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- PDB-7z42: Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z42
タイトルInfluenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B
要素
  • DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Influenza RNA-dependent RNA polymerase / transcription / cap-snatching / Pol II CTD
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.418 Å
データ登録者Cusack, S. / Drncova, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Type B and type A influenza polymerases have evolved distinct binding interfaces to recruit the RNA polymerase II CTD.
著者: Krischuns, T. / Isel, C. / Drncova, P. / Lukarska, M. / Pflug, A. / Paisant, S. / Navratil, V. / Cusack, S. / Naffakh, N.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2
Y: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
H: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
X: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
V: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)547,04112
ポリマ－547,04112
非ポリマー00
水3,711206
1
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
Y: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
V: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,5206
ポリマ－273,5206
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41240 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area88630 Å2
手法PISA
2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2
H: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
X: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,5206
ポリマ－273,5206
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40490 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area87860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.930, 202.269, 135.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.538, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
32B
42E
53C
63F
74H
84V
95I
105G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERGLUGLUAA0 - 72214 - 736
211SERSERGLUGLUDD0 - 72214 - 736
322METMETSERSERBB1 - 75410 - 763
422METMETSERSEREE1 - 75410 - 763
533METMETLYSLYSCC1 - 74010 - 749
633METMETLYSLYSFF1 - 74010 - 749
744AAAAHI1 - 131 - 13
844AAAAVL1 - 131 - 13
955TYRTYRTHRTHRIK29 - 461 - 18
1055TYRTYRTHRTHRGH29 - 461 - 18

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 85822.781 Da / 分子数: 2 / 変異: K135A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q5V8Z9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86207.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 90844.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal STREP-tag and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3

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タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 212分子 YGXIHV

#4: タンパク質・ペプチド
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 3216.893 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Four repeat Pol II CTD peptide mimic with pSer5 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4212.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5' vRNA hook
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 ...詳細: FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.25422 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.418→127.106 Å / Num. obs: 154519 / % possible obs: 61.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.42→2.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7573 / CC1/2: 0.63 / Rrim(I) all: 0.769 / % possible all: 64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FMZ

5fmz


解像度: 2.418→127.106 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.223 / SU B: 9.426 / SU ML: 0.215 / Average fsc free: 0.8891 / Average fsc work: 0.9001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.182 / ESU R Free: 0.367 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 7573 4.901 %
Rwork0.2233 146946 -
all0.225 --
obs-154519 61.415 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 54.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.034 Å2-0 Å20.054 Å2
2--0.129 Å2-0 Å2
3----0.105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.418→127.106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35189 532 0 206 35927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01336486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01534904
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.2180.012530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.6549296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0561.58380628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25854414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52822.5631838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.749156744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.46315232
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.24790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0240414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1720.26317
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1630.231919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.150.217077
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.218175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2280.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1580.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3035.77217698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3035.77117697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3288.64822098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3288.64922099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.035.80418788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.035.80418788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8888.63227198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8888.63227199
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.20467.19641299
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.20467.241294
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0740.0522260
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0640.0523038
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0850.0521321
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0160.051226
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0880.05421
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073810.05008
12DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073810.05008
23BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.063510.05009
24EX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.063510.05009
35CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085370.05008
36FX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085370.05008
47HX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.015610.05014
48VX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.015610.05014
59IX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.088150.05009
510GX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.088150.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.418-2.4810.257100.3272250.324185260.7940.8381.26850.327
2.481-2.5490.345670.31112260.313180730.8290.8597.15430.311
2.549-2.6220.3461390.31726350.319176560.8220.84615.71140.317
2.622-2.7030.3011860.30939130.309170540.8390.83724.03540.309
2.703-2.7920.3352720.30350620.305165900.8380.84732.15190.303
2.792-2.890.3363250.29469680.296160250.8340.84845.51010.294
2.89-2.9990.3164810.28393350.284154560.8310.85563.50930.283
2.999-3.1210.2936530.271121070.272149230.8610.86385.50560.271
3.121-3.260.3046590.266128860.268142800.8560.87294.85290.266
3.26-3.4190.2876340.25125880.252136670.870.88796.7440.25
3.419-3.6030.2916190.237119020.239130030.8890.90896.29320.237
3.603-3.8220.245940.218112040.219122910.9190.92795.98890.218
3.822-4.0850.2315060.205105660.206115820.9270.93595.59660.205
4.085-4.4120.2185000.18797210.188107560.9360.94395.0260.187
4.412-4.8330.2134500.17988990.18199110.940.94894.32950.179
4.833-5.4020.2254510.19479810.19689950.9340.94193.7410.194
5.402-6.2360.2773460.22170520.22379510.9130.92493.04490.221
6.236-7.6330.2492810.21358500.21567180.9170.92691.26230.213
7.633-10.7760.2082530.16844330.1752080.9460.95789.9770.168
10.776-127.1060.2681470.25323930.25429330.9060.89186.60080.253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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