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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z3z | ||||||
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タイトル | Locked Wuhan SARS-CoV2 Prefusion Spike ectodomain with lipid bound | ||||||
要素 | Spike glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Spike / SARS-CoV2 / lipid / locked-in / conformation / COVID19 / RBD-down / therapeutics / vaccine / closed | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Duyvesteyn, H.M.E. / Carrique, L. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Fry, E.E. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: The SARS-CoV-2 Spike harbours a lipid binding pocket which modulates stability of the prefusion trimer 著者: Duyvesteyn, H.M.E. / Carrique, L. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Fry, E.E. / Zhao, Y. / Malinauskas, T. / Zhou, D. #1: ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020 タイトル: Neutralization of SARS-CoV-2 by Destruction of the Prefusion Spike. 著者: Huo, J. / Zhao, Y. / Ren, J. / Zhou, D. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ginn, H.M. / Carrique, L. / Malinauskas, T. / Ruza, R.R. / Shah, P.N.M. / Tan, T.K. / Rijal, P. / Coombes, N. / Bewley, K.R. / ...著者: Huo, J. / Zhao, Y. / Ren, J. / Zhou, D. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ginn, H.M. / Carrique, L. / Malinauskas, T. / Ruza, R.R. / Shah, P.N.M. / Tan, T.K. / Rijal, P. / Coombes, N. / Bewley, K.R. / Tree, J.A. / Radecke, J. / Paterson, N.G. / Supasa, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Carroll, M. / Townsend, A. / Fry, E.E. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z3z.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z3z.ent.gz | 929.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z3z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z3z_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7z3z_full_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z3z_validation.xml.gz | 98.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z3z_validation.cif.gz | 138 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14481MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142408.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in locked conformation with lipid bound タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.142 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルスについての詳細 | 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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