PDB-7z3y: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z3y

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH013545

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / glycosylase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Scaletti, E.R. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH013545
著者: Scaletti, E.R. / Stenmark, P.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z3y.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z3y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z3y_validation.pdf.gz	714.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z3y_full_validation.pdf.gz	723.8 KB	表示
XML形式データ	7z3y_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	7z3y_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g3yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: N-glycosylase/DNA lyase

BBB: N-glycosylase/DNA lyase

CCC: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.4 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー

3

CCC: N-glycosylase/DNA lyase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.995, 81.831, 168.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-I9U / 2-[4-(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)-2,6-bis(fluoranyl)phenyl]-~{N}-(4,5,6,7-tetrahydro-1,2-benzoxazol-3-yl)ethanamide 分子量: 386.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀F₂N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12M Alcohols, 0.1M Buffer System 2 pH 7.5, 30.0% v/v EDO_P8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→73 Å / Num. obs: 47609 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 4580 / CC_1/2: 0.562

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G3Y

6g3y

解像度: 2.35→57.632 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 13.341 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.298 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	2300	4.841 %
R_work	0.2597	45213	-
all	0.262	-	-
obs	-	47513	99.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.348 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.078 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.807 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.271 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→57.632 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7121	0	41	127	7289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	7372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.165	1.639	10069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.06	1.577	15261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.354	5	922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.547	20.933	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.947	15	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.55	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.034	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.153	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.155	0.2	6141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	3465
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.088	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.923	8.277	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.923	8.276	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.352	12.405	4624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.352	12.407	4625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.462	8.13	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.462	8.132	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.593	12.188	5445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.593	12.188	5445
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.98	94.405	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.971	94.425	8020

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.353	170	0.381	3286	X-RAY DIFFRACTION	99.8555
2.411-2.477	0.368	168	0.353	3189	X-RAY DIFFRACTION	99.9107
2.477-2.549	0.423	153	0.358	3130	X-RAY DIFFRACTION	99.8783
2.549-2.627	0.358	178	0.346	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.8747
2.627-2.713	0.374	149	0.318	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.8713
2.713-2.808	0.393	159	0.315	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.9669
2.808-2.914	0.375	151	0.306	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.9308
2.914-3.033	0.348	122	0.304	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.9644
3.033-3.168	0.361	129	0.298	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.168-3.322	0.424	112	0.287	2452	X-RAY DIFFRACTION	99.961
3.322-3.502	0.332	121	0.282	2346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.502-3.714	0.265	111	0.251	2232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.714-3.969	0.266	120	0.245	2059	X-RAY DIFFRACTION	99.9541
3.969-4.287	0.271	100	0.241	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
4.287-4.695	0.321	80	0.22	1812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.695-5.247	0.288	72	0.219	1645	X-RAY DIFFRACTION	100
5.247-6.054	0.288	69	0.254	1481	X-RAY DIFFRACTION	100
6.054-7.406	0.362	50	0.268	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
7.406-10.433	0.186	49	0.182	999	X-RAY DIFFRACTION	100
10.433-57.632	0.328	37	0.27	575	X-RAY DIFFRACTION	97.4522

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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