ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0267精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 XDSデータ削減 SCALAデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 7Z3B解像度 : 1.82→47.4 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.97 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.951 / SU B : 5.097 / SU ML : 0.076 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.11 / ESU R Free : 0.111 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1983 1396 5 % RANDOM Rwork 0.1586 - - - obs 0.1606 26633 97.64 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 179.18 Å2 / Biso mean : 33.845 Å2 / Biso min : 17.13 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.02 Å2 -0 Å2 -0 Å2 2- - 0.02 Å2 0 Å2 3- - - -0.04 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.82→47.4 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2110 0 48 205 2363 Biso mean - - 47.65 43.84 - 残基数 - - - - 268
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.013 2236 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.006 0.016 2002 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.681 1.642 3031 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.445 1.578 4616 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.648 5 269 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg32.514 23.07 114 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.028 15 319 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg12.633 15 7 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.089 0.2 271 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.012 0.02 2564 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.004 0.02 546
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 4021 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.12 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 1.82→1.867 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.314 109 - Rwork 0.265 1952 - all - 2061 - obs - - 99.37 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.011 0.255 -0.3299 0.8584 -0.0908 1.7702 -0.0305 -0.0694 -0.0479 0.048 0.0521 -0.0259 0.085 0.1207 -0.0216 0.0145 0.0217 0.0095 0.0335 0.0199 0.0568 -28.442 11.5888 -9.6659 2 1.0764 -0.2342 0.1963 2.3531 -0.2454 1.4286 0.0643 0.0913 -0.1087 -0.2233 -0.0219 0.2028 0.3025 -0.1357 -0.0423 0.0801 -0.0277 -0.0319 0.0566 0.0211 0.0913 -56.5021 -1.7946 -12.5382
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A43 - 181 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B43 - 181