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- PDB-7z4n: Plasmodium falciparum pyruvate kinase complexed with pyruvate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z4n
タイトルPlasmodium falciparum pyruvate kinase complexed with pyruvate
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / Redox regulation / glycolysis / malaria / drug-target
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyruvate metabolism / Glycolysis / Neutrophil degranulation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / protein homotetramerization / magnesium ion binding ...Pyruvate metabolism / Glycolysis / Neutrophil degranulation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRUVIC ACID / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dillenberger, M. / Rahlfs, S. / Becker, K. / Fritz-Wolf, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BE1540/23-2 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Prominent role of cysteine residues C49 and C343 in regulating Plasmodium falciparum pyruvate kinase activity.
著者: Dillenberger, M. / Rahlfs, S. / Becker, K. / Fritz-Wolf, K.
履歴
登録2022年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,44418
ポリマ－56,8021
非ポリマー1,64217
水2,900161
1
A: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,77672
ポリマ－227,2084
非ポリマー6,56868
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area33120 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area70320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.890, 112.400, 131.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-743-

HOH

21A-796-

HOH

31A-811-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pyruvate kinase


分子量: 56801.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0626800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6KTA4, pyruvate kinase

-
非ポリマー , 7種, 178分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2 and 14-24% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.2 Å / Num. obs: 53978 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0597 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 16185 / CC1/2: 0.511

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292121472

解像度: 1.8→36.2 Å / SU ML: 0.3379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1842
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 3237 6 %
Rwork0.205 50722 -
obs0.2073 53959 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3766 0 105 161 4032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01443920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35295266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.4502568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.54061400.52092196X-RAY DIFFRACTION98.48
1.83-1.860.47681380.46242165X-RAY DIFFRACTION97.58
1.86-1.890.47361390.40932178X-RAY DIFFRACTION97.72
1.89-1.920.42631410.34472209X-RAY DIFFRACTION98.57
1.92-1.950.32531420.30762214X-RAY DIFFRACTION98.74
1.95-1.990.39611410.26762217X-RAY DIFFRACTION99.03
1.99-2.030.3461420.25822222X-RAY DIFFRACTION98.62
2.03-2.080.31411390.23412189X-RAY DIFFRACTION98.6
2.08-2.120.30411400.22732203X-RAY DIFFRACTION98.12
2.12-2.180.25061410.22392199X-RAY DIFFRACTION98.32
2.18-2.240.25741400.22712203X-RAY DIFFRACTION98.12
2.24-2.30.30431400.21882194X-RAY DIFFRACTION98.44
2.3-2.380.27981430.20982233X-RAY DIFFRACTION98.79
2.38-2.460.23751420.20032220X-RAY DIFFRACTION98.58
2.46-2.560.23361420.19972233X-RAY DIFFRACTION99
2.56-2.680.21961410.18492214X-RAY DIFFRACTION98.41
2.68-2.820.24151420.19432217X-RAY DIFFRACTION97.92
2.82-2.990.241410.19162217X-RAY DIFFRACTION97.6
2.99-3.220.2211410.1822208X-RAY DIFFRACTION97.39
3.22-3.550.22261410.18922209X-RAY DIFFRACTION96.79
3.55-4.060.17881400.17572179X-RAY DIFFRACTION95.16
4.06-5.120.24531390.17692179X-RAY DIFFRACTION93.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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