5.083	3710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.251	7.379	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.25	7.381	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.938	51.083	7634
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.927	50.99	7595

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.348	297	0.321	5883	0.323	6180	0.684	0.694	100	0.321
2.155-2.214	0.306	282	0.294	5735	0.294	6017	0.782	0.776	100	0.289
2.214-2.278	0.297	285	0.278	5559	0.279	5848	0.807	0.807	99.9316	0.269
2.278-2.348	0.294	274	0.267	5443	0.269	5718	0.827	0.831	99.9825	0.253
2.348-2.425	0.331	295	0.257	5151	0.261	5447	0.815	0.845	99.9816	0.238
2.425-2.51	0.286	276	0.243	5080	0.246	5358	0.862	0.874	99.9627	0.221
2.51-2.604	0.292	284	0.245	4881	0.248	5166	0.862	0.873	99.9806	0.22
2.604-2.711	0.272	253	0.23	4671	0.232	4925	0.882	0.897	99.9797	0.202
2.711-2.831	0.301	209	0.225	4547	0.228	4759	0.876	0.907	99.937	0.197
2.831-2.969	0.278	237	0.209	4317	0.213	4555	0.89	0.921	99.9781	0.183
2.969-3.13	0.235	213	0.196	4107	0.198	4321	0.927	0.933	99.9769	0.176
3.13-3.319	0.231	230	0.188	3881	0.19	4112	0.93	0.943	99.9757	0.17
3.319-3.548	0.217	196	0.178	3642	0.18	3838	0.935	0.948	100	0.164
3.548-3.832	0.195	167	0.157	3407	0.158	3574	0.946	0.964	100	0.146
3.832-4.198	0.165	145	0.136	3174	0.138	3319	0.967	0.97	100	0.127
4.198-4.692	0.171	167	0.118	2798	0.121	2965	0.968	0.978	100	0.11
4.692-5.416	0.147	134	0.127	2520	0.128	2654	0.973	0.975	100	0.119
5.416-6.629	0.212	89	0.159	2157	0.162	2246	0.954	0.961	100	0.152
6.629-9.356	0.207	79	0.179	1669	0.18	1748	0.944	0.952	100	0.171
9.356-105.068	0.17	54	0.198	931	0.197	985	0.965	0.957	100	0.19

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