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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z42 | ||||||
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タイトル | Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Influenza RNA-dependent RNA polymerase / transcription / cap-snatching / Pol II CTD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.418 Å | ||||||
データ登録者 | Cusack, S. / Drncova, P. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022 タイトル: Type B and type A influenza polymerases have evolved distinct binding interfaces to recruit the RNA polymerase II CTD. 著者: Krischuns, T. / Isel, C. / Drncova, P. / Lukarska, M. / Pflug, A. / Paisant, S. / Navratil, V. / Cusack, S. / Naffakh, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z42.cif.gz | 925.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z42.ent.gz | 721.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z42_validation.pdf.gz | 560.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z42_full_validation.pdf.gz | 607.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7z42_validation.xml.gz | 139.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z42_validation.cif.gz | 195.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/7z42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/7z42 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7z43C 7z4oC 5fmzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 85822.781 Da / 分子数: 2 / 変異: K135A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag C-terminal linker and TEV site 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q5V8Z9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 86207.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV site 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | 分子量: 90844.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal linker C-terminal STREP-tag and TEV site 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3 |
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-タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 212分子 YGXIHV
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3216.893 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Four repeat Pol II CTD peptide mimic with pSer5 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) 参照: DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase #5: RNA鎖 | 分子量: 4212.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5' vRNA hook 由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 ...詳細: FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.25422 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.25422 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.418→127.106 Å / Num. obs: 154519 / % possible obs: 61.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7573 / CC1/2: 0.63 / Rrim(I) all: 0.769 / % possible all: 64 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5FMZ 解像度: 2.418→127.106 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.223 / SU B: 9.426 / SU ML: 0.215 / Average fsc free: 0.8891 / Average fsc work: 0.9001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.182 / ESU R Free: 0.367 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.204 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.418→127.106 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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